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- PDB-4qy4: Crystal structure of the bromodomain of human SMARCA2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qy4
タイトルCrystal structure of the bromodomain of human SMARCA2
要素SMARCA2 protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / SMARCA2 BAF190B BRM SNF2A SNF2L2 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


bBAF complex / npBAF complex / nBAF complex / brahma complex / GBAF complex / nucleosome array spacer activity / regulation of G0 to G1 transition / RSC-type complex / intermediate filament cytoskeleton / regulation of nucleotide-excision repair ...bBAF complex / npBAF complex / nBAF complex / brahma complex / GBAF complex / nucleosome array spacer activity / regulation of G0 to G1 transition / RSC-type complex / intermediate filament cytoskeleton / regulation of nucleotide-excision repair / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of stem cell population maintenance / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of cell differentiation / spermatid development / ATP-dependent activity, acting on DNA / positive regulation of myoblast differentiation / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / positive regulation of cell differentiation / helicase activity / negative regulation of cell growth / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / RMTs methylate histone arginines / nervous system development / histone binding / transcription coactivator activity / hydrolase activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Remodelling complex subunit Rsc/polybromo / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex ...BRK domain / BRK domain / BRK domain superfamily / domain in transcription and CHROMO domain helicases / Remodelling complex subunit Rsc/polybromo / Glutamine-Leucine-Glutamine, QLQ / QLQ / QLQ domain profile. / QLQ / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / Snf2, ATP coupling domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / domain in helicases and associated with SANT domains / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Helicase conserved C-terminal domain / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 2 / cDNA FLJ36757 fis, clone UTERU2018522, highly similar to Human transcriptional activator hSNF2a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Tallant, C. / Savitsky, P. / Nunez-Alonso, G. / Fonseca, M. / Krojer, T. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. ...Tallant, C. / Savitsky, P. / Nunez-Alonso, G. / Fonseca, M. / Krojer, T. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the bromodomain of human SMARCA2
著者: Tallant, C. / Savitsky, P. / Nunez-Alonso, G. / Fonseca, M. / Krojer, T. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S.
履歴
登録2014年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SMARCA2 protein
B: SMARCA2 protein
C: SMARCA2 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3386
ポリマ－43,1423
非ポリマー1963
水1,76598
1
A: SMARCA2 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4462
ポリマ－14,3811
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SMARCA2 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4462
ポリマ－14,3811
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: SMARCA2 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4462
ポリマ－14,3811
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.346, 64.346, 89.117
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質 SMARCA2 protein


分子量: 14380.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCA2 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3 / 参照: UniProt: Q8N9Q1, UniProt: P51531*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% PEG 6K, 8% ethylene glycol, 0.01M ZnCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→55.73 Å / Num. all: 28970 / Num. obs: 28970 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 18.046 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.219 / Rsym value: 0.141 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value
1.99-2.0463.292.8103551.324
2.04-2.16.42.3973.8130990.934
2.1-2.156.81.7474.9133090.663
2.15-2.226.71.1016127440.421
2.22-2.296.20.7417.1114240.294
2.29-2.376.70.5388.1121340.205
2.37-2.456.50.4169.1111460.162
2.45-2.556.50.3710.399440.144
2.55-2.666.20.33311.399000.133
2.66-2.786.50.29312.998280.115
7.36-12.746.90.13425.338470.05

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Ensemble of 2GRC, 2OSS, 3D7C, 2OUO, 2OO1, 3DAI, 3DWY.

2grc

2oss

3d7c

2ouo

2oo1

3dai

3dwy


解像度: 1.97→55.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 9.877 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27889 1415 4.9 %RANDOM
Rwork0.22367 ---
all0.22633 28970 --
obs0.22633 27508 98.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.384 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.73 Å20.36 Å20 Å2
2--0.73 Å2-0 Å2
3----2.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→55.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2650 0 3 98 2751
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192690
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022680
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.61.9763607
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8436171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8665320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.00824.385130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.29715547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8891520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2403
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022969
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02607
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4731.8271289
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4721.8251288
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2622.7251606
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2622.7271607
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9412.081401
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.942.0821402
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1623.0162002
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.05414.5233177
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.0114.4123155
LS精密化 シェル解像度: 1.968→2.019 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 111 -
Rwork0.326 1758 -
obs--85.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4344-0.1047-0.02560.85720.05531.9281-0.00560.1666-0.03470.0862-0.0463-0.124-0.1494-0.10860.05190.11640.05430.03490.13370.03970.107528.047420.407618.473
20.5123-0.13680.04830.39120.23571.62020.02260.0113-0.02130.0465-0.07590.00970.0061-0.15930.05320.13070.06460.04810.1541-0.01030.08741.80034.433726.213
30.96230.99180.32761.3861.17292.089-0.01560.43230.17590.28020.5225-0.04060.52070.3587-0.5070.16810.1634-0.1360.4316-0.01130.16772.738831.58083.6272
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1381 - 1490
2X-RAY DIFFRACTION2B1383 - 1490
3X-RAY DIFFRACTION3C1383 - 1487

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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