PDB-6h72: GI.1 human norovirus protruding domain in complex with Nano-94 an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h72

タイトル

GI.1 human norovirus protruding domain in complex with Nano-94 and 2-fucosyllactose (2FL)

要素

Capsid protein VP1
Nanobody (VHH) Nano-94

キーワード

VIRAL PROTEIN / Norovirus / GI.1 / P domain / Nano-94 / 2-fucosyllactose

機能・相同性

機能・相同性情報

T=3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Norwalk virus (ノロウイルス)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Kilic, T. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: J. Virol. / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of Nanobodies Targeting the Prototype Norovirus.
著者: Ruoff, K. / Kilic, T. / Devant, J. / Koromyslova, A. / Ringel, A. / Hempelmann, A. / Geiss, C. / Graf, J. / Haas, M. / Roggenbach, I. / Hansman, G.

履歴

登録	2018年7月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年3月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h72.cif.gz	327.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h72.ent.gz	266.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h72.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/6h72 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h7/6h72	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6h6yC 6h6zC 6h70C 6h71C 2zl5S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6h71-d 4x7d-d 4wc3-d 4qd9-d 4x7c-d 4qd8-d 3wfq-4 4ft4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (4)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Capsid protein VP1

B: Capsid protein VP1

C: Nanobody (VHH) Nano-94

D: Nanobody (VHH) Nano-94

ヘテロ分子

93.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.650, 112.310, 121.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.95, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

Capsid protein VP1 / CP / p59

分子量: 31182.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Norwalk virus (strain GI/Human/United States/Norwalk/1968) (ウイルス)
株: GI/Human/United States/Norwalk/1968 / 遺伝子: ORF2 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q83884

#2: 抗体

Nanobody (VHH) Nano-94

分子量: 14928.474 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Alpaca / 由来: (組換発現)

Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)

#3: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 488.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2DGalpb1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3/a4-b1_b2-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.11 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium citrate (pH 5.5) and 20% (w/v) PEG3000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→49.35 Å / Num. obs: 54228 / % possible obs: 96.29 % / 冗長度: 2.7 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.07156 / R_pim(I) all: 0.05117 / R_rim(I) all: 0.08839 / Net I/σ(I): 9.99
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.4491 / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / Num. unique obs: 5273 / CC_1/2: 0.736 / R_pim(I) all: 0.327 / R_rim(I) all: 0.5583 / % possible all: 94.35

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS	VERSION Nov 1, 2016	データ削減
XSCALE	VERSION Nov 1, 2016	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZL5

2zl5

解像度: 2.3→49.35 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.84

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2024	2712	5 %
R_work	0.1723	-	-
obs	0.1738	54210	96.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6117	0	74	317	6508

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6378
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.698	8746
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.855	4144
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	987
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1139

