PDB-6h6y: GI.1 human norovirus protruding domain in complex with Nano-7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h6y

タイトル

GI.1 human norovirus protruding domain in complex with Nano-7

要素

Capsid protein VP1
Nanobody (VHH) Nano-7

キーワード

VIRAL PROTEIN / Norovirus / GI.1 / P domain / Nano-7

機能・相同性

機能・相同性情報

T=3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Norwalk virus (ノロウイルス)

Vicugna pacos (アルパカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Kilic, T. / Ruoff, K. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: J. Virol. / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of Nanobodies Targeting the Prototype Norovirus.
著者: Ruoff, K. / Kilic, T. / Devant, J. / Koromyslova, A. / Ringel, A. / Hempelmann, A. / Geiss, C. / Graf, J. / Haas, M. / Roggenbach, I. / Hansman, G.

履歴

登録	2018年7月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年1月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年3月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h6y.cif.gz	863.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h6y.ent.gz	731.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h6y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6h6y_validation.pdf.gz	484.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6h6y_full_validation.pdf.gz	490.2 KB	表示
XML形式データ	6h6y_validation.xml.gz	62.5 KB	表示
CIF形式データ	6h6y_validation.cif.gz	89.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/6h6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/6h6y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6h6zC 6h70C 6h71C 6h72C 2zl5S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1kz7-1 6kfm-d 2d4v-2 2d4v-1 4my0-3 1a02-d 6xw5-d 1s9k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (4)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Capsid protein VP1

B: Capsid protein VP1

C: Capsid protein VP1

D: Capsid protein VP1

E: Nanobody (VHH) Nano-7

F: Nanobody (VHH) Nano-7

G: Nanobody (VHH) Nano-7

H: Nanobody (VHH) Nano-7

ヘテロ分子

184 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Capsid protein VP1

B: Capsid protein VP1

E: Nanobody (VHH) Nano-7

F: Nanobody (VHH) Nano-7

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Capsid protein VP1

D: Capsid protein VP1

G: Nanobody (VHH) Nano-7

H: Nanobody (VHH) Nano-7

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
92 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.170, 140.900, 92.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.81, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Capsid protein VP1 / CP / p59 分子量: 31182.939 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Norwalk virus (strain GI/Human/United States/Norwalk/1968) (ウイルス) 株: GI/Human/United States/Norwalk/1968 / 遺伝子: ORF2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q83884
#2: 抗体	Nanobody (VHH) Nano-7 分子量: 14648.112 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Alpaca / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 989分子

#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 972 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.27 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.17 M ammonium acetate, 0.085 M sodium citrate (pH 5.6), 15% (v/v) glycerol and 25.5% (w/v) PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97372 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→47.54 Å / Num. obs: 201459 / % possible obs: 97.59 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 19.01 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.05531 / R_pim(I) all: 0.03542 / R_rim(I) all: 0.06586 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 1.58→1.63 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.4741 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 19534 / CC_1/2: 0.77 / R_pim(I) all: 0.3072 / R_rim(I) all: 0.5666 / % possible all: 94.62

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS	VERSION Jun 1, 2017	データ削減
XSCALE	VERSION Jun 1, 2017	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZL5

2zl5

解像度: 1.58→47.535 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.23

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1748	10073	5 %
R_work	0.1546	-	-
obs	0.1556	201443	97.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.58→47.535 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11884	0	26	972	12882

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	12372
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.807	16972
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.619	7236
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1882
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2225

