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- PDB-4x7c: Crystal structure of Saga-2006 GII.4 P domain in complex with Nano-85 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x7c
タイトルCrystal structure of Saga-2006 GII.4 P domain in complex with Nano-85
要素
  • Nano-85 Nanobody
  • VP1
キーワードVIRAL PROTEIN / Nanobody / VHH domain / Norovirus / Protruding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Norovirus Hu/GII-4/Saga1/2006/JP (ウイルス)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Koromyslova, A.D. / Hansman, G.S.
引用ジャーナル: J.Virol. / : 2015
タイトル: Nanobody binding to a conserved epitope promotes norovirus particle disassembly.
著者: Koromyslova, A.D. / Hansman, G.S.
履歴
登録2014年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22015年2月18日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP1
B: VP1
C: Nano-85 Nanobody
D: Nano-85 Nanobody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7624
ポリマ-94,7624
非ポリマー00
7,710428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6470 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area33460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.150, 125.230, 133.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid
21chain B and segid
12chain C and segid D000
22chain D and segid D000

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segidA0
211chain B and segidB0
112chain C and segid D000C0
212chain D and segid D000D0

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細The biological unit is a dimer. There is 1 biological unit in the asymmetric unit (chains A & B)

-
要素

#1: タンパク質 VP1


分子量: 33882.902 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 225-530 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Norovirus Hu/GII-4/Saga1/2006/JP (ウイルス)
プラスミド: pMBP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B5BTR4
#2: 抗体 Nano-85 Nanobody


分子量: 13497.894 Da / 分子数: 2 / 断片: VHH / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / プラスミド: pHEN6C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium fluoride, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月3日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→46.93 Å / Num. obs: 58332 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 29.46 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rrim(I) all: 0.127 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 554153
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.98-2.038.80.7940.8132.4930021429835930.86383.6
2.03-2.090.8910.6683.6441548423542120.70499.5
2.09-2.150.9120.5964.240422408540720.62899.7
2.15-2.220.9120.5065.1438242394839400.53499.8
2.22-2.290.9250.4296.1136766387738710.45499.8
2.29-2.370.9370.374734493375037470.39799.9
2.37-2.460.9480.337.7732350358435690.35199.6
2.46-2.560.9680.2879.6434948347534690.30399.8
2.56-2.670.9830.2411.3233904334733470.253100
2.67-2.80.9890.19113.2632116320031960.20199.9
2.8-2.960.990.15415.0830244307730770.163100
2.96-3.130.9940.11817.5325648288428660.12599.4
3.13-3.350.9960.09821.4826935272327230.103100
3.35-3.620.9970.08424.6425001253825350.08899.9
3.62-3.960.9970.07426.6822272235823580.078100
3.96-4.430.9970.06627.9819048215221520.07100
4.43-5.120.9980.0628.9416727190818970.06399.4
5.12-6.270.9980.0629.6115692165216520.064100
6.27-8.870.9980.05328.8911037128812860.05799.8
8.870.9990.04530.6967397847700.04798.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4oox, 4x73