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2972-2.339	0.324	137	0.2773	2595	X-RAY DIFFRACTION	93
2.339-2.384	0.3081	141	0.2611	2687	X-RAY DIFFRACTION	96
2.384-2.4326	0.32	146	0.2542	2758	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4326-2.4855	0.2792	144	0.2436	2735	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4855-2.5433	0.2841	147	0.23	2805	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5433-2.6069	0.2666	143	0.2222	2703	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6069-2.6774	0.2803	142	0.2149	2711	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6774-2.7562	0.2559	145	0.215	2756	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7562-2.8451	0.2551	142	0.2015	2682	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8451-2.9468	0.215	144	0.1976	2751	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9468-3.0648	0.2461	145	0.1928	2754	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0648-3.2043	0.1985	145	0.191	2746	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2043-3.3732	0.2022	142	0.178	2699	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3732-3.5844	0.2064	142	0.1744	2704	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5844-3.8611	0.1819	141	0.1613	2678	X-RAY DIFFRACTION	95
3.8611-4.2495	0.152	143	0.135	2716	X-RAY DIFFRACTION	96
4.2495-4.8639	0.1499	143	0.115	2709	X-RAY DIFFRACTION	95
4.8639-6.1262	0.1592	140	0.1371	2660	X-RAY DIFFRACTION	93
6.1262-49.365	0.1684	140	0.1515	2649	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9336	0.9715	0.1937	9.4673	-5	4.8005	0.0362	-0.0542	-0.1873	0.1774	-0.3694	-0.877	0.0503	0.7195	0.3014	0.3821	0.1347	0.0558	0.4049	-0.0397	0.4087	89.3941	-22.7333	147.3115
2	3.0006	2.9412	0.5173	3.623	-0.7456	2.1411	-0.4373	0.0471	0.4105	-1.1107	0.4845	0.6957	0.1342	0.1243	0.0001	0.5398	0.0396	-0.0336	0.4154	0.1084	0.4716	63.9958	38.1297	119.0931
3	1.0872	1.6911	0.7482	4.8136	1.5178	1.681	-0.2134	0.1751	0.0629	-0.6954	0.4923	0.4721	0.167	0.0518	-0.2592	0.6715	-0.016	-0.1836	0.5912	0.1285	0.5282	57.0467	19.5549	122.8732
4	9.1351	5.2558	3.1287	8.2313	-0.2118	8.9594	0.3558	0.0451	0.0809	0.7386	-0.2421	-0.8251	-0.258	0.8503	-0.1652	0.5078	0.0544	-0.0995	0.4522	-0.0033	0.6552	69.1877	36.0619	129.7602
5	8.7943	3.7786	-2.5208	2.8847	0.9393	7.2305	0.4065	-0.9162	0.0305	1.6386	-0.4474	1.244	0.2676	-0.6307	0.0628	0.6227	0.0727	0.1119	0.533	0.0598	0.6729	56.3159	34.2605	131.6434
6	1.6574	1.2554	-0.5403	5.9059	-3.1329	1.7861	-0.0068	-0.0888	0.5548	0.379	0.0662	0.4058	-0.2984	-0.1821	-0.0782	0.4132	0.0789	-0.0462	0.3713	0.0332	0.4549	62.3068	34.588	126.1848
7	1.0879	0.2025	0.0758	4.004	2.9483	5.612	0.2011	-0.0944	0.022	0.645	-0.0047	-0.0545	0.461	0.4771	-0.178	0.4348	-0.003	-0.0407	0.424	0.0442	0.3275	83.4915	0.0779	192.0738
8	6.4119	0.2214	-0.5963	2.8275	0.0885	4.0835	0.1405	0.49	0.2913	0.1094	0.0582	-0.2491	-0.0981	0.4991	-0.1987	0.4003	-0.056	0.009	0.5163	-0.021	0.3345	85.4629	10.3226	186.1884
9	2.9502	0.8975	0.1851	4.1001	3.4659	5.1958	0.0969	-0.1366	0.0376	0.0893	0.249	-0.3191	0.1046	0.7076	-0.3541	0.4399	-0.0231	-0.0212	0.4309	0.0127	0.3418	86.884	6.5502	191.0565
10	1.374	0.3141	-0.0984	5.4414	3.7937	5.4529	0.1549	-0.0031	-0.0089	0.2997	-0.1489	0.1345	0.6359	-0.2224	-0.0123	0.3959	0.0389	-0.0447	0.3354	0.0251	0.3269	79.3723	0.2204	183.7295
11	1.1868	1.6701	0.2872	3.4252	-1.6368	5.1432	0.0025	0.0703	0.0072	0.0224	0.0211	0.0205	-0.0433	-0.1049	-0.0244	0.1897	0.0149	0.0075	0.2496	-0.0249	0.2612	58.8762	-4.9953	138.7394
12	1.1771	0.4748	0.2667	1.5842	0.1332	1.3825	0.0076	0.1318	-0.0061	-0.1131	0.0014	-0.0351	-0.0408	-0.0156	-0.0058	0.2874	0.0343	0.0057	0.2833	0.0143	0.2637	66.0607	3.1994	137.0039
13	2.8454	0.5873	0.8196	2.8812	1.7109	8.8474	0.1247	0.0003	0.013	-0.0285	-0.1018	0.5049	0.0026	-0.9032	-0.0386	0.3159	-0.0726	-0.02	0.3766	-0.0216	0.4481	47.798	-13.0963	135.5516
14	1.2129	-0.2372	-0.3204	2.8852	0.1357	4.5717	0.0638	-0.037	-0.0605	0.078	-0.0263	-0.1144	0.0464	0.1461	-0.0479	0.2761	0.0529	-0.0253	0.2441	0.0126	0.2955	80.1455	-12.8383	151.5235
15	2.4395	-3.3386	-2.1796	5.7526	4.1138	5.0061	-0.1239	-0.2529	-0.2468	0.5558	0.096	0.2622	0.3414	-0.2506	0.0225	0.3032	-0.038	0.0083	0.3683	0.055	0.3038	64.8736	-6.2196	161.1917
16	2.2596	-1.1315	0.3352	1.9976	-0.7792	2.9571	-0.0961	-0.1861	0.1102	0.1863	0.0178	-0.1086	-0.3013	-0.0491	0.1071	0.3542	-0.0042	-0.0142	0.262	-0.0191	0.2575	72.5162	5.5054	164.3051
17	3.0515	-1.6817	1.9052	4.3736	2.779	5.6422	-0.1699	-0.4717	-0.1133	0.7618	0.0637	-0.0298	0.6652	-0.0469	0.1316	0.4854	0.058	-0.032	0.3748	0.0292	0.3708	77.6616	-8.3139	169.8394
18	1.0603	-0.3426	0.1389	3.1433	0.1305	1.3003	0.0591	0.0658	-0.2026	0.1097	-0.0305	-0.1035	0.3251	0.1875	-0.0366	0.3696	0.0608	-0.015	0.3481	0.0154	0.3279	81.4848	-17.6334	151.108

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 484 through 518 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 1 through 25 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 26 through 33 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 34 through 45 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 46 through 59 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 60 through 121 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 1 through 33 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 34 through 63 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 64 through 100 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 101 through 120 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 229 through 269 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 270 through 484 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 485 through 518 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 229 through 269 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 270 through 321 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 322 through 387 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 388 through 403 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 404 through 483 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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