PDB-6h4k: Structure of the Usp25 C-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h4k

タイトル

Structure of the Usp25 C-terminal domain

要素

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 25

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Usp / Ubiquitin / Deubiquitinase / Cancer

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of interleukin-17-mediated signaling pathway / ubiquitin-like protein peptidase activity / negative regulation of ERAD pathway / SUMO binding / protein K48-linked deubiquitination / deubiquitinase activity / protein K63-linked deubiquitination / negative regulation of response to oxidative stress / protein deubiquitination / ubiquitin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Klemm, T.A. / Sauer, F. / Kisker, C.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2019
タイトル: Differential Oligomerization of the Deubiquitinases USP25 and USP28 Regulates Their Activities.
著者: Sauer, F. / Klemm, T. / Kollampally, R.B. / Tessmer, I. / Nair, R.K. / Popov, N. / Kisker, C.

履歴

登録	2018年7月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月10日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年5月15日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h4k.cif.gz	129.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h4k.ent.gz	100.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h4k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6h4k_validation.pdf.gz	427 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6h4k_full_validation.pdf.gz	429.2 KB	表示
XML形式データ	6h4k_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	6h4k_validation.cif.gz	15.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/6h4k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/6h4k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6h4hC 6h4iC 6h4jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1p9n-d 2jhx-d 1e2w-1 1k7g-d 2r19-d 4boq-1 1zot-d 6ake-2 1np6-d 2fau-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (2) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 25

ヘテロ分子

35.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.008, 87.008, 86.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1215- HOH

#1: タンパク質	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 25 / Deubiquitinating enzyme 25 / USP on chromosome 21 / Ubiquitin thioesterase 25 / Ubiquitin-specific- ...Deubiquitinating enzyme 25 / USP on chromosome 21 / Ubiquitin thioesterase 25 / Ubiquitin-specific-processing protease 25 分子量: 35107.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: USP25, USP21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UHP3, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.5 22% w/v PEG4000 0.2M SrCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→43.5 Å / Num. obs: 21553 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 49.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 19.4
反射シェル	解像度: 2.05→2.11 Å / 冗長度: 41 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1608 / CC_1/2: 0.512 / R_pim(I) all: 0.759 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.05→43.504 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 22.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2224	2171	5.44 %
R_work	0.1915	-	-
obs	0.1931	39930	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→43.504 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2196	0	2	57	2255

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2241
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.855	3028
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.778	844
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	334
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	392

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0501-2.0946	0.3893	144	0.339	2325	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0946-2.1434	0.3522	127	0.2969	2368	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1434-2.197	0.2975	138	0.2572	2386	X-RAY DIFFRACTION	100
2.197-2.2564	0.2677	191	0.2377	2265	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2564-2.3227	0.2375	128	0.2262	2390	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3227-2.3977	0.2156	132	0.2147	2364	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3977-2.4834	0.2583	135	0.2069	2366	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4834-2.5828	0.2486	174	0.1971	2305	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5828-2.7004	0.2519	74	0.1972	2425	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7004-2.8427	0.222	124	0.2023	2385	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8427-3.0208	0.2604	147	0.2121	2340	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0208-3.2539	0.2527	108	0.222	2392	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2539-3.5812	0.241	168	0.1838	2326	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5812-4.0991	0.2334	123	0.1608	2386	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0991-5.1631	0.1446	111	0.1477	2383	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1631-43.5136	0.1904	147	0.1956	2353	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7179	4.3349	-2.2979	8.1131	-1.5769	6.8502	0.4801	-0.1278	-0.9207	0.5741	0.0979	-0.895	-0.5618	0.58	-0.5494	0.4543	0.0305	-0.0152	0.6611	-0.1818	0.5671	54.079	2.4841	31.7917
2	5.336	0.565	-2.2857	3.5168	-1.5408	4.8294	0.0891	-0.1841	-0.3024	-0.028	-0.0561	-0.3277	0.1969	0.7065	-0.0642	0.3126	-0.0181	-0.0156	0.416	-0.116	0.3515	40.787	3.0063	30.7274
3	5.0854	3.4555	6.6657	2.3499	4.533	8.6643	0.1879	0.35	0.2429	0.1342	-0.2442	0.1128	-0.122	0.0277	-0.161	0.4158	-0.0255	0.1161	0.6654	-0.0488	0.6281	55.1748	15.4867	31.8597
4	7.7749	-0.7348	5.5709	4.3263	-1.2653	4.3079	-0.5654	0.8185	0.4021	-0.2143	0.5052	-0.5894	-0.4793	0.1471	-0.1003	0.4642	-0.1009	0.1049	0.8473	-0.1238	0.9239	61.656	16.494	30.1108
5	4.1087	0.6819	-1.3815	3.2839	-0.4148	6.4052	0.2022	-0.293	0.5522	-0.0211	-0.1901	-0.2016	-0.5447	0.6054	-0.2134	0.3468	-0.0401	0.0535	0.3527	-0.0382	0.4355	33.5532	13.1933	29.4056
6	5.4646	-0.228	-0.952	2.3182	0.7062	3.0602	0.0875	0.0401	0.1172	0.0627	-0.0809	0.0354	-0.0686	-0.1486	-0.0259	0.3037	-0.0202	0.0733	0.3108	-0.0507	0.324	23.972	8.8095	28.6601
7	3.0043	-3.06	-1.5802	3.2733	1.602	2.5694	-0.0044	0.1134	-0.9515	0.2921	-0.4411	0.5498	0.3116	-0.447	0.5276	0.3775	-0.1156	0.076	0.4692	-0.1286	0.4525	9.6448	5.5297	32.8754
8	6.4092	-3.1719	-2.6379	5.8513	2.1329	8.7892	0.0985	-0.5112	-0.2726	0.3251	-0.6323	0.7057	-0.3241	-0.6881	0.2646	0.4799	-0.0337	-0.0122	0.7299	-0.2465	0.7882	-0.436	17.6619	35.2155
9	4.9645	0.321	-1.1291	2.2436	-0.7276	2.3863	-0.1487	1.8752	-0.5188	-0.1936	-0.2631	-0.2843	1.2449	-0.022	0.4335	0.5576	0.0657	0.0405	0.8304	-0.2247	0.6127	12.5856	7.5957	20.1049
10	7.6703	-1.7585	1.4098	5.723	-1.256	3.6081	-0.0315	0.245	-0.1839	0.2236	-0.0388	0.8108	0.2972	-0.9824	0.1073	0.3988	-0.1678	0.0009	0.8116	-0.208	0.5391	-3.126	8.6779	26.5697
11	4.0599	-0.8333	-1.6368	1.1544	-0.0468	0.786	-0.011	0.5329	0.5037	-0.1516	0.0041	-0.264	-0.1026	-0.4164	-0.0671	0.5122	0.031	0.0309	0.4762	-0.012	0.7647	18.2257	17.8625	25.3763
12	3.5488	2.3374	-4.9373	2.7729	-4.2082	8.0491	-0.2007	-0.0007	-0.4283	0.3689	0.6383	-0.4226	0.2045	-0.1216	-0.2983	0.4375	0.0454	-0.013	0.5517	0.0019	0.4748	30.0003	5.289	41.5139

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 777 through 793 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 794 through 817 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 818 through 837 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 838 through 860 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 861 through 889 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 890 through 920 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 921 through 945 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 946 through 961 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 962 through 975 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 976 through 1012 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 1013 through 1032 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 1033 through 1049 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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