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- PDB-6h56: Effector domain of Pseudomonas aeruginosa VgrG2b -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h56
タイトルEffector domain of Pseudomonas aeruginosa VgrG2b
要素Effector domain of Pseudomonas aeruginosa VgrG2b
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Zn binding / T6SS / effector
機能・相同性
機能・相同性情報


type VI protein secretion system complex / protein secretion by the type VI secretion system / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / hydrolase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Type VI secretion system spike protein VgrG2, C-terminal domain of unknown function DUF2345 / Putative type VI secretion system, Rhs element associated Vgr domain / Uncharacterized protein conserved in bacteria (DUF2345) / Putative type VI secretion system Rhs element Vgr / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr family subset / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain / Type VI secretion system/phage-baseplate injector OB domain / Vgr protein, OB-fold domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Type VI secretion system spike protein VgrG2b
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Forster, A. / Freemont, P.S. / Filloux, A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/K001930/1 英国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: The Pseudomonas aeruginosa T6SS Delivers a Periplasmic Toxin that Disrupts Bacterial Cell Morphology.
著者: Wood, T.E. / Howard, S.A. / Forster, A. / Nolan, L.M. / Manoli, E. / Bullen, N.P. / Yau, H.C.L. / Hachani, A. / Hayward, R.D. / Whitney, J.C. / Vollmer, W. / Freemont, P.S. / Filloux, A.
履歴
登録2018年7月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Effector domain of Pseudomonas aeruginosa VgrG2b
B: Effector domain of Pseudomonas aeruginosa VgrG2b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4074
ポリマ－55,2762
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SEC-MALLS shows both monomers and dimers in solution
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area18420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.310, 78.310, 115.344
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Effector domain of Pseudomonas aeruginosa VgrG2b


分子量: 27638.010 Da / 分子数: 2 / 変異: E995A K996A E998A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: PA0262 / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q9I6M7
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M bis-tris, 45% polypropylene glycol P400

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I0410.97949
シンクロトロンDiamond I0220.97949
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M1PIXEL2014年4月17日
DECTRIS PILATUS 6M-F2PIXEL2013年6月24日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979491
21
反射解像度: 3.2→43.93 Å / Num. obs: 12896 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 123.51 Å2 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 3.2→3.42 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rrim(I) all: 0.757 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.2→43.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9279 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9332 / SU R Cruickshank DPI: 0.86 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.684 / SU Rfree Blow DPI: 0.325 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.344
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 644 5 %RANDOM
Rwork0.2233 ---
obs0.2238 12887 98.69 %-
原子変位パラメータBiso mean: 115.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.2724 Å20 Å20 Å2
2--4.2724 Å20 Å2
3----8.5447 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.914 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.2→43.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2743 0 2 0 2745
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092802HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.013796HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d941SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes74HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes422HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2802HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.13
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.12
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion338SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3186SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.5 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2794 150 4.87 %
Rwork0.2712 2933 -
all0.2716 3083 -
obs--98.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.9531-0.69612.29752.91450.826.56-0.36630.02060.014-0.02090.65270.17840.0750.1963-0.2863-0.3061-0.14830.03620.2161-0.1101-0.3040.024737.038554.146
29.0770.76841.29251.46840.61946.1576-0.01570.1567-0.4280.0773-0.4921-0.28010.1941-0.10930.5078-0.39460.00490.1002-0.0493-0.1176-0.095141.385927.875557.0116
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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