PDB-6h4x: Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 17b

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h4x

タイトル

Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 17b

要素

Lysine-specific demethylase 4A

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Histone demethylase / Inhibitor / transcription

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H4K20me2 reader activity / histone H3K36 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.34 Å

データ登録者

Le Bihan, Y.V. / van Montfort, R.L.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: C8-substituted pyrido[3,4-d]pyrimidin-4(3H)-ones: Studies towards the identification of potent, cell penetrant Jumonji C domain containing histone lysine demethylase 4 subfamily (KDM4) ...
著者: Le Bihan, Y.V. / Lanigan, R.M. / Atrash, B. / McLaughlin, M.G. / Velupillai, S. / Malcolm, A.G. / England, K.S. / Ruda, G.F. / Mok, N.Y. / Tumber, A. / Tomlin, K. / Saville, H. / Shehu, E. / ...

履歴

登録	2018年7月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h4x.cif.gz	565.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h4x.ent.gz	465.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h4x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6h4x_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6h4x_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	6h4x_validation.xml.gz	52.3 KB	表示
CIF形式データ	6h4x_validation.cif.gz	74.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/6h4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/6h4x	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6h4oC 6h4pC 6h4qC 6h4rC 6h4sC 6h4tC 6h4uC 6h4vC 6h4wC 6h4yC 6h4zC 6h50C 6h51C 6h52C 2oq7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5f3e-1 6h4y-3 5f3c-1 6h4q-2 6h4s-1 5a7o-2 6h4r-4 3rvh-2 6h4s-4 5f32-2 6h4v-4 6h4u-4 6h4s-3 5vgi-3 6h4y-2 5f3e-3 6h4q-4 4ura-1 6h4t-2 5a7p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysine-specific demethylase 4A

B: Lysine-specific demethylase 4A

C: Lysine-specific demethylase 4A

D: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

170 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
42.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	57.825, 101.401, 142.545
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.52, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A 分子量: 41854.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) 参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

#1: タンパク質

Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A

分子量: 41854.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3)
参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...

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非ポリマー , 6種, 500分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-FNQ / 8-[4-[2-[4-(4-pyridin-3-ylphenyl)piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one 分子量: 477.560 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₂₇N₇O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.04 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.34→49.71 Å / Num. obs: 68376 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 55.87 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.34→2.4 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 1.521 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4581 / CC_1/2: 0.37 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2oq7

2oq7

解像度: 2.34→48.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU R Cruickshank DPI: 0.272 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.266 / SU R_free Blow DPI: 0.193 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.197

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.207	3380	4.94 %	RANDOM
R_work	0.166	-	-	-
obs	0.168	68352	99.8 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.9695 Å²	0 Å²	-2.2359 Å²
2-	-	-2.1226 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.0921 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.34→48.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10681	0	143	480	11304

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	11205	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.04	15260	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3559	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1966	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		11205	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		5	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.19
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.15
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1416	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		6	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		12819	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.34→2.36 Å / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2363	-	5.34 %
R_work	0.2296	1295	-
all	0.2299	1368	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9946	-0.0001	0.1383	5.1789	-2.1306	2.684	0.1483	-0.0221	0.3332	0.264	-0.119	-0.3626	-0.5167	0.2909	-0.0293	-0.0047	-0.0348	0.088	-0.0938	-0.0259	-0.1259	17.2143	-4.9176	-55.5997
2	2.1216	-0.0052	0.0864	2.1632	-0.6478	1.5191	0.1958	-0.0595	0.0565	0.0865	0.0298	0.0984	-0.1137	-0.0439	-0.2256	-0.0296	0.0403	0.0524	-0.0882	0.0257	-0.1426	6.2184	-16.7859	-57.1367
3	3.7532	-2.0849	-0.927	3.7159	1.6015	4.0002	0.0068	-0.4795	0.2919	0.4953	0.0374	0.2866	-0.4858	-0.3458	-0.0442	0.1468	0.1614	0.2147	-0.1226	-0.0436	-0.1654	-2.7095	4.6661	-46.8837
4	1.7249	0.3196	0.2099	3.9408	1.0654	2.1199	-0.0018	-0.057	0.3109	-0.0152	-0.1087	0.5467	-0.3162	-0.415	0.1105	-0.0927	0.0371	0.0137	0.0002	-0.014	-0.0557	-6.0833	-42.8395	-15.9506
5	1.6369	-0.1409	0.1558	1.1839	0.1553	1.5299	0.0533	0.0045	-0.069	0.0542	-0.0305	0.0743	0.0477	-0.1116	-0.0228	-0.0727	-0.0405	-0.0204	-0.0361	0.0049	-0.079	5.0164	-54.6535	-13.8209
6	2.283	1.5181	-0.9183	0.6201	-2.4458	4.7973	0.1217	0.2255	0.1842	-0.1879	-0.166	0.0657	-0.3048	0.342	0.0443	-0.0105	-0.0382	-0.0318	-0.0399	0.0533	-0.0692	14.0532	-35.4715	-27.2369
7	1.2665	-0.5189	0.0298	3.835	1.8483	3.5574	-0.1483	-0.3085	-0.0364	0.2585	0.0967	0.4355	0.5239	-0.4226	0.0516	-0.0968	-0.0841	0.0351	0.0147	-0.089	-0.1022	-25.7618	-57.6949	-52.5584
8	2.4134	0.7798	-0.9483	3.0139	-0.2535	2.9469	-0.0071	-0.3011	0.4544	0.1636	0.0162	0.2828	-0.0045	-0.3064	-0.0092	-0.2159	0.0671	-0.0612	-0.0547	-0.1345	-0.0752	-17.0151	-42.0681	-53.3451
9	3.6971	0.1784	-0.9397	2.9256	0.3824	2.5776	-0.1951	-0.3899	-0.1533	0.2718	0.1138	-0.3183	0.5089	0.2327	0.0813	-0.1026	0.0826	-0.0697	-0.1122	-0.0893	-0.1881	-9.7141	-56.5627	-54.5324
10	2.7263	-0.8458	0.4523	4.1497	-1.6437	2.5812	-0.0848	0.2637	-0.262	-0.4147	0.0032	-0.4017	0.5243	0.5533	0.0816	-0.0151	0.0441	0.0732	-0.0183	-0.034	-0.1547	36.8686	5.0085	-16.4506
11	2.1676	-0.7724	-1.2869	1.9816	0.2186	3.979	-0.0203	0.3045	0.2955	-0.1694	0.0867	0.1185	-0.4324	0.0119	-0.0665	-0.0536	-0.0808	-0.0305	-0.0387	0.1406	-0.0247	22.8595	27.9931	-16.7741
12	2.3922	-0.1192	-0.4338	3.0702	-0.4027	3.0538	-0.1342	0.1666	0.0389	-0.218	0.1714	0.1496	0.2078	0.0773	-0.0372	-0.1113	-0.0337	-0.0527	-0.0876	0.0422	-0.1698	25.7647	14.2189	-12.8926
13	2.3835	2.5997	-0.8494	0.8731	2.0949	2.5361	-0.0906	0.4219	-0.5676	-0.513	0.0457	0.4503	0.5209	-0.3361	0.0449	0.1691	-0.1432	-0.0701	-0.2058	-0.0647	-0.047	15.7397	-5.8338	-19.853

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|6 - 70}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|71 - 293}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|294 - 354}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{B\|7 - 70}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{B\|71 - 293}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{B\|294 - 354}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{C\|10 - 70}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{C\|71 - 164}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{C\|165 - 354}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{D\|10 - 70}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{D\|71 - 101}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{D\|102 - 293}
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{D\|294 - 354}

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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