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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6h6y | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | GI.1 human norovirus protruding domain in complex with Nano-7 | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / Norovirus / GI.1 / P domain / Nano-7 | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationT=3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.58 Å | ||||||
Authors | Kilic, T. / Ruoff, K. / Hansman, G.S. | ||||||
Citation | Journal: J. Virol. / Year: 2019Title: Structural Basis of Nanobodies Targeting the Prototype Norovirus. Authors: Ruoff, K. / Kilic, T. / Devant, J. / Koromyslova, A. / Ringel, A. / Hempelmann, A. / Geiss, C. / Graf, J. / Haas, M. / Roggenbach, I. / Hansman, G. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
|---|
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6h6y.cif.gz | 863.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6h6y.ent.gz | 731.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6h6y.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6h6y_validation.pdf.gz | 484.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6h6y_full_validation.pdf.gz | 490.2 KB | Display | |
| Data in XML | 6h6y_validation.xml.gz | 62.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 6h6y_validation.cif.gz | 89.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/6h6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/6h6y | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6h6zC ![]() 6h70C ![]() 6h71C ![]() 6h72C ![]() 2zl5S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
| ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
| ||||||||
| 2 | ![]()
| ||||||||
| Unit cell |
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Components
-Protein / Antibody , 2 types, 8 molecules ABCDEFGH
| #1: Protein | Mass: 31182.939 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Norwalk virus (strain GI/Human/United States/Norwalk/1968)Strain: GI/Human/United States/Norwalk/1968 / Gene: ORF2 / Production host: ![]() #2: Antibody | Mass: 14648.112 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Alpaca / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Non-polymers , 4 types, 989 molecules 






| #3: Chemical | ChemComp-NA / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.27 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.17 M ammonium acetate, 0.085 M sodium citrate (pH 5.6), 15% (v/v) glycerol and 25.5% (w/v) PEG4000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID30B / Wavelength: 0.97372 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 5, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97372 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.58→47.54 Å / Num. obs: 201459 / % possible obs: 97.59 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 19.01 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.05531 / Rpim(I) all: 0.03542 / Rrim(I) all: 0.06586 / Net I/σ(I): 11.7 |
| Reflection shell | Resolution: 1.58→1.63 Å / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.4741 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 19534 / CC1/2: 0.77 / Rpim(I) all: 0.3072 / Rrim(I) all: 0.5666 / % possible all: 94.62 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 2ZL5 Resolution: 1.58→47.535 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 17.23
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.58→47.535 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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About Yorodumi






X-RAY DIFFRACTION
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