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万見
- PDB-6h5n: Plasmodium falciparum Pfs48/45 C-terminal domain bound to monoclo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h5n
タイトルPlasmodium falciparum Pfs48/45 C-terminal domain bound to monoclonal antibody 85RF45.1
要素
  • Antibody 85RF45.1 heavy chain
  • Antibody 85RF45.1 light chain
  • Gametocyte surface protein P45/48
キーワードCELL INVASION / Pfs48/45 Gamete Fusion Plasmodium falciparum Transmission blocking Monoclonal Antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


side of membrane / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
6-Cysteine (6-Cys) domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain superfamily / Sexual stage antigen s48/45 domain / 6-Cysteine (6-Cys) domain profile. / Sexual stage antigen s48/45 domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gametocyte surface protein P45/48
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Lennartz, F. / Higgins, M.K.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/R001138/1 英国
Wellcome Trust101020/Z/13/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural basis for recognition of the malaria vaccine candidate Pfs48/45 by a transmission blocking antibody.
著者: Lennartz, F. / Brod, F. / Dabbs, R. / Miura, K. / Mekhaiel, D. / Marini, A. / Jore, M.M. / Sogaard, M.M. / Jorgensen, T. / de Jongh, W.A. / Sauerwein, R.W. / Long, C.A. / Biswas, S. / Higgins, M.K.
履歴
登録2018年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gametocyte surface protein P45/48
B: Antibody 85RF45.1 light chain
C: Antibody 85RF45.1 heavy chain
D: Gametocyte surface protein P45/48
E: Antibody 85RF45.1 light chain
F: Antibody 85RF45.1 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,2716
ポリマ－124,2716
非ポリマー00
水00
1
A: Gametocyte surface protein P45/48
B: Antibody 85RF45.1 light chain
C: Antibody 85RF45.1 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1353
ポリマ－62,1353
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area25420 Å2
手法PISA
2
D: Gametocyte surface protein P45/48
E: Antibody 85RF45.1 light chain
F: Antibody 85RF45.1 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1353
ポリマ－62,1353
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5280 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area25480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.690, 165.390, 189.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Gametocyte surface protein P45/48


分子量: 15073.829 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: PF45/48, PFS45-48, PFS45/48, PF13_0247
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q8I6T1
#2: 抗体 Antibody 85RF45.1 light chain


分子量: 23205.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
#3: 抗体 Antibody 85RF45.1 heavy chain


分子量: 23855.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M ammonium dihydrogen phosphate, 0.1M Tris 8.5 Buffer, 50 % v/v 2-methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97624 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97624 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.23→41.98 Å / Num. obs: 30979 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 64.17 Å2 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 3.23→3.29 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4k2u

4k2u


解像度: 3.23→41.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.841 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.809 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.465
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 1564 5.05 %RANDOM
Rwork0.261 ---
obs0.262 30979 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 91.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.022 Å20 Å20 Å2
2--17.6255 Å20 Å2
3----10.6035 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.61 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.23→41.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8407 0 0 0 8407
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0058622HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.8511752HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2834SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1439HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8622HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.08
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1172SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9372SEMIHARMONIC0
LS精密化 シェル解像度: 3.23→3.34 Å / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2886 145 5.14 %
Rwork0.2539 2678 -
all0.2556 2823 -
obs--99.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.08430.82810.02241.06850.70610.0903-0.005-0.0218-0.01140.02890.02510.0121-0.0172-0.0312-0.0202-0.01310.0622-0.0112-0.16660.00380.035-17.2667-34.396958.1371
200.5413-0.85120.02840.75670.48960.00990.0367-0.0318-0.04340.02460.02180.00780.0661-0.0345-0.01730.0035-0.0416-0.0564-0.0572-0.0235-12.0832-7.637217.8876
30-0.1243-0.41160-0.08650.42610.0044-0.0748-0.0525-0.111-0.02870.0392-0.0845-0.07040.0243-0.0845-0.0670.0715-0.0105-0.02360.009-14.3862.461233.0517
40-1.00851.05511.9347-1.27220.8714-0.0083-0.01570.01780.00010.01760.02670.01030.0096-0.00930.01320.057-0.0401-0.12360.05870.0453-12.721-56.376355.2976
50.43340.59430.83440.09261.19411.6165-0.007-0.0510.0201-0.00380.02250.0046-0.01120.0019-0.0155-0.0293-0.05490.0483-0.052-0.0142-0.0748-16.9928-83.903514.979
600.7636-0.14370.00550.28430.5354-0.015-0.0870.0979-0.0694-0.0085-0.03770.04410.01570.0235-0.08430.0028-0.0014-0.0752-0.10070.0505-15.376-93.716230.5697
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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