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- PDB-6ha5: AFGH61B L90V/D131S/M134L/A141W VARIANT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ha5
タイトルAFGH61B L90V/D131S/M134L/A141W VARIANT
要素Endoglucanase, putative
キーワードOXIDOREDUCTASE / lytic polysaccharide monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose binding / cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #70 / : / Auxiliary Activity family 9 / Auxiliary Activity family 9 (formerly GH61) / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / COPPER (II) ION / AA9 family lytic polysaccharide monooxygenase B
類似検索 - 構成要素
生物種Neosartorya fumigata (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Lo Leggio, L. / Poulsen, J.C.N.
引用ジャーナル: Carbohydr. Res. / 年: 2018
タイトル: Structure of a lytic polysaccharide monooxygenase from Aspergillus fumigatus and an engineered thermostable variant.
著者: Lo Leggio, L. / Weihe, C.D. / Poulsen, J.N. / Sweeney, M. / Rasmussen, F. / Lin, J. / De Maria, L. / Wogulis, M.
履歴
登録2018年8月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase, putative
B: Endoglucanase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8438
ポリマ－48,4802
非ポリマー3636
水6,539363
1
A: Endoglucanase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4214
ポリマ－24,2401
非ポリマー1823
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Endoglucanase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4214
ポリマ－24,2401
非ポリマー1823
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.100, 44.280, 60.000
Angle α, β, γ (deg.)89.640, 108.320, 108.950
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIC / Beg label comp-ID: HIC / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 228 / Label seq-ID: 1 - 228

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Endoglucanase, putative


分子量: 24239.771 Da / 分子数: 2 / 変異: L90V/D131S/M134L/A141W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (カビ) / 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: AFUA_4G07850 / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌)
参照: UniProt: Q4WP32, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: reservoir consisting of 0.1 M cobalt chloride, 0.1 M Tris pH 8.5; 20 %w/v Polyvinylpyrrolidone K15 and a 1:1 protein reservoir ratio in 0.3 microliter drop
Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.03982 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03982 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→20 Å / Num. obs: 27929 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.87→1.92 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZUD

3zud


解像度: 1.87→19.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 3.049 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.133
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1815 1404 5 %RANDOM
Rwork0.1389 ---
obs0.1411 26525 96.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 61.89 Å2 / Biso mean: 21.613 Å2 / Biso min: 10.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.93 Å21 Å20.98 Å2
2---1.38 Å20.37 Å2
3----1.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.87→19.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3414 0 18 366 3798
Biso mean--38.27 30.52 -
残基数----456
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0143612
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173093
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3131.6614969
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9031.657247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9945479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.95425154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.10415484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.476154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2490
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024177
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02701
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7832.0691863
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7442.0641858
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5133.0912327
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 7287 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.918 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 98 -
Rwork0.182 1959 -
all-2057 -
obs--95.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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