PDB-6h4t: Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 19a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h4t

タイトル

Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 19a

要素

Lysine-specific demethylase 4A

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Histone demethylase / Inhibitor / transcription

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation / histone demethylase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Le Bihan, Y.V. / van Montfort, R.L.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: C8-substituted pyrido[3,4-d]pyrimidin-4(3H)-ones: Studies towards the identification of potent, cell penetrant Jumonji C domain containing histone lysine demethylase 4 subfamily (KDM4) ...
著者: Le Bihan, Y.V. / Lanigan, R.M. / Atrash, B. / McLaughlin, M.G. / Velupillai, S. / Malcolm, A.G. / England, K.S. / Ruda, G.F. / Mok, N.Y. / Tumber, A. / Tomlin, K. / Saville, H. / Shehu, E. / ...

履歴

登録	2018年7月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h4t.cif.gz	574.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h4t.ent.gz	473.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h4t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6h4t_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6h4t_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6h4t_validation.xml.gz	56.6 KB	表示
CIF形式データ	6h4t_validation.cif.gz	81.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/6h4t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/6h4t	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6h4oC 6h4pC 6h4qC 6h4rC 6h4sC 6h4uC 6h4vC 6h4wC 6h4xC 6h4yC 6h4zC 6h50C 6h51C 6h52C 2oq7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6h4s-2 6h4r-4 2oq7-1 6h4o-2 6h4q-1 6h4o-3 5fpv-3 5f3e-1 6h4r-2 5f3i-2 5f32-4 5fyc-1 2vd7-2 5fwe-2 5f3g-2 6h4v-4 5vgi-3 5anq-1 5f3e-2 6h4r-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysine-specific demethylase 4A

B: Lysine-specific demethylase 4A

C: Lysine-specific demethylase 4A

D: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

170 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
42.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	57.860, 101.812, 142.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.20, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A 分子量: 41854.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

#1: タンパク質

Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A

分子量: 41854.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...

-
非ポリマー , 6種, 772分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-FOW / 8-[4-(2-spiro[1,2-dihydroindene-3,4'-piperidine]-1'-ylethyl)pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one 分子量: 426.514 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₆N₆O
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 749 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.5419 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.38→47.87 Å / Num. obs: 65581 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.7 % / B_iso Wilson estimate: 50.02 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.262 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 2.38→2.44 Å / 冗長度: 11.9 % / R_merge(I) obs: 3.66 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 4581 / CC_1/2: 0.32 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2oq7

2oq7

解像度: 2.38→43.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU R Cruickshank DPI: 0.324 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.333 / SU R_free Blow DPI: 0.215 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.217

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.216	3335	5.09 %	RANDOM
R_work	0.173	-	-	-
obs	0.176	65541	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.6629 Å²	0 Å²	-1.5005 Å²
2-	-	-0.3389 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.324 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.28 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.38→43.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10744	0	170	751	11665

