PDB-6ha6: Factor Inhibiting HIF (FIH) in complex with zinc, NOG and TRPV3 (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ha6

タイトル

Factor Inhibiting HIF (FIH) in complex with zinc, NOG and TRPV3 (220-246)

要素

Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3

キーワード

GENE REGULATION / NON-HEME / DIOXYGENASE / OXYGENASE / METAL-BINDING / TRANSCRIPTION / DSBH / FACIAL TRIAD / ASPARAGINYL/ASPARTYL HYDROXYLASE / SIGNALING / ARD / BETA-HYDROXYLATION / ACTIVATOR-INHIBITOR / OXIDOREDUCTASE-PEPTIDE COMPLEX / OXIDOREDUCTASE ANKYRIN / CHANNEL / PROTEIN BINDING / ION CHANNEL / TRPV CHANNEL / MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / negative regulation of hair cycle / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Leissing, T.M. / Clifton, I.J. / Saward, B.G. / Lu, X. / Hopkinson, R.J. / Schofield, C.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Factor Inhibiting HIF (FIH) in complex with zinc, NOG and TRPV3 (220-246)
著者: Leissing, T.M. / Clifton, I.J. / Saward, B.G. / Lu, X. / Hopkinson, R.J. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2018年8月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ha6.cif.gz	165 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ha6.ent.gz	129.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ha6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ha6_validation.pdf.gz	464.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ha6_full_validation.pdf.gz	468.4 KB	表示
XML形式データ	6ha6_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	6ha6_validation.cif.gz	22.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/6ha6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/6ha6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1h2kS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2w0x-1 4z1v-1 2wa3-1 1h2n-1 3d8c-1 5opc-1 6h9j-1 5op8-1 1mzf-2 1yci-1 4bio-1 3kcx-1 4z2w-1 2ilm-1 5jwk-1 6hl5-1 5jwp-1 1h2m-1 2wa4-1 1mze-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (11) #250 - 2020年10月カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1) 類似性 (3) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor

D: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3

ヘテロ分子

44 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor

D: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3

ヘテロ分子

A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor

D: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.080, 87.080, 149.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AD

#1: タンパク質	Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor / Factor inhibiting HIF-1 / FIH-1 / Hypoxia-inducible factor asparagine hydroxylase 分子量: 40328.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF1AN, FIH1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: タンパク質・ペプチド	Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3 / TrpV3 / Vanilloid receptor-like 3 / VRL-3 分子量: 2776.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NET8

#1: タンパク質

Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor / Factor inhibiting HIF-1 / FIH-1 / Hypoxia-inducible factor asparagine hydroxylase

分子量: 40328.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF1AN, FIH1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...

#2: タンパク質・ペプチド

Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3 / TrpV3 / Vanilloid receptor-like 3 / VRL-3

分子量: 2776.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成)

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NET8

-
非ポリマー , 5種, 126分子

#3: 化合物	ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン分子量: 147.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₅NO₅ / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Hepes pH = 7.5, 1.7 M ammonium sulfate, 5.5% PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→74.68 Å / Num. obs: 40834 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19 % / R_rim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 18
反射シェル	解像度: 1.98→2.01 Å / 冗長度: 20.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2001 / R_rim(I) all: 2.821 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1H2K

1h2k

解像度: 1.98→61.575 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.28

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2028	2027	4.97 %
R_work	0.1806	-	-
obs	0.1818	40754	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→61.575 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2786	0	49	117	2952

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2966
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.591	4043
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.654	1729
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	413
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	533