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.578-1.5959	0.2756	315	0.2412	5997	X-RAY DIFFRACTION	91
1.5959-1.6147	0.2333	332	0.2179	6305	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6147-1.6344	0.2276	329	0.2108	6243	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6344-1.6551	0.2367	331	0.2014	6297	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6551-1.6769	0.2099	334	0.1905	6337	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6769-1.6998	0.2212	332	0.1834	6316	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6998-1.7241	0.1992	332	0.177	6309	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7241-1.7499	0.1956	334	0.1735	6343	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7499-1.7772	0.2071	337	0.1758	6397	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7772-1.8063	0.185	334	0.1638	6353	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8063-1.8375	0.1989	335	0.1618	6359	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8375-1.8709	0.1936	334	0.1559	6355	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8709-1.9069	0.1779	338	0.1526	6415	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9069-1.9458	0.1732	325	0.148	6165	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9458-1.9881	0.1794	338	0.1477	6426	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9881-2.0344	0.1777	338	0.1476	6421	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0344-2.0852	0.1649	335	0.1446	6371	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0852-2.1416	0.1634	338	0.1424	6424	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1416-2.2046	0.1756	337	0.1417	6396	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2046-2.2758	0.1615	338	0.1424	6425	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2758-2.3571	0.1732	338	0.1385	6421	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3571-2.4515	0.1757	338	0.1494	6416	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4515-2.5631	0.1794	341	0.1512	6488	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5631-2.6982	0.1807	341	0.1539	6470	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6982-2.8672	0.1718	340	0.1511	6462	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8672-3.0886	0.1854	341	0.1604	6485	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0886-3.3993	0.1591	341	0.1527	6483	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3993-3.891	0.167	341	0.1498	6483	X-RAY DIFFRACTION	99
3.891-4.9014	0.1321	343	0.1295	6513	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9014-47.5563	0.1907	343	0.1765	6495	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3192	-5.2932	0.3383	6.5322	-0.8627	4.924	-0.2483	-0.0003	-0.083	0.1737	-0.0005	-0.1358	-0.1043	-0.0024	0.2099	0.1872	-0.0357	0.0403	0.1705	0.0287	0.2624	-66.951	1.2045	-111.5413
2	4.6699	2.1762	1.7785	7.7729	6.2894	5.0922	0.299	-0.1121	0.3106	0.1433	-0.2447	0.1487	-0.3039	-0.8256	-0.0174	0.229	0.041	0.0096	0.1614	0.0324	0.1967	-74.6933	18.5469	-107.3838
3	1.6843	0.1151	0.0702	5.1832	-1.7404	1.5497	-0.0126	-0.1883	-0.0706	0.2145	-0.0817	-0.0996	0.0181	-0.0096	0.1001	0.2239	0.0032	-0.0084	0.1964	-0.004	0.1853	-68.595	0.5465	-97.5326
4	4.0244	-4.1792	4.2316	5.082	-4.7055	4.5888	0.0523	0.1916	0.7525	0.4758	-0.3137	-0.5642	-0.6957	0.2208	0.2737	0.2545	0.0061	0.0359	0.192	0.0403	0.3548	-66.5697	20.381	-105.8944
5	1.462	-0.9099	0.0014	1.2639	0.7003	2.005	0.0062	0.1312	0.0144	-0.0425	-0.048	0.0519	-0.0419	-0.0869	0.0491	0.1521	-0.0326	0.0027	0.1784	-0.0102	0.1697	-44.5846	0.3675	-54.1608
6	0.7548	-0.0911	-0.1298	0.6218	-0.0729	0.7509	0.0124	-0.1043	0.0476	0.0954	0.0214	-0.0412	-0.0503	0.0532	-0.035	0.1709	-0.0228	-0.0148	0.1833	-0.0268	0.1613	-40.0107	2.2554	-33.6887
7	1.1462	0.3704	-0.5084	2.6916	0.965	0.7131	0.0624	-0.3145	0.1851	0.219	0.0556	-0.2771	-0.1366	0.0878	-0.08	0.1856	-0.0284	-0.0273	0.2415	-0.0647	0.233	-28.6596	10.2923	-36.1829
8	0.7874	0.0602	-0.0508	0.9992	0.2485	1.1068	0.0098	0.022	-0.0287	-0.0856	-0.0322	-0.0486	-0.0363	0.1235	0.0213	0.1531	-0.0139	0.0075	0.2117	-0.018	0.1696	-35.7189	1.7492	-49.9798
9	2.5338	-0.5506	-0.5211	3.04	-0.3872	1.7542	0.0396	0.308	0.0373	-0.1621	-0.1043	-0.189	-0.0349	0.0393	0.0646	0.1538	-0.0152	0.0176	0.2108	-0.0302	0.1441	-34.9581	-1.9468	-63.6552
10	2.2935	-0.8401	0.1204	2.9653	1.2126	1.3588	0.0439	0.0452	-0.1269	-0.0388	0.0458	0.0016	-0.0149	0.0202	-0.1052	0.1286	-0.0248	-0.0018	0.1578	0.0145	0.1597	-55.6026	-7.4673	-46.95
11	4.8117	0.0309	-0.7345	4.6396	-2.637	2.6304	-0.0034	-0.2421	-0.0808	0.2216	0.1809	0.2907	-0.044	-0.2951	-0.1818	0.1463	-0.017	-0.0038	0.2086	-0.0153	0.1388	-71.0254	-1.7268	-42.9927
12	0.6453	-0.1589	0.0112	7.7189	3.104	2.3775	-0.0182	0.0249	0.0479	-0.2402	-0.0119	0.0872	-0.1735	-0.0381	0.0102	0.1019	-0.0147	0.019	0.1539	0.0034	0.1163	-58.1167	10.4571	-50.6674
13	0.7791	0.0154	0.2857	0.6249	-0.1769	1.1124	-0.0126	-0.0301	0.0944	0.0178	0.0462	0.0211	-0.1846	-0.0139	-0.0281	0.1852	0.0031	0.0099	0.1627	-0.024	0.1786	-59.0826	17.784	-43.1543
14	1.241	1.2896	-0.8769	1.7466	-0.1028	4.8896	0.0703	-0.1603	0.0588	0.2255	-0.037	0.0209	-0.2214	-0.3388	-0.0471	0.171	0.0236	0.0181	0.2671	0.0083	0.2027	-71.7844	10.8582	-36.9824
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56	2.4273	0.5063	2.7662	2.3919	0.3119	6.0291	-0.0731	-0.1753	-0.0323	0.1811	-0.0093	-0.2756	-0.1869	0.1521	-0.0052	0.2349	0.0491	-0.0053	0.2229	0.0357	0.2289	-79.4642	-41.0756	-59.4988
57	2.2074	0.5598	1.7922	2.1487	1.7535	2.359	-0.1656	-0.1011	0.0038	0.0811	0.0667	0.1284	0.088	-0.1824	0.0812	0.2339	0.01	0.0048	0.2605	0.0601	0.2341	-89.5825	-43.4129	-63.9845
58	6.7131	-5.4803	-4.837	6.1786	4.5591	3.7069	-0.237	-0.5554	0.3012	0.3752	0.3379	-0.2899	-0.8825	0.0311	-0.1034	0.5134	0.1883	-0.024	0.3618	-0.0156	0.1978	-81.973	-39.3208	-47.2157
59	1.3909	-0.0813	0.0784	2.3915	-2.9899	5.7	-0.0384	-0.2757	0.1798	0.4034	0.303	0.1437	-0.2022	-0.1466	-0.2874	0.2858	0.062	0.0166	0.2228	0.0005	0.205	-88.0965	-30.9315	-61.3607
60	2.9	-3.6508	3.0193	5.6876	-6.4398	9.8159	-0.1662	0.0596	-0.1686	0.274	-0.3048	-0.4659	0.339	0.2174	0.4805	0.2091	-0.0126	-0.0162	0.2134	0.036	0.29	-60.3798	0.458	-101.8568
61	6.7704	-5.557	1.3038	6.1578	0.0172	4.3821	0.1317	-0.1673	0.2015	-0.5882	-0.0995	-0.4457	-0.3558	-0.2239	-0.0425	0.2496	-0.0195	0.0873	0.2012	0.0545	0.3091	-67.5952	18.7259	-111.4032
62	5.4921	-7.2138	5.3395	9.6071	-7.1044	5.2356	0.0028	0.335	0.1604	0.2461	-0.2596	-0.3563	-0.1386	0.2267	0.1615	0.2373	0.0124	0.019	0.2001	0.0275	0.2309	-64.2281	3.9742	-108.8256
63	0.9558	-0.8388	-0.3249	5.9347	-0.6947	0.3068	-0.098	0.0131	0.0172	0.1059	0.0238	-0.1167	0.0203	-0.0015	0.0629	0.1954	-0.0169	-0.0141	0.1669	0.0137	0.1631	-69.01	-2.7577	-101.6351
64	1.8338	1.6535	1.8118	4.7141	6.3706	8.7295	-0.0297	-0.2035	0.0958	-0.0496	0.0731	-0.087	-0.3684	-0.0324	-0.1181	0.2014	-0.0233	0.0022	0.174	0.0081	0.1913	-73.9182	6.391	-98.812
65	1.5793	-0.8689	-0.1326	7.786	-0.0209	1.0837	-0.0121	0.0746	0.0466	-0.2135	-0.0349	0.3884	0.0861	-0.1746	0.0933	0.2	-0.0276	-0.0338	0.2352	0.0026	0.1789	-76.576	1.8648	-108.7823