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	11287	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.07	15380	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3623	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		223	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1769	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		11287	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		3	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.25
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.25
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1427	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		14	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		13345	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.38→2.44 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2547	269	5.6 %
R_work	0.2343	4538	-
all	0.2354	4807	-
obs	-	-	99.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8479	-0.2425	0.2703	6.2148	1.9881	2.3855	0.1127	0.0666	0.2506	-0.2361	-0.1027	0.4885	-0.5241	-0.3054	-0.01	0.0083	0.024	0.1323	-0.1321	-0.0316	-0.0889	-34.2122	-5.9182	-14.6968
2	3.9666	0.5142	1.4968	3.37	1.512	2.2555	0.167	-0.2545	-0.3285	0.435	-0.0875	-0.0666	0.2885	-0.063	-0.0795	0.0124	-0.0892	-0.0131	-0.1143	-0.0054	-0.0894	-24.717	-28.5122	-9.0655
3	2.2702	0.3222	-0.3947	2.1335	0.6937	1.436	0.1087	0.0895	0.2541	-0.1098	0.0628	-0.0242	-0.2299	0.0498	-0.1715	-0.0099	-0.0508	0.0721	-0.123	-0.051	-0.1012	-22.6875	-13.6575	-14.3956
4	4.1936	3.0164	0.026	3.5434	-0.5717	2.5043	0.0348	0.4613	0.2667	-0.397	0.0936	-0.2511	-0.3759	0.2704	-0.1284	0.1981	-0.1699	0.214	-0.2137	0.0982	-0.1257	-14.3785	3.4836	-23.6034
5	2.1263	-2.2309	-1.018	3.6587	-1.0423	0.3416	0.0325	0.1321	0.5429	-0.0869	-0.0429	-0.2458	-0.4545	0.2215	0.0105	0.0461	-0.0616	0.0534	-0.086	0.0232	-0.0055	-14.6306	-36.4123	-56.9661
6	2.3526	0.4937	0.2478	1.8281	0.0197	1.757	0.0549	-0.073	-0.2547	-0.0394	-0.0841	-0.3091	0.1513	0.2474	0.0292	-0.0829	0.0758	-0.0089	-0.117	0.0157	-0.0597	-16.0516	-60.0338	-54.7872
7	1.681	0.3558	0.0237	1.2022	0.1366	1.7312	0.0457	-0.0206	0.0651	-0.0189	-0.0458	-0.0424	-0.1025	-0.0751	0.0001	-0.0012	0.029	-0.0085	-0.0903	-0.0096	-0.0449	-25.5769	-51.1333	-56.9318
8	2.311	-2.1338	-0.811	0.0029	1.2233	4.7942	0.1069	-0.2995	0.1767	0.0049	-0.1099	0.0396	-0.3018	-0.3575	0.003	0.0802	0.0329	0.0066	-0.1156	-0.077	-0.0645	-31.2642	-35.8223	-42.9649
9	-0.249	-1.6182	2.8566	3.783	1.9895	0.9319	-0.0277	-0.1021	-0.271	-0.2146	0.04	-0.2685	0.4478	0.0617	-0.0122	0.1337	0.1413	0.0089	-0.0554	0.0546	-0.1249	8.3527	-66.2613	-14.6146
10	3.1171	0.2642	-1.4245	3.8559	-0.731	2.6355	-0.056	0.1984	0.4943	-0.2242	0.1005	-0.2213	0.0649	0.2462	-0.0444	-0.1454	-0.0779	-0.1116	-0.0553	0.1109	-0.1443	2.2338	-43.3665	-18.2023
11	5.1578	-0.0729	-0.7528	4.2306	-1.5895	3.4858	-0.0767	-0.1027	0.5264	0.0839	-0.0143	-0.1947	-0.0999	0.3328	0.091	-0.1756	-0.0887	-0.1343	-0.1327	0.0967	0.0294	2.3331	-39.9329	-11.1537
12	3.9627	0.0768	-1.2525	4.0671	-1.0154	3.1139	-0.2328	0.2823	-0.0828	-0.4425	0.1707	0.3142	0.5073	-0.0908	0.0621	-0.1042	-0.0438	-0.0901	-0.1326	0.0907	-0.1847	-4.2195	-53.087	-14.9737
13	0.6467	2.6241	-0.1426	0.0026	1.9823	1.8167	-0.1121	0.4282	-0.3	-0.2922	-0.0008	0.353	0.5025	-0.1635	0.1129	0.2629	-0.1458	-0.1047	-0.1967	-0.0502	-0.0707	-12.1758	-69.9269	-22.6713
14	3.2253	0.9732	1.1664	6.8149	1.7123	1.4515	0.0044	-0.2459	-0.427	0.1811	0.0887	0.2149	0.5606	-0.3633	-0.0931	0.0671	-0.0886	0.0015	-0.097	0.0403	-0.1379	-53.0825	-1.4377	-59.0024
15	2.9867	0.6676	-1.1934	3.3308	0.3144	4.3633	-0.0251	-0.4128	0.4771	0.3287	0.0156	0.1923	-0.3496	-0.3382	0.0094	-0.1391	0.0932	-0.0069	-0.0918	-0.116	-0.1121	-46.9093	24.9315	-54.3066
16	2.7489	-0.5669	-0.6208	2.4519	0.5418	2.4988	-0.1188	-0.3343	-0.0721	0.2269	0.1557	-0.1988	0.2876	0.063	-0.0369	-0.051	0.0224	-0.0334	-0.0823	-0.0568	-0.1365	-41.4724	10.9657	-56.9698
17	2.8383	-2.6649	-1.6997	1.2784	-1.7502	3.1563	-0.0819	-0.3332	-0.5518	0.3758	0.1099	-0.3973	0.5212	0.4822	-0.028	0.1766	0.1386	-0.101	-0.243	0.0946	-0.0185	-33.2028	-6.6017	-50.8355

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|7 - 70}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|71 - 124}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|125 - 293}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|294 - 354}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{B\|8 - 48}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{B\|49 - 159}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{B\|160 - 293}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{B\|294 - 354}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{C\|10 - 36}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{C\|37 - 102}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{C\|103 - 144}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{C\|145 - 293}
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{C\|294 - 354}
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{D\|5 - 53}
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{D\|54 - 144}
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{D\|145 - 293}
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{D\|294 - 354}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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