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- PDB-6hax: Crystal structure of PROTAC 2 in complex with the bromodomain of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hax
タイトルCrystal structure of PROTAC 2 in complex with the bromodomain of human SMARCA2 and pVHL:ElonginC:ElonginB
要素
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • Probable global transcription activator SNF2L2
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードGENE REGULATION / bromodomain / E3 Ubiquitin Protein Ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


bBAF complex / regulation of cellular response to hypoxia / npBAF complex / nBAF complex / brahma complex / GBAF complex / RHOBTB3 ATPase cycle / nucleosome array spacer activity / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of G0 to G1 transition ...bBAF complex / regulation of cellular response to hypoxia / npBAF complex / nBAF complex / brahma complex / GBAF complex / RHOBTB3 ATPase cycle / nucleosome array spacer activity / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of G0 to G1 transition / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / regulation of nucleotide-excision repair / VCB complex / intermediate filament cytoskeleton / elongin complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation of T cell differentiation / intracellular membraneless organelle / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation of double-strand break repair / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / spermatid development / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / positive regulation of stem cell population maintenance / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / negative regulation of cell differentiation / ATP-dependent activity, acting on DNA / positive regulation of myoblast differentiation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / negative regulation of signal transduction / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / protein serine/threonine kinase binding / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / transcription corepressor binding / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / helicase activity / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / negative regulation of cell growth / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / cell morphogenesis / Evasion by RSV of host interferon responses / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / RMTs methylate histone arginines / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / nervous system development / Neddylation / microtubule cytoskeleton / regulation of gene expression / Replication of the SARS-CoV-2 genome / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / molecular adaptor activity / cellular response to hypoxia / histone binding / amyloid fibril formation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / hydrolase activity / transcription cis-regulatory region binding / protein stabilization / protein ubiquitination / cilium / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / ubiquitin protein ligase binding / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process
類似検索 - 分子機能
BRK domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Elongin C; Chain C, domain 1 / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. ...BRK domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Elongin C; Chain C, domain 1 / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / domain in helicases and associated with SANT domains / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / Elongin-C / Elongin B / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Helicase conserved C-terminal domain / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Ubiquitin-like (UB roll) / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FWZ / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Probable global transcription activator SNF2L2 / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Roy, M. / Bader, G. / Diers, E. / Trainor, N. / Farnaby, W. / Ciulli, A.
資金援助1件
組織認可番号国
European Research CouncilERC-2012-StG-311460 DrugE3CRLs
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: BAF complex vulnerabilities in cancer demonstrated via structure-based PROTAC design.
著者: Farnaby, W. / Koegl, M. / Roy, M.J. / Whitworth, C. / Diers, E. / Trainor, N. / Zollman, D. / Steurer, S. / Karolyi-Oezguer, J. / Riedmueller, C. / Gmaschitz, T. / Wachter, J. / Dank, C. / ...著者: Farnaby, W. / Koegl, M. / Roy, M.J. / Whitworth, C. / Diers, E. / Trainor, N. / Zollman, D. / Steurer, S. / Karolyi-Oezguer, J. / Riedmueller, C. / Gmaschitz, T. / Wachter, J. / Dank, C. / Galant, M. / Sharps, B. / Rumpel, K. / Traxler, E. / Gerstberger, T. / Schnitzer, R. / Petermann, O. / Greb, P. / Weinstabl, H. / Bader, G. / Zoephel, A. / Weiss-Puxbaum, A. / Ehrenhofer-Wolfer, K. / Wohrle, S. / Boehmelt, G. / Rinnenthal, J. / Arnhof, H. / Wiechens, N. / Wu, M.Y. / Owen-Hughes, T. / Ettmayer, P. / Pearson, M. / McConnell, D.B. / Ciulli, A.
履歴
登録2018年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年7月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable global transcription activator SNF2L2
B: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
C: Elongin-C
D: Elongin-B
E: Probable global transcription activator SNF2L2
F: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
G: Elongin-C
H: Elongin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,55925
ポリマ－111,6128
非ポリマー2,94717
水3,837213
1
A: Probable global transcription activator SNF2L2
B: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
C: Elongin-C
D: Elongin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,46114
ポリマ－55,8064
非ポリマー1,65510
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
E: Probable global transcription activator SNF2L2
F: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
G: Elongin-C
H: Elongin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,09811
ポリマ－55,8064
非ポリマー1,2937
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.508, 116.241, 120.596
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#1: タンパク質 Probable global transcription activator SNF2L2 / ATP-dependent helicase SMARCA2 / BRG1-associated factor 190B / BAF190B / Protein brahma homolog / ...ATP-dependent helicase SMARCA2 / BRG1-associated factor 190B / BAF190B / Protein brahma homolog / hBRM / SNF2-alpha / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 2


