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- PDB-3qiy: Crystal Structure of BoNT/A LC complexed with Hydroxamate-based I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qiy
タイトルCrystal Structure of BoNT/A LC complexed with Hydroxamate-based Inhibitor PT-1
要素Botulinum neurotoxin type A
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Botulinum / BONT / Neurotoxin / Toxin / Hydroxamate / Inhibitor / metalloprotease / protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell junction / symbiont-mediated suppression of host exocytosis / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / ganglioside GT1b binding / negative regulation of neurotransmitter secretion / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity ...host cell junction / symbiont-mediated suppression of host exocytosis / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / ganglioside GT1b binding / negative regulation of neurotransmitter secretion / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding ...Zincin-like / Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like / Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-[bis(4-chlorobenzyl)amino]-N-hydroxybutanamide / Botulinum neurotoxin type A / Botulinum neurotoxin type A
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Thompson, A.A. / Han, G.W. / Stevens, R.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Structural Characterization of Three Novel Hydroxamate-Based Zinc Chelating Inhibitors of the Clostridium botulinum Serotype A Neurotoxin Light Chain Metalloprotease Reveals a Compact ...タイトル: Structural Characterization of Three Novel Hydroxamate-Based Zinc Chelating Inhibitors of the Clostridium botulinum Serotype A Neurotoxin Light Chain Metalloprotease Reveals a Compact Binding Site Resulting from 60/70 Loop Flexibility.
著者: Thompson, A.A. / Jiao, G.S. / Kim, S. / Thai, A. / Cregar-Hernandez, L. / Margosiak, S.A. / Johnson, A.T. / Han, G.W. / O'Malley, S. / Stevens, R.C.
履歴
登録2011年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Botulinum neurotoxin type A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9325
ポリマ－49,3761
非ポリマー5574
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.075, 190.594, 42.721
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-517-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Botulinum neurotoxin type A / BoNT/A / Bontoxilysin-A / BOTOX


分子量: 49375.664 Da / 分子数: 1 / 断片: light chain (UNP residues 3-424) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
株: Hall - Serotype A / 遺伝子: botA, CBO0806, CLC_0862, Neurotoxin Light Chain / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: A5HZZ9, UniProt: P0DPI0*PLUS, bontoxilysin
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-QI1 / 4-[bis(4-chlorobenzyl)amino]-N-hydroxybutanamide


分子量: 367.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H20Cl2N2O2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 13% PEG6000, 100 mM MES, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月25日
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 13.4 % / Av σ(I) over netI: 10.77 / 数: 274889 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 1 / D res high: 2.3 Å / D res low: 45 Å / Num. obs: 20556 / % possible obs: 91.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.95459510.0690.98415.7
3.934.9598.510.0860.99615.6
3.443.9389.610.0931.0110.9
3.123.4499.610.1180.98715
2.93.1299.710.1310.99415.1
2.732.997.410.1690.99314
2.592.7392.410.4241.02211.3
2.482.5992.910.2811.00511.9
2.382.4869.610.2770.98912.1
2.32.3880.710.3280.99510.5
反射解像度: 2.3→45 Å / Num. obs: 20556 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 0.996 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.3810.50.32817860.995180.7
2.38-2.4812.10.27715190.989169.6
2.48-2.5911.90.28120411.005192.9
2.59-2.7311.30.42420291.022192.4
2.73-2.9140.16921660.993197.4
2.9-3.1215.10.13122080.994199.7
3.12-3.44150.11822140.987199.6
3.44-3.9310.90.09320351.01189.6
3.93-4.9515.60.08622440.996198.5
4.95-4515.70.06923140.984195

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DDA

3dda


解像度: 2.3→34.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9106 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2632 1042 5.14 %RANDOM
Rwork0.2261 ---
obs0.228 20289 --
原子変位パラメータBiso max: 218.9 Å2 / Biso mean: 88.9865 Å2 / Biso min: 49.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.3663 Å20 Å20 Å2
2--22.5073 Å20 Å2
3----36.8736 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.542 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→34.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3172 0 33 21 3226
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1131SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes90HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes464HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3257HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion424SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3722SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3282HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4428HARMONIC21.09
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.06
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.43
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3029 101 4.13 %
Rwork0.2483 2347 -
all0.2503 2448 -
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.23 Å / Origin y: 26.0612 Å / Origin z: -10.5151 Å
111213212223313233
T-0.2924 Å20.0495 Å20.0109 Å2--0.304 Å2-0.0402 Å2---0.0052 Å2
L3.9833 °2-2.3143 °20.3053 °2-5.9887 °2-0.6126 °2--1.6694 °2
S-0.0431 Å °0.274 Å °-0.0622 Å °-0.1568 Å °-0.1126 Å °-0.5442 Å °-0.2098 Å °-0.1329 Å °0.1557 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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