4x73
PDB 未公開エントリ


解像度: 2→46.93 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2176 2871 5 %
Rwork0.1661 54554 -
obs0.1687 57425 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 99 Å2 / Biso mean: 34.8707 Å2 / Biso min: 13.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→46.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6432 0 0 428 6860
Biso mean---38.69 -
残基数----848
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096666
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2139110
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541002
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081202
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2632354
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプ
11A2790X-RAY DIFFRACTION5.974TORSIONAL
12B2790X-RAY DIFFRACTION5.974TORSIONAL
21C954X-RAY DIFFRACTION5.974TORSIONAL
22D954X-RAY DIFFRACTION5.974TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.03280.3171340.249925402674100
2.0328-2.06780.30891340.236925442678100
2.0678-2.10540.29131350.22972578271399
2.1054-2.14590.29931340.230225382672100
2.1459-2.18970.28181350.214725732708100
2.1897-2.23740.28541340.216225422676100
2.2374-2.28940.26981360.212925962732100
2.2894-2.34670.2691350.203425572692100
2.3467-2.41010.23891360.19252583271999
2.4101-2.4810.23971350.188625642699100
2.481-2.56110.26171360.182725792715100
2.5611-2.65260.2521370.17726042741100
2.6526-2.75880.2591350.177325662701100
2.7588-2.88440.24271370.175925972734100
2.8844-3.03640.22381360.170725932729100
3.0364-3.22660.20281370.15822596273399
3.2266-3.47560.22021390.151926322771100
3.4756-3.82530.18431390.145726372776100
3.8253-4.37840.1741380.125326342772100
4.3784-5.5150.16041410.12526862827100
5.515-46.93960.17881480.161428152963100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.27111.0395-0.24824.1514-1.4592.0513-0.06010.0295-0.1254-0.05850.10090.150.0715-0.2155-0.0320.18620.0035-0.01920.2119-0.00890.20447.79490.528128.4509
21.32010.5652-0.17150.819-1.03675.8574-0.04410.0054-0.1067-0.18440.21230.19040.7617-0.3102-0.15230.2735-0.05460.00030.17220.01130.32474.8128-15.167835.449
30.37040.1131-0.34332.3989-1.1091.613-0.03190.0501-0.097-0.2226-0.0231-0.19530.1770.04940.04920.1587-0.0046-0.00680.21330.01040.196416.64576.642120.0081
41.2514-1.2216-0.22244.06041.11811.2310.0435-0.0362-0.0594-0.14890.027-0.2752-0.05950.1369-0.05650.1776-0.0229-0.00120.20350.04660.195221.88493.15745.4042
51.9949-0.9658-1.05843.22931.70054.9013-0.096-0.0609-0.13890.11380.0719-0.37180.43750.2190.03290.16250.03320.01040.17750.04150.346927.2021-12.801541.3691
60.3832-0.3357-0.40492.99030.77981.1132-0.0037-0.0225-0.08270.162-0.03120.1333-0.0072-0.02880.0120.16970.01-0.02440.19990.0120.178612.52636.809452.7698
70.9776-0.5716-0.50923.38361.313.06140.1107-0.06630.0831-0.0844-0.15920.2232-0.211-0.3198-0.04160.18050.02350.03860.17170.0270.16686.54724.553654.4291
84.76971.9366-0.21282.00342.64329.53940.5130.16981.0843-0.5917-0.32160.381-1.7209-0.1211-0.09680.89610.09870.14680.42690.07170.502217.49942.86644.0461
94.6092-2.42811.18368.9513-3.68711.52520.19430.91930.567-0.7035-0.3015-0.4285-0.32140.18170.08940.4189-0.0826-0.01220.41450.12850.278223.8536.9984-17.3457
101.38360.03021.59822.74193.35285.8807-0.42020.1216-0.09410.6904-0.02730.7212-0.71620.79030.43160.5553-0.08860.17740.33440.01620.415223.429839.2075-0.3886
112.87091.00511.92394.1580.12654.27730.38330.26910.3249-0.0428-0.05240.126-0.265-0.0646-0.31310.26670.00560.07710.33290.03190.242517.723533.3444.4222
126.34740.65692.47032.0761-0.09614.2093-0.14080.24530.7737-0.4074-0.1090.39850.166-1.02790.24390.3382-0.0498-0.00250.50720.05780.334612.703128.6793-5.3765
132.7006-0.6218-1.13874.2389-2.32462.1031-0.2286-0.0822-0.2373-0.853-0.27010.00080.61260.09130.38760.33380.00120.07980.26070.00240.37323.174224.7141-3.3071
148.1211-1.4171-5.0287.0541-2.18784.80050.0646-1.19850.40740.3156-0.0712-0.5177-0.59571.23560.08490.2348-0.09720.04110.4784-0.02420.314626.267235.0745-0.2086
152.6638-1.1755-3.33064.49650.3724.46510.64120.2373-0.9278-0.9151-0.33350.83520.5504-0.3594-0.11170.5664-0.0889-0.14150.30250.00620.420.217829.7627-16.4807
160.1598-0.30230.61310.6761-1.22552.25210.04840.08070.16280.0240.18060.3141-0.4008-0.5793-0.24670.2921-0.00220.01250.34960.08780.228814.966334.25292.2167
173.79041.9218-2.05312.2295-0.81121.13950.18760.15350.4633-0.0098-0.028-0.1108-0.4653-0.3567-0.21010.23190.06760.04030.16580.020.255812.053834.264212.7764
187.2512-1.43924.10339.1004-3.81363.34380.59180.33280.29360.0831-0.10830.0795-0.3426-1.2531-0.59950.3541-0.03950.00370.43170.07190.268517.16338.0416-15.0778
191.6081-1.00441.24612.2569-0.81151.57440.0464-0.01460.313-0.31160.0013-0.1479-0.6041-0.66550.03960.35740.05450.06210.2321-0.06560.40282.391343.086273.9479
200.62411.02730.44173.01382.76433.40730.30140.10630.2086-0.1682-0.1034-0.2815-0.14430.2925-0.22590.2380.02170.08070.2872-0.05690.29349.306335.341268.383
211.07731.01920.2051.71982.73439.3015-0.0359-0.10360.06360.1174-0.12510.11820.7947-0.16670.1950.2581-0.00390.04270.1974-0.00150.23122.186528.420772.9816
229.1491-1.28780.52528.5776-6.68165.20160.38640.328-0.1989-0.99820.42390.49860.2032-0.6291-0.78340.37560.00380.00290.2886-0.0210.2617-3.378738.637868.3548
230.06310.2580.28031.94392.21792.6730.226-0.01110.1194-0.2710.1171-0.1555-0.52560.1571-0.38450.25030.06060.02020.2736-0.04850.27837.757336.743673.4089
245.1116-1.6532-5.39390.92731.27616.18020.4487-0.17950.5326-0.69750.4089-0.5318-1.41090.5601-0.93310.40470.01080.08470.18980.02350.364912.316738.150157.3966
257.07751.39582.21662.030.84365.2721-0.0126-0.79390.95180.58130.27980.1299-0.6653-0.0393-0.3780.369-0.00940.02020.3692-0.10370.38417.335542.349285.1159
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 224 through 323 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 324 through 380 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 381 through 530 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 224 through 323 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 324 through 380 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 381 through 513 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 514 through 530 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 1 through 7 )C0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 8 through 17 )C0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 18 through 26 )C0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 27 through 39 )C0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 40 through 52 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 53 through 70 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 71 through 82 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 83 through 90 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 91 through 100 )C0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 101 through 113 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 114 through 119 )C0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 1 through 26 )D0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 27 through 52 )D0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 53 through 70 )D0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 71 through 82 )D0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 83 through 100 )D0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 101 through 113 )D0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 114 through 120 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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