PDB-6h74: The molybdenum storage protein - L131H

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h74

タイトル

The molybdenum storage protein - L131H

要素

(Molybdenum storage protein subunit ...) x 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Molybdenum storage / bionanolab / POM cluster assembly

機能・相同性

機能・相同性情報

nutrient reservoir activity / molybdenum ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Azotobacter vinelandii (窒素固定)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.801 Å

データ登録者

Ermler, U. / Bruenle, S.

引用

ジャーナル: J. Inorg. Biochem. / 年: 2018
タイトル: The molybdenum storage protein - A bionanolab for creating experimentally alterable polyoxomolybdate clusters.
著者: Brunle, S. / Poppe, J. / Hail, R. / Demmer, U. / Ermler, U.

履歴

登録	2018年7月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h74.cif.gz	221.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h74.ent.gz	173.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h74.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6h74_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6h74_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6h74_validation.xml.gz	24.6 KB	表示
CIF形式データ	6h74_validation.cif.gz	36 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/6h74 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/6h74	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gwbC 6h6wC 6h73C 6h8bC 6h8hC 4ndoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ndr-1 6h73-1 5o5w-1 6gu5-2 2ogx-1 4f6t-1 4ndo-1 6h8b-1 6gwv-3 4ndq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Molybdenum storage protein subunit beta

A: Molybdenum storage protein subunit alpha

ヘテロ分子

62.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Molybdenum storage protein subunit beta

A: Molybdenum storage protein subunit alpha

ヘテロ分子

B: Molybdenum storage protein subunit beta

A: Molybdenum storage protein subunit alpha

ヘテロ分子

B: Molybdenum storage protein subunit beta

A: Molybdenum storage protein subunit alpha

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
186 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.270, 114.270, 234.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-303- GWW
2	1	A-305- MOO
3	1	B-425- HOH
4	1	A-420- HOH

-
Molybdenum storage protein subunit ... , 2種, 2分子 BA

#1: タンパク質	Molybdenum storage protein subunit beta / MoSto subunit beta 分子量: 28272.570 Da / 分子数: 1 / 変異: H130L / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: This is H130L variant 由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定) 遺伝子: mosB, Avin_43210 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P84253
#2: タンパク質	Molybdenum storage protein subunit alpha / Mo storage protein subunit alpha / MoSto subunit alpha 分子量: 29245.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定) 遺伝子: mosA, Avin_43200 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P84308

-
非ポリマー , 8種, 382分子

#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-FUQ / Mo5 Cluster 分子量: 899.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂₀Mo₅O₂₅
#5: 化合物	ChemComp-GWW / pentakis(oxidanyl)molybdenum 分子量: 180.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₅MoO₅
#6: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物	ChemComp-GWN / Mo8 cluster 分子量: 1230.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₁₅Mo₈O₂₈
#9: 化合物	ChemComp-MOO / MOLYBDATE ION / MOLYBDATE 分子量: 159.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: MoO₄
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, 1 M ammonium phosphate, 20% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.738 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.738 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 154702 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.048 / R_sym value: 0.044 / Net I/σ(I): 23
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / R_merge(I) obs: 0.984 / Mean I/σ(I) obs: 1 / CC_1/2: 0.763 / R_rim(I) all: 1.217 / % possible all: 84

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ndo

4ndo

解像度: 1.801→49.48 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.2 / 位相誤差: 21.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1997	8061	5.21 %
R_work	0.178	-	-
obs	0.1791	154584	97.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.801→49.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3802	0	181	371	4354

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	4105
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.48	5728
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.273	2405
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	636
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	706