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9801-2.0296	0.2983	171	0.2725	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0296-2.0845	0.2839	134	0.2512	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0845-2.1458	0.2468	148	0.2328	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1458-2.2151	0.3167	115	0.2292	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2151-2.2942	0.2977	135	0.2585	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2942-2.3861	0.2495	146	0.2078	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3861-2.4947	0.2377	142	0.1899	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4947-2.6262	0.2414	138	0.1909	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6262-2.7908	0.218	135	0.2003	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7908-3.0062	0.223	143	0.2012	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0062-3.3087	0.2125	136	0.1988	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3087-3.7875	0.1987	158	0.1743	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7875-4.7715	0.1628	161	0.1357	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7715-61.6046	0.187	165	0.1775	3000	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.9773	-4.2677	8.3038	1.6826	-3.7919	7.3348	-0.2982	1.3312	1.0468	-0.1891	-0.5964	-0.36	-0.2697	0.7349	0.9511	0.5516	-0.0116	-0.0541	0.7626	0.3202	0.9064	-12.6213	36.9814	-21.4502
2	7.3352	1.8019	4.4768	4.6074	0.2649	5.4661	0.1071	1.0123	-0.0143	-0.575	-0.1099	0.0351	0.347	0.2703	-0.0208	0.474	0.1191	0.0857	0.817	0.1583	0.4292	-14.8842	18.3107	-26.6368
3	4.2696	-0.6193	3.0501	3.139	1.1622	3.5658	-0.3511	-0.7232	0.5673	0.3818	0.1134	0.6716	-0.2012	-0.8176	0.2671	0.4531	0.1322	0.1366	0.8146	0.099	0.7043	-31.6571	28.5767	-9.4282
4	4.1512	-2.8006	0.7188	4.1566	-1.4999	3.7124	-0.7168	-0.8289	0.3166	1.2991	0.4245	0.0282	-0.8787	-0.7058	0.2425	0.7712	0.1745	0.0105	0.9866	-0.0888	0.6896	-18.9276	28.8714	4.8267
5	4.8862	0.1569	2.5864	0.8908	1.3669	6.6777	-0.0064	-1.252	0.2896	0.6176	-0.0742	0.2416	0.1233	-1.3032	0.1865	0.5336	0.1631	0.0916	0.9714	0.0757	0.6163	-29.9659	26.9608	-5.675
6	4.8695	-0.133	2.3571	1.831	0.1116	3.2447	0.1849	-0.2119	-0.1028	0.1621	0.0854	0.3503	0.206	-0.3954	-0.2615	0.3972	0.0222	0.044	0.6571	0.1826	0.5056	-22.0122	18.128	-13.2047
7	4.8168	-1.7793	2.248	2.9105	-1.9373	4.9773	-0.0144	0.2321	0.573	0.0708	-0.0117	0.0549	-0.0609	0.252	0.0322	0.3497	-0.0092	0.0193	0.5037	0.0782	0.4746	-5.0687	21.4878	-7.0855
8	6.522	-0.377	2.4481	1.0117	-0.3263	2.3562	0.018	0.2495	0.5193	0.0575	-0.0858	0.0498	-0.1465	-0.0671	0.0635	0.3637	0.0152	0.0298	0.578	0.1372	0.4922	-10.9222	24.373	-12.9367
9	7.0889	-1.8552	1.9711	5.5307	-2.8829	3.9043	0.4162	0.2678	-0.8343	-0.4898	-0.0893	0.3074	0.7609	-0.0684	-0.3652	0.512	-0.0164	-0.1255	0.4379	0.038	0.5564	-6.143	2.6507	-7.1199
10	2.2398	-2.558	-2.6435	6.3372	-0.5843	6.3075	0.0491	-0.2852	-0.3608	0.5596	-0.1922	0.0219	-0.5705	-0.5425	-0.095	0.5939	0.0163	-0.1068	0.5117	-0.0123	0.4075	7.5024	5.8383	4.9512
11	2.5583	-4.2667	2.2598	7.5682	-3.622	2.0297	0.8305	-0.4141	-2.3538	-1.1399	0.0681	1.7115	1.5314	-1.8815	-0.8073	1.2064	-0.3065	0.0408	1.8811	-0.323	1.4332	-6.625	-2.3793	-7.3692
12	9.2912	-0.1433	5.093	4.6893	-5.5427	9.2301	-0.6487	-0.5636	-2.3692	0.9289	1.0312	1.5232	-0.8706	-1.0895	-0.1548	0.7819	0.0303	0.2755	1.1059	-0.1028	1.7481	-16.2301	12.1522	-3.4695

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 37 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 38 through 64 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 65 through 95 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 96 through 137 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 138 through 166 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 167 through 211 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 212 through 247 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 248 through 297 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 298 through 330 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 331 through 349 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 231 through 235 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 236 through 244 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)