PDB-3qj0: Crystal Structure of BoNT/A LC complexed with Hydroxamate-based I...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3qj0

タイトル

Crystal Structure of BoNT/A LC complexed with Hydroxamate-based Inhibitor PT-3

要素

Botulinum neurotoxin type A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Botulinum / BONT / Neurotoxin / Toxin / Hydroxamate / Inhibitor / metalloprotease / protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell junction / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / ganglioside GT1b binding / negative regulation of neurotransmitter secretion / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.301 Å

データ登録者

Thompson, A.A. / Han, G.W. / Stevens, R.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Structural Characterization of Three Novel Hydroxamate-Based Zinc Chelating Inhibitors of the Clostridium botulinum Serotype A Neurotoxin Light Chain Metalloprotease Reveals a Compact ...
著者: Thompson, A.A. / Jiao, G.S. / Kim, S. / Thai, A. / Cregar-Hernandez, L. / Margosiak, S.A. / Johnson, A.T. / Han, G.W. / O'Malley, S. / Stevens, R.C.

履歴

登録	2011年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3qj0.cif.gz	180.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3qj0.ent.gz	142.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3qj0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/3qj0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qj/3qj0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3qixC 3qiyC 3qizC 3ddaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3qiz-d 5v0x-3 4caw-d 4e31-d 3nf3-d 3qiy-d 7dej-2 2yne-3 7kyh-2 6c1w-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Botulinum neurotoxin type A

ヘテロ分子

50.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.170, 188.918, 42.562
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Botulinum neurotoxin type A / BoNT/A / Bontoxilysin-A / BOTOX 分子量: 49375.664 Da / 分子数: 1 / 断片: light chain (UNP residues 3-424) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 株: Hall - Serotype A / 遺伝子: botA, CBO0806, CLC_0862, Neurotoxin Light Chain / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: A5HZZ9, UniProt: P0DPI0*PLUS, bontoxilysin
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-QI3 / (4R)-4-(4-chlorophenoxy)-1-[(4-chlorophenyl)sulfonyl]-N-hydroxy-L-prolinamide 分子量: 431.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₆Cl₂N₂O₅S
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10% PEG6000, 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 193 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月16日

放射

モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 13.7 % / Av σ(I) over netI: 29.27 / 数: 285919 / R_merge(I) obs: 0.058 / Χ²: 1 / D res high: 2.3 Å / D res low: 45 Å / Num. obs: 20915 / % possible obs: 94.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.95	45	95.8	1	0.039	0.995	13.1
3.93	4.95	96.8	1	0.049	1.006	13.5
3.44	3.93	62.3	1	0.062	0.985	12.3
3.12	3.44	96.5	1	0.069	0.999	13.6
2.9	3.12	100	1	0.086	0.993	14.6
2.73	2.9	100	1	0.12	0.978	14.7
2.59	2.73	100	1	0.161	0.992	14.7
2.48	2.59	100	1	0.219	1.001	14.4
2.38	2.48	99.6	1	0.252	1.003	13.2
2.3	2.38	95.4	1	0.287	0.997	11.9

反射

解像度: 2.3→45 Å / Num. obs: 20915 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 13.7 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Χ²: 0.995 / Net I/σ(I): 20.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.3-2.38	11.9	0.287	2081	0.997	1	95.4
2.38-2.48	13.2	0.252	2146	1.003	1	99.6
2.48-2.59	14.4	0.219	2169	1.001	1	100
2.59-2.73	14.7	0.161	2166	0.992	1	100
2.73-2.9	14.7	0.12	2174	0.978	1	100
2.9-3.12	14.6	0.086	2189	0.993	1	100
3.12-3.44	13.6	0.069	2123	0.999	1	96.5
3.44-3.93	12.3	0.062	1386	0.985	1	62.3
3.93-4.95	13.5	0.049	2183	1.006	1	96.8
4.95-45	13.1	0.039	2298	0.995	1	95.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DDA

3dda

解像度: 2.301→31.845 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.52 / FOM work R set: 0.8101 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2287	1033	5.11 %	RANDOM
R_work	0.1984	-	-	-
obs	0.1999	20231	91.79 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 54.462 Å² / k_sol: 0.338 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 230.05 Å² / B_iso mean: 69.0226 Å² / B_iso min: 28.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.5162 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-13.9806 Å²	-0 Å²
3-	-	-	19.4968 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.301→31.845 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3206	0	40	63	3309

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3325
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.087	4499
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	484
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	580
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.168	1237

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3011-2.4223	0.3518	138	0.2804	2589	2727	88
2.4223-2.574	0.3094	151	0.2645	2765	2916	95
2.574-2.7727	0.2845	162	0.2292	2807	2969	96
2.7727-3.0515	0.2807	150	0.2203	2949	3099	99
3.0515-3.4926	0.2735	154	0.219	2873	3027	97
3.4926-4.3984	0.197	130	0.1846	2126	2256	71
4.3984-31.8479	0.1784	148	0.1696	3089	3237	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7492	-1.8256	0.1339	2.1446	-0.5176	1.495	0.0124	0.0248	-0.6398	0.1903	0.0137	0.9649	0.0039	-0.1164	-0.0457	0.422	0.0563	0.076	0.4398	-0.0478	0.7053	-26.3952	17.6087	-8.5852
2	2.6132	-2.0721	0.3574	3.9551	-0.6695	1.3698	-0.0866	0.1969	-0.0906	0.1941	-0.0584	0.0349	-0.2322	-0.0463	0.1143	0.3509	0.0682	0.0047	0.3347	0.0314	0.2667	-17.3515	24.622	-8.2475
3	2.12	-1.9249	0.5889	4.9685	-1.0653	1.0137	0.0846	0.4903	0.4483	-0.1601	-0.4362	-0.9343	-0.1822	0.2011	0.3206	0.3258	0.066	0.006	0.3916	0.0936	0.4022	-10.2458	30.6684	-13.0453

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:69)	A	2 - 69
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 70:268)	A	70 - 268
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 269:420)	A	269 - 420

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)