分子量: 14380.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCA2, BAF190B, BRM, SNF2A, SNF2L2 / プラスミド: pDEST15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P51531, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18702.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / プラスミド: pHAT4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#3: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / プラスミド: pCDF-1b DUET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#4: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11748.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / プラスミド: pCDF-1b DUET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370

-
非ポリマー , 4種, 230分子

#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-FWZ / (2~{S},4~{R})-~{N}-[[2-[2-[4-[[4-[3-azanyl-6-(2-hydroxyphenyl)pyridazin-4-yl]piperazin-1-yl]methyl]phenyl]ethoxy]-4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-1-[(2~{S})-2-[(1-fluoranylcyclopropyl)carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide


分子量: 920.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H58FN9O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.34 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.75
詳細: 13% (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium formate, 0.1 M HEPES, pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97998 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→34.41 Å / Num. obs: 47960 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11.9 % / Biso Wilson estimate: 55.72 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Rrim(I) all: 0.187 / Net I/σ(I): 11.76
反射 シェル解像度: 2.35→2.49 Å / 冗長度: 11.79 % / Rmerge(I) obs: 0.96 / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / Num. unique obs: 7495 / CC1/2: 0.835 / Rrim(I) all: 1.003 / % possible all: 97.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.25 Å48.33 Å
Translation2.25 Å48.33 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSJan 26, 2018データ削減
XSCALEJan 26, 2018データスケーリング
PHASER2.4.0位相決定
BUSTER2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T35, 4QY4

5t35

4qy4


解像度: 2.35→34.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.371 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.371 / SU Rfree Blow DPI: 0.25 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.253 / 詳細: TLS, NCS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 2391 5 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.234 47827 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 153.25 Å2 / Biso mean: 51.93 Å2 / Biso min: 24.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.009 Å20 Å20 Å2
2--2.2928 Å20 Å2
3---0.7162 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→34.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7364 0 203 213 7780
Biso mean--47.03 47.03 -
残基数----927
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2710SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes194HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1089HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7724HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1001SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8541SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7724HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10469HARMONIC21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.17
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.36
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 174 4.98 %
Rwork0.208 3319 -
all0.21 3493 -
obs--99.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6499-0.6717-0.17922.62850.05331.4299-0.0314-0.1780.19650.1838-0.20230.3136-0.2106-0.11620.2338-0.098-0.0155-0.0115-0.2907-0.04920.1303-56.059916.8235-32.7326
21.60740.54141.22540.7120.52651.1014-0.10490.01710.31810.06150.0665-0.0078-0.04680.02430.0384-0.1269-0.0225-0.0767-0.2630.02740.2112-21.279317.6241-20.7351
33.935-0.72060.96223.61070.77922.4808-0.02370.16750.11780.0761-0.2099-0.17290.01560.11650.2336-0.15090.0063-0.0306-0.2678-0.01190.12790.861314.6811-4.6168
40.5616-0.08910.39631.7542-1.50971.334-0.0506-0.12080.0442-0.00050.03190.10680.0106-0.20330.0187-0.1120.0298-0.0334-0.1877-0.07040.12040.74682.45818.3892
53.0751-0.46630.30910.0446-0.50111.2922-0.0735-0.1422-0.19860.06690.0411-0.06750.10150.04470.0324-0.1154-0.01660.0621-0.2674-0.01230.192810.2385-15.1145-29.8636
62.45860.1951-2.22550.7166-0.12922.716-0.20350.1308-0.0820.07270.1042-0.11930.1911-0.04010.0993-0.10840.01260.0196-0.2726-0.0440.0865-25.8781-15.6333-20.5458
74.0087-0.4615-1.01771.5577-0.29172.8074-0.0220.27120.11760.0877-0.14670.18130.1452-0.35520.1687-0.11110.0071-0.0079-0.2742-0.0560.1051-49.4854-11.8846-4.5696
81.1255-0.2463-0.94022.32451.0591.92030.0715-0.07710.11-0.07950.017-0.0352-0.02570.1554-0.0885-0.11320.02650.0189-0.2263-0.02360.1056-47.17690.45338.9393
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1376 - 1490
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B60 - 208
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C16 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1 - 104
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E1372 - 1492
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F61 - 209
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G16 - 112
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }H1 - 104

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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