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 74 through 83 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 84 through 91 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 92 through 110 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 111 through 118 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 229 through 251 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 252 through 377 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 378 through 397 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 404 through 448 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 449 through 516 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 227 through 251 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 252 through 269 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 270 through 301 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 302 through 377 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 378 through 397 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 403 through 448 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 449 through 482 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 483 through 499 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 500 through 516 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 229 through 251 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 252 through 269 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 270 through 301 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 302 through 377 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 378 through 397 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 398 through 417 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 418 through 448 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 449 through 482 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 483 through 516 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 229 through 251 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 252 through 269 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 270 through 301 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 302 through 377 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 378 through 397 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 403 through 448 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 449 through 499 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 500 through 516 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 1 through 7 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 8 through 17 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 18 through 25 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 26 through 39 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resid 40 through 52 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resid 53 through 83 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'E' and (resid 84 through 91 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'E' and (resid 92 through 110 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'E' and (resid 111 through 118 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resid 1 through 25 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 26 through 39 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'F' and (resid 40 through 73 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'F' and (resid 74 through 83 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'F' and (resid 84 through 117 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'G' and (resid 1 through 7 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'G' and (resid 8 through 17 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'G' and (resid 18 through 25 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'G' and (resid 26 through 39 )
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'G' and (resid 40 through 52 )
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'G' and (resid 53 through 60 )
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'G' and (resid 61 through 73 )
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'G' and (resid 74 through 83 )
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'G' and (resid 84 through 91 )
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'G' and (resid 92 through 116 )
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'H' and (resid 1 through 7 )
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'H' and (resid 8 through 17 )
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'H' and (resid 18 through 25 )
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'H' and (resid 26 through 39 )
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'H' and (resid 40 through 52 )
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'H' and (resid 53 through 73 )

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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