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万見
- PDB-6h77: E1 enzyme for ubiquitin like protein activation in complex with UBL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h77
タイトルE1 enzyme for ubiquitin like protein activation in complex with UBL
要素
  • Ubiquitin-fold modifier 1
  • Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
キーワードSIGNALING PROTEIN / Ubiquitin like protein activating enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


UFM1 activating enzyme activity / protein ufmylation / protein K69-linked ufmylation / megakaryocyte differentiation / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / reticulophagy / neuromuscular process / negative regulation of protein import into nucleus / localization / response to endoplasmic reticulum stress ...UFM1 activating enzyme activity / protein ufmylation / protein K69-linked ufmylation / megakaryocyte differentiation / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / reticulophagy / neuromuscular process / negative regulation of protein import into nucleus / localization / response to endoplasmic reticulum stress / erythrocyte differentiation / brain development / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-fold modifier 1 / Ubiquitin fold modifier 1 protein / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / ThiF/MoeB/HesA family / Ubiquitin-activating enzyme / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily ...Ubiquitin-fold modifier 1 / Ubiquitin fold modifier 1 protein / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / ThiF/MoeB/HesA family / Ubiquitin-activating enzyme / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Ubiquitin-fold modifier 1 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Soudah, N. / Padala, P. / Hassouna, F. / Mashahreh, B. / Lebedev, A.A. / Isupov, M.N. / Cohen-Kfir, E. / Wiener, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: An N-Terminal Extension to UBA5 Adenylation Domain Boosts UFM1 Activation: Isoform-Specific Differences in Ubiquitin-like Protein Activation.
著者: Soudah, N. / Padala, P. / Hassouna, F. / Kumar, M. / Mashahreh, B. / Lebedev, A.A. / Isupov, M.N. / Cohen-Kfir, E. / Wiener, R.
履歴
登録2018年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
B: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
C: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
D: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
Q: Ubiquitin-fold modifier 1
R: Ubiquitin-fold modifier 1
S: Ubiquitin-fold modifier 1
T: Ubiquitin-fold modifier 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,81762
ポリマ－171,8418
非ポリマー4,97654
水9,278515
1
A: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
B: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
Q: Ubiquitin-fold modifier 1
T: Ubiquitin-fold modifier 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,28030
ポリマ－85,9214
非ポリマー2,36026
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18440 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area29890 Å2
手法PISA
2
C: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
D: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
R: Ubiquitin-fold modifier 1
S: Ubiquitin-fold modifier 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,53632
ポリマ－85,9214
非ポリマー2,61628
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19110 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area29200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.110, 105.520, 93.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D
17Q
27R
18Q
28S
19Q
29T
110R
210S
111R
211T
112S
212T

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYVALVALAA36 - 3461 - 311
21GLYGLYVALVALBB36 - 3461 - 311
12GLYGLYVALVALAA36 - 3461 - 311
22GLYGLYVALVALCC36 - 3461 - 311
13GLYGLYVALVALAA36 - 3461 - 311
23GLYGLYVALVALDD36 - 3461 - 311
14GLYGLYVALVALBB36 - 3461 - 311
24GLYGLYVALVALCC36 - 3461 - 311
15GLYGLYVALVALBB36 - 3461 - 311
25GLYGLYVALVALDD36 - 3461 - 311
16GLYGLYVALVALCC36 - 3461 - 311
26GLYGLYVALVALDD36 - 3461 - 311
17METMETPROPROQE1 - 781 - 78
27METMETPROPRORF1 - 781 - 78
18METMETPROPROQE1 - 781 - 78
28METMETPROPROSG1 - 781 - 78
19METMETPROPROQE1 - 781 - 78
29METMETPROPROTH1 - 781 - 78
110METMETPROPRORF1 - 781 - 78
210METMETPROPROSG1 - 781 - 78
111METMETPROPRORF1 - 781 - 78
211METMETPROPROTH1 - 781 - 78
112METMETPROPROSG1 - 781 - 78
212METMETPROPROTH1 - 781 - 78

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDQRST

#1: タンパク質
Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5 / Ubiquitin-activating enzyme 5 / ThiFP1 / UFM1-activating enzyme / Ubiquitin-activating enzyme E1 ...Ubiquitin-activating enzyme 5 / ThiFP1 / UFM1-activating enzyme / Ubiquitin-activating enzyme E1 domain-containing protein 1


分子量: 34607.609 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBA5, UBE1DC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9GZZ9
#2: タンパク質
Ubiquitin-fold modifier 1


分子量: 8352.673 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UFM1, C13orf20, BM-002 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61960

-
非ポリマー , 6種, 569分子

#3: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.95 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 0.2 M Lithium Nitrate, 21% PEG 3350, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate and 3.5 % v/v Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→58.53 Å / Num. obs: 92451 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 1.814 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / CC1/2: 0.517

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6H78

6h78


解像度: 2.1→52.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 7.475 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.176
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22089 2369 2.5 %RANDOM
Rwork0.18401 ---
obs0.18492 92451 98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 54.119 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.55 Å20 Å20.2 Å2
2--6.49 Å20 Å2
3----3.68 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→52.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11700 0 297 515 12512
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01212653
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4981.65917104
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.56551629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.19123.046627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.042152186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9991572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.21681
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.84913.2976182
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.05522.2957738
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it11.56614.9446471
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined14.06995.97851491
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A96450.08
12B96450.08
21A96020.08
22C96020.08
31A95950.08
32D95950.08
41B96890.07
42C96890.07
51B96580.07
52D96580.07
61C96380.07
62D96380.07
71Q24120.05
72R24120.05
81Q24100.06
82S24100.06
91Q23890.05
92T23890.05
101R23870.07
102S23870.07
111R23780.06
112T23780.06
121S23820.05
122T23820.05
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 136 -
Rwork0.364 6712 -
obs--96.48 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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