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.801-1.8215	0.7444	180	0.6814	3061	X-RAY DIFFRACTION	61
1.8215-1.8429	0.6045	234	0.5472	4201	X-RAY DIFFRACTION	84
1.8429-1.8654	0.487	256	0.4423	4552	X-RAY DIFFRACTION	92
1.8654-1.889	0.4065	246	0.3725	4830	X-RAY DIFFRACTION	96
1.889-1.9138	0.3313	234	0.3045	4946	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9138-1.9401	0.2869	315	0.2665	4968	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9401-1.9678	0.2535	290	0.2397	4939	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9678-1.9972	0.2542	289	0.2396	4947	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9972-2.0284	0.2865	273	0.2415	5011	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0284-2.0616	0.2271	260	0.1911	4990	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0616-2.0972	0.1976	268	0.179	5032	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0972-2.1353	0.1935	274	0.1734	5018	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1353-2.1764	0.181	325	0.1603	4949	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1764-2.2208	0.1832	258	0.1615	5006	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2208-2.2691	0.1787	301	0.1644	4961	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2691-2.3219	0.2179	257	0.1618	5043	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3219-2.3799	0.1887	280	0.1587	5010	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3799-2.4443	0.2054	290	0.17	4959	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4443-2.5162	0.1822	254	0.1678	5030	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5162-2.5974	0.1779	277	0.1591	5014	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5974-2.6902	0.2264	241	0.1666	5016	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6902-2.7979	0.2227	266	0.1706	5019	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7979-2.9253	0.2128	269	0.1683	5008	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9253-3.0795	0.1821	284	0.1651	4991	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0795-3.2724	0.1839	278	0.173	4991	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2724-3.525	0.1589	283	0.1598	4987	X-RAY DIFFRACTION	100
3.525-3.8796	0.1758	257	0.1537	5032	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8796-4.4407	0.1623	279	0.147	4986	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4407-5.5935	0.1694	270	0.1627	5005	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5935-49.499	0.1965	273	0.187	5021	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0009	-4.3552	2.9626	7.7096	-0.4348	2.0006	-0.1564	0.753	0.1956	-0.738	-0.4475	1.758	-0.6565	-2.2602	0.6056	0.3672	0.0328	-0.0705	0.6897	-0.0838	0.6073	19.6287	32.5335	22.7033
2	0.7167	-0.1621	-0.0387	0.3461	0.0586	0.8139	-0.0064	0.1227	-0.0462	-0.1088	-0.0024	0.0412	0.0624	-0.0439	0.0077	0.2626	-0.0172	-0.0107	0.2147	-0.0371	0.2207	50.4063	16.1349	18.6178
3	4.6185	-1.8691	-1.8949	4.3616	2.3463	2.5955	-0.2136	-0.2038	-0.4899	0.2467	0.0047	0.3295	0.4502	-0.1158	0.1879	0.2984	-0.0455	-0.0235	0.2087	-0.0269	0.2005	43.617	2.8494	11.7266
4	5.0742	-4.7797	1.4448	5.6358	-1.8092	3.2918	-0.0006	-0.0801	-0.2454	0.0531	0.0787	0.372	0.0471	-0.1588	-0.0721	0.076	-0.0607	0.029	0.1446	0.0132	0.1422	37.3397	30.012	47.7108
5	0.3069	0.3007	0.3326	0.5151	1.1034	5.1326	-0.0155	-0.0064	0.0357	-0.0897	-0.0269	0.0946	-0.0372	-0.1492	0.0412	0.1508	0.0004	-0.0035	0.1866	0.0013	0.1893	36.4709	32.7246	32.8837
6	2.9529	2.4206	3.0124	3.9765	3.2912	3.4019	-0.0233	0.1811	-0.0697	-0.2485	0.0781	-0.091	-0.1712	0.2784	-0.0523	0.1381	0.0007	0.0352	0.1523	0.0243	0.1349	47.4049	29.5779	40.7916
7	0.2532	-0.2491	0.0866	1.671	-0.1081	3.1208	0.0206	0.087	-0.1028	-0.1346	-0.0011	0.3124	0.0157	-0.3951	-0.0209	0.1289	-0.0401	-0.0175	0.195	-0.0057	0.1841	30.3434	22.3551	37.3404
8	2.0021	-5.3334	-2.0852	8.6201	3.5271	5.1816	-0.0748	0.2534	-0.4801	-0.1719	-0.072	1.248	0.1647	-0.8094	0.1594	0.2154	-0.0938	0.0058	0.4157	0.0077	0.4551	18.5981	17.2711	43.3702
9	1.823	-1.5386	-0.2276	3.2384	0.8077	3.9317	0.0111	-0.014	-0.2578	-0.0649	-0.0128	0.3418	0.2594	-0.4701	-0.0097	0.1038	-0.0732	0.017	0.1993	0.0169	0.2012	30.0073	19.7055	44.3213
10	2.006	-5.3225	-3.5071	8.4334	5.5899	6.8896	-0.4702	-0.3841	-0.9672	0.8246	0.458	0.6444	0.942	0.0555	0.0142	0.2889	-0.0488	0.0286	0.3293	0.0068	0.386	29.9342	13.9262	50.6992

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 3 through 14 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 15 through 179 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 180 through 270 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 33 through 69 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 70 through 119 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 120 through 158 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 159 through 204 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 205 through 220 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 221 through 261 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 262 through 276 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)