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- PDB-4ru0: The crystal structure of abc transporter permease from pseudomona... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ru0 | ||||||
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Title | The crystal structure of abc transporter permease from pseudomonas fluorescens group | ||||||
![]() | Putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter permease / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha/beta fold / solute binding protein / solute / Extracellular | ||||||
Function / homology | Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein-like I / 3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECANE / Putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: The crystal structure of abc transporter permease from pseudomonas fluorescens group Authors: Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 337.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 287.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 877.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 886.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 33.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 46 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 49152.582 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: residues (27-444) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.03 Å3/Da / Density % sol: 59.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.2 M Lithium Sulfate 0.1 M TRIS:HCl pH 8.5 30% (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 9, 2012 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: Si 111, channel / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97924 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.44→50 Å / Num. obs: 68079 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 22.23 Å2 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 15.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.44→2.48 Å / Redundancy: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 2111 / Rsym value: 0.345 / % possible all: 97 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.442→39.748 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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