PDB-6mtw: Lysosomal Phospholipase A2 in complex with Zinc

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mtw

タイトル

Lysosomal Phospholipase A2 in complex with Zinc

要素

Group XV phospholipase A2

キーワード

TRANSFERASE / Lipase / Esterase / HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

acylglycerol O-acyltransferase activity / phosphatidylethanolamine catabolic process / phosphatidylserine metabolic process / Hydrolysis of LPC / diacylglycerol biosynthetic process / lysophospholipase / glycerophospholipid metabolic process / O-acyltransferase activity / phospholipase A1 / calcium-independent phospholipase A2 activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.999 Å

データ登録者

Bouley, R. / Tesmer, J.J.G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of Lysosomal Phospholipase A2Inhibition by Zn2.
著者: Bouley, R.A. / Hinkovska-Galcheva, V. / Shayman, J.A. / Tesmer, J.J.G.

履歴

登録	2018年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年6月17日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / chem_comp / Item: _audit_author.name / _chem_comp.type
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.6	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mtw.cif.gz	327.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mtw.ent.gz	267.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mtw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6mtw_validation.pdf.gz	4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mtw_full_validation.pdf.gz	4 MB	表示
XML形式データ	6mtw_validation.xml.gz	32.2 KB	表示
CIF形式データ	6mtw_validation.cif.gz	45.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/6mtw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/6mtw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4x90S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5dt7-3 3vvp-d 4z2g-2 4pby-d 4z2j-2 6hc8-1 1v40-d 4ru0-d 4mmo-d 3vi5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (3) #125 - 2010年5月パルボウイルス (Parvoviruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Group XV phospholipase A2

B: Group XV phospholipase A2

ヘテロ分子

87.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.567, 84.567, 321.744
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-618- HOH

#1: タンパク質

Group XV phospholipase A2 / 1-O-acylceramide synthase / ACS / LCAT-like lysophospholipase / LLPL / Lysophospholipase 3 / ...

分子量: 43121.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLA2G15, LYPLA3, UNQ341/PRO540 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8NCC3, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION

分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#4: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.09 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM sodium cacodylate pH 5.6, 6% isopropanol, 250 mM zinc acetate, 2 mM 1-hydroxy-2-azelaoyl-sn-glycero-3-phosphocholine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月19日
放射	モノクロメーター: Diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.999→39.34 Å / Num. obs: 57874 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.148 / R_pim(I) all: 0.0719 / R_rim(I) all: 0.1654 / Net I/σ(I): 6.94
反射シェル	解像度: 1.999→2.07 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 2.46 / Num. unique obs: 5721 / CC_1/2: 0.868 / R_pim(I) all: 0.2865 / R_rim(I) all: 0.6006 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
xia2	0.5.546	データ削減
xia2	0.5.546	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4X90

4x90

解像度: 1.999→39.337 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2848	3953	3.45 %
R_work	0.2475	-	-
obs	0.2488	57821	98.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.999→39.337 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6038	0	66	342	6446

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6280
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.637	8568
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.016	3672
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	926
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1100

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.999-2.0232	0.394	123	0.3372	3491	X-RAY DIFFRACTION	87
2.0232-2.0488	0.3385	128	0.311	3711	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0488-2.0757	0.2824	139	0.3148	3944	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0757-2.1042	0.3286	154	0.3092	4075	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1042-2.1342	0.3755	145	0.2933	3923	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1342-2.1661	0.3225	140	0.29	4041	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1661-2.1999	0.382	140	0.2966	3913	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1999-2.236	0.3643	146	0.3083	4034	X-RAY DIFFRACTION	100
2.236-2.2745	0.3702	148	0.3438	4009	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2745-2.3159	0.28	142	0.28	3976	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3159-2.3604	0.3089	146	0.2731	4065	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3604-2.4086	0.3126	142	0.276	3991	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4086-2.461	0.3213	134	0.263	3934	X-RAY DIFFRACTION	100
2.461-2.5182	0.3024	144	0.2643	4007	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5182-2.5812	0.2914	143	0.2469	3970	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5812-2.651	0.2866	144	0.2559	3984	X-RAY DIFFRACTION	99
2.651-2.7289	0.3218	140	0.2585	4004	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7289-2.817	0.3748	140	0.2652	3967	X-RAY DIFFRACTION	99
2.817-2.9177	0.2781	141	0.2596	3810	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9177-3.0344	0.3258	144	0.2675	3978	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0344-3.1725	0.3032	142	0.2713	3987	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1725-3.3397	0.2844	152	0.244	4000	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3397-3.5488	0.2593	140	0.232	4028	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5488-3.8226	0.2638	144	0.2241	4003	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8226-4.2068	0.2109	150	0.1996	3995	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2068-4.8147	0.2257	127	0.1944	3961	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8147-6.0624	0.2574	141	0.2144	3988	X-RAY DIFFRACTION	98
6.0624-39.3442	0.2613	134	0.2342	3975	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3957	-0.1855	-0.4414	1.3588	-0.2212	1.054	0.0091	0.0472	-0.0541	-0.0544	-0.0089	-0.1656	0.0677	0.0741	-0.0041	0.2289	-0.0177	-0.0141	0.1953	0.0013	0.2788	91.8953	171.9136	-45.0195
2	0.9525	-0.0795	0.3168	1.2279	0.3205	1.1374	-0.0102	-0.0497	0.1918	0.0669	-0.0009	0.026	-0.0755	-0.0216	0.0131	0.1868	0.0078	-0.0008	0.2317	0.012	0.2913	68.0148	164.546	5.2575
3	0.272	0.0048	-0.4565	0.0915	-0.0093	0.7727	-0.0025	-0.0293	0.0225	-0.0097	-0.0058	-0.0399	-0.0612	0.0737	-0.0064	0.2149	0.0172	-0.0227	0.2339	0.0012	0.3072	80.1536	168.0364	-19.9279

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN B AND ( RESID 4:379 OR RESID 401:407 ) )	B	4 - 379
2	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN B AND ( RESID 4:379 OR RESID 401:407 ) )	B	401 - 407
3	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND ( RESID 4:379 OR RESID 401:407 ) )	A	4 - 379
4	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND ( RESID 4:379 OR RESID 401:407 ) )	A	401 - 407
5	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 501:674 ) OR ( CHAIN B AND RESID 501:668 )	A	501 - 674
6	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 501:674 ) OR ( CHAIN B AND RESID 501:668 )	B	501 - 668

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