PDB-6h8m: Crystal structure of the third SRCR domain of Murine Neurotrypsin.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h8m

タイトル

Crystal structure of the third SRCR domain of Murine Neurotrypsin.

要素

Neurotrypsin

キーワード

HYDROLASE / Neurotrypsin / Extracellular protease / SRCR domain / CRD domain

機能・相同性

機能・相同性情報

zymogen activation / exocytosis / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / synaptic cleft / Schaffer collateral - CA1 synapse / terminal bouton / presynapse / peptidase activity / cytoplasmic vesicle / axon ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Canciani, A. / Forneris, F.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2019
タイトル: Structural characterization of the third scavenger receptor cysteine-rich domain of murine neurotrypsin.
著者: Canciani, A. / Catucci, G. / Forneris, F.

履歴

登録	2018年8月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月27日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h8m.cif.gz	100.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h8m.ent.gz	77.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h8m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6h8m_validation.pdf.gz	428 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6h8m_full_validation.pdf.gz	430.3 KB	表示
XML形式データ	6h8m_validation.xml.gz	10.6 KB	表示
CIF形式データ	6h8m_validation.cif.gz	13.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/6h8m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/6h8m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1by2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2450 1dv8-d 1u79-2 3ff2-d 1o4j-d 4iq2-2 1lit-d 1y0o-1 1o4o-d 4mn6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#25 - 2002年1月トロンビン (Thrombin) 類似性 (8) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Neurotrypsin

B: Neurotrypsin

25 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Neurotrypsin

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
12.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Neurotrypsin

登録者が定義した集合体
12.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.752, 62.902, 84.526
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	0	1	0	A	1 - 107
2	0	1	0	B	1 - 107

#1: タンパク質	Neurotrypsin / Brain-specific serine protease 3 / BSSP-3 / Motopsin / Serine protease 12 分子量: 12506.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The first two residues of the provided sequence (GS) have been introduced during generation of the recombinant protein (tag residues). The last five residues (KKASS) are flexible. 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Prss12, Bssp3 / プラスミド: pCIOX / 詳細 (発現宿主): Addgene #51300 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Shuffle T7 参照: UniProt: O08762, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 16% PEG 3350, 0.1 M Tri-soidium citrate / Temp details: cold room

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.983 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.983 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→42.6 Å / Num. obs: 34576 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 2.84 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 1785 / CC_1/2: 0.434 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BY2

1by2

解像度: 1.7→42.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 4.836 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21306	1725	5 %	RANDOM
R_work	0.18992	-	-	-
obs	0.19122	32795	99.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.813 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.91 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.7→42.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1654	0	0	85	1739

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.014	1701
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1479
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.699	1.655	2291
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.04	1.658	3478
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.23	5	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.103	22	100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.489	15	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.399	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	207
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1972
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	316
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.66	4.163	859
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.66	4.156	858
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.54	6.201	1072
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.538	6.21	1073
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.041	4.631	842
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.009	4.61	840
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.146	6.738	1219
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.747	47.282	1830
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.761	47.226	1822
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3063 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.14 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.412	112	-
R_work	0.363	2397	-
obs	-	-	99.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.929	1.9781	-4.3129	3.6931	-4.7869	10.0321	0.1305	0.1411	0.3154	0.0487	0.0848	-0.0034	-0.0706	-0.0078	-0.2153	0.015	-0.0074	0.0059	0.0267	0.0067	0.0365	30.4754	36.3493	12.6859
2	12.2691	-9.7771	-7.2911	11.0367	1.2315	10.9105	-0.1726	-0.1129	-0.2261	0.4251	0.5393	0.6264	-0.2586	-0.6336	-0.3667	0.0396	0.0104	0.0726	0.1314	-0.0118	0.1904	24.335	31.2753	23.6738
3	2.6888	-1.0712	1.5714	2.8754	-1.9307	4.4992	-0.1648	0.0754	0.3649	0.0551	-0.0496	-0.222	-0.3466	0.2168	0.2144	0.0477	-0.0395	0.003	0.0399	-0.0211	0.0835	34.986	36.247	17.5111
4	4.1175	-2.2642	0.4127	7.1761	-1.4859	2.967	-0.13	0.0404	-0.0225	0.041	0.0295	0.0067	0.0786	0.0474	0.1005	0.0143	-0.0065	0.0098	0.0474	-0.0268	0.0224	36.6808	27.439	24.3596
5	3.2411	0.7961	2.8175	6.3041	-4.66	9.4548	0.1374	0.6265	0.0001	-0.4843	-0.0657	-0.0415	0.3844	0.4268	-0.0717	0.1128	0.0438	0.0702	0.1854	-0.0167	0.0757	37.1893	27.286	9.6713
6	3.7672	-0.4884	-1.1022	9.874	8.5302	8.0497	0.1824	0.4371	0.2241	-0.2712	0.14	-0.8166	-0.4444	0.2562	-0.3224	0.091	-0.0805	-0.0829	0.1791	0.141	0.4111	46.2331	40.1611	17.372
7	5.4515	1.3065	-1.7153	3.2071	1.0893	12.3755	-0.6964	0.5945	1.0954	0.1314	-0.0039	-0.005	-0.4195	0.2147	0.7003	0.2551	-0.1616	-0.2108	0.1097	0.1648	0.3936	37.9727	45.9629	17.2572
8	1.492	-0.5473	2.1588	7.0529	0.3901	3.3345	-0.0966	0.4041	0.144	-0.3043	0.0263	-0.8241	-0.1617	0.6327	0.0704	0.1174	0.0175	0.0485	0.1969	-0.0139	0.1371	41.8351	31.8213	16.8137
9	3.3533	-0.3863	0.2816	6.5115	-1.4387	0.4946	-0.0549	0.1095	-0.0578	-0.2223	-0.0263	-0.1379	0.123	0.1395	0.0813	0.1043	0.0245	0.032	0.2075	-0.0134	0.0944	43.3493	22.111	27.4675
10	4.0651	2.1607	0.8485	4.1134	0.4774	1.2712	0.1035	-0.2619	-0.5221	0.4411	-0.0829	-0.3107	0.4031	0.1993	-0.0206	0.1907	0.0861	0.0022	0.1722	0.0111	0.1132	44.0791	16.1882	33.8923
11	4.5103	0.7775	0.9451	3.6791	-0.0403	4.1356	0.0219	-0.2267	-0.1608	0.4502	-0.0008	-0.2156	0.2768	0.2979	-0.0211	0.0793	0.0366	-0.0262	0.142	-0.0209	0.024	44.9679	21.5585	34.9922
12	5.6995	-1.6823	2.7088	13.1826	1.7951	1.8343	0.2816	-0.5289	-0.9031	0.8112	0.1201	-0.1034	0.3088	-0.253	-0.4017	0.3319	0.1619	-0.1004	0.332	0.1001	0.5603	50.7512	8.471	35.3155
13	2.9451	-0.6738	0.5341	4.1416	1.1324	4.6349	0.1616	-0.6567	-0.8194	0.9222	-0.2724	-0.1909	0.7597	0.3129	0.1108	0.3812	0.0106	-0.1288	0.4294	0.1701	0.38	44.6092	15.0161	39.1863

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	8 - 13
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	14 - 51
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	52 - 59
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	60 - 69
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	70 - 74
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	75 - 82
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	83 - 106
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	1 - 13
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	14 - 44
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	45 - 68
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	69 - 79
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	80 - 106

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)