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- PDB-6h8h: Molybdenum storage protein - in a recombinant and in vivo-like form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h8h
タイトルMolybdenum storage protein - in a recombinant and in vivo-like form
要素(Molybdenum storage protein subunit ...) x 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / polyoxomolybdate cluster / molybdenum storage protein / bionanolab
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / molybdenum ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Molybdenum storage protein subunit alpha/beta / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Amino acid kinase family / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8M0 / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Mo5 Cluster / Mo14O47 cluster / bis(mu2-oxo)-octaoxo-dimolybdenum (VI) / MOLYBDATE ION / PHOSPHATE ION / Molybdenum storage protein subunit beta / Molybdenum storage protein subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.901 Å
データ登録者Ermler, U. / Bruenle, S.
引用ジャーナル: J. Inorg. Biochem. / 年: 2018
タイトル: The molybdenum storage protein - A bionanolab for creating experimentally alterable polyoxomolybdate clusters.
著者: Brunle, S. / Poppe, J. / Hail, R. / Demmer, U. / Ermler, U.
履歴
登録2018年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rsym_value ..._reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns_shell.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value
改定 1.22024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Molybdenum storage protein subunit beta
A: Molybdenum storage protein subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,17012
ポリマ－57,4932
非ポリマー6,67610
水4,450247
1
B: Molybdenum storage protein subunit beta
A: Molybdenum storage protein subunit alpha
ヘテロ分子

B: Molybdenum storage protein subunit beta
A: Molybdenum storage protein subunit alpha
ヘテロ分子

B: Molybdenum storage protein subunit beta
A: Molybdenum storage protein subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,50936
ポリマ－172,4796
非ポリマー20,02930
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area33210 Å2
ΔGint-274 kcal/mol
Surface area47810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.100, 117.100, 235.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-303-

GX2

21B-303-

GX2

31B-303-

GX2

41B-303-

GX2

51A-304-

MOO

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要素

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Molybdenum storage protein subunit ... , 2種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Molybdenum storage protein subunit beta / MoSto subunit beta


分子量: 28247.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定)
遺伝子: mosB, Avin_43210 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P84253
#2: タンパク質 Molybdenum storage protein subunit alpha / Mo storage protein subunit alpha / MoSto subunit alpha


分子量: 29245.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定)
遺伝子: mosA, Avin_43200 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P84308

-
非ポリマー , 9種, 257分子

#3: 化合物 ChemComp-8M0 / bis(mu4-oxo)-tetrakis(mu3-oxo)-hexakis(mu2-oxo)-hexadecaoxo-octamolybdenum (VI) / Octamolybdate [Mo(VI)8O28]8-


分子量: 1215.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo8O28
#4: 化合物 ChemComp-FUQ / Mo5 Cluster


分子量: 899.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H20Mo5O25
#5: 化合物 ChemComp-GX2 / Mo14O47 cluster


分子量: 2112.267 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H17Mo14O47
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物 ChemComp-MOO / MOLYBDATE ION / MOLYBDATE


分子量: 159.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: MoO4
#10: 化合物 ChemComp-M27 / bis(mu2-oxo)-octaoxo-dimolybdenum (VI) / dimolybdate [Mo(VI)2O10]8-


分子量: 351.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo2O10
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M sodium citrate, 1 M NH4H2PO4, 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 141946 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / CC1/2: 0.735 / Rsym value: 1.276

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NDO

4ndo


解像度: 1.901→46.942 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.07 / 位相誤差: 22.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 7159 5.06 %
Rwork0.206 --
obs0.2068 141489 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.901→46.942 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3800 0 183 245 4228
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064122
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.5085851
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2782430
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044634
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004705
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9011-1.92270.33982520.34644363X-RAY DIFFRACTION97
1.9227-1.94530.34232250.31924527X-RAY DIFFRACTION100
1.9453-1.9690.30622420.29324462X-RAY DIFFRACTION100
1.969-1.9940.28182550.28354497X-RAY DIFFRACTION100
1.994-2.02020.26812360.27764499X-RAY DIFFRACTION100
2.0202-2.04790.28622280.26664522X-RAY DIFFRACTION100
2.0479-2.07710.28782710.2634409X-RAY DIFFRACTION100
2.0771-2.10810.26742290.24384526X-RAY DIFFRACTION100
2.1081-2.14110.26432470.22924484X-RAY DIFFRACTION100
2.1411-2.17620.23782490.22194503X-RAY DIFFRACTION100
2.1762-2.21370.23222380.21394512X-RAY DIFFRACTION100
2.2137-2.25390.20522370.20844476X-RAY DIFFRACTION100
2.2539-2.29730.22832640.20824447X-RAY DIFFRACTION100
2.2973-2.34420.21892660.20664501X-RAY DIFFRACTION100
2.3442-2.39520.2112600.19384446X-RAY DIFFRACTION100
2.3952-2.45090.21572300.20854490X-RAY DIFFRACTION100
2.4509-2.51220.22372210.21644517X-RAY DIFFRACTION100
2.5122-2.58010.27392360.20844498X-RAY DIFFRACTION100
2.5801-2.6560.21772200.19274527X-RAY DIFFRACTION100
2.656-2.74170.21722490.20714475X-RAY DIFFRACTION100
2.7417-2.83970.21372260.20374483X-RAY DIFFRACTION100
2.8397-2.95340.25072420.20774470X-RAY DIFFRACTION100
2.9534-3.08780.22892580.20574477X-RAY DIFFRACTION100
3.0878-3.25050.22632420.21424469X-RAY DIFFRACTION99
3.2505-3.45410.23892320.20284470X-RAY DIFFRACTION99
3.4541-3.72070.1812350.18114437X-RAY DIFFRACTION99
3.7207-4.09490.20042210.17144494X-RAY DIFFRACTION99
4.0949-4.6870.15681980.15854510X-RAY DIFFRACTION99
4.687-5.90330.17912400.17844398X-RAY DIFFRACTION98
5.9033-46.95590.24982100.24824441X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 42.543 Å / Origin y: 19.9155 Å / Origin z: 28.1741 Å
111213212223313233
T0.1983 Å2-0.0376 Å2-0.0285 Å2-0.1866 Å20.0003 Å2--0.217 Å2
L0.8477 °2-0.5378 °2-0.652 °2-0.8845 °20.7986 °2--1.9743 °2
S-0.0104 Å °0.1307 Å °-0.1342 Å °-0.0979 Å °-0.042 Å °0.1454 Å °0.1056 Å °-0.2116 Å °0.0456 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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