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- PDB-6h35: Myxococcus xanthus MglA bound to GDP and Pi with mixed inactive a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h35
タイトルMyxococcus xanthus MglA bound to GDP and Pi with mixed inactive and active switch region conformations
要素Mutual gliding-motility protein MglA
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / small GTPase in a mixed state
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein localization / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Mutual gliding-motility protein MglA
類似検索 - 構成要素
生物種Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Varela, P.F. / Galicia, C. / Cherfils, J.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: MglA functions as a three-state GTPase to control movement reversals of Myxococcus xanthus.
著者: Galicia, C. / Lhospice, S. / Varela, P.F. / Trapani, S. / Zhang, W. / Navaza, J. / Herrou, J. / Mignot, T. / Cherfils, J.
履歴
登録2018年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mutual gliding-motility protein MglA
B: Mutual gliding-motility protein MglA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,78714
ポリマ－45,7432
非ポリマー2,04512
水2,792155
1
A: Mutual gliding-motility protein MglA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1189
ポリマ－22,8711
非ポリマー1,2478
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mutual gliding-motility protein MglA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6695
ポリマ－22,8711
非ポリマー7984
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.600, 116.650, 49.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-455-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Mutual gliding-motility protein MglA


分子量: 22871.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Small GTPase
由来: (組換発現) Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア)
遺伝子: mglA, MXAN_1925 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1DB04
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.66 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 70% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.299→50 Å / Num. obs: 93193 / % possible obs: 74.71 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 38.07 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rpim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 8.29
反射 シェル解像度: 2.299→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.03 / Num. unique obs: 474 / CC1/2: 0.392 / % possible all: 20.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→49.11 Å / SU ML: 0.2609 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.9156 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2566 848 4.85 %random
Rwork0.2135 16624 --
obs0.2155 17472 74.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3076 0 133 155 3364
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00343272
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76374441
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0475500
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042544
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.84892319
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.440.3584490.3362804X-RAY DIFFRACTION22.25
2.44-2.630.3177690.29631392X-RAY DIFFRACTION38.26
2.63-2.90.29181570.28243157X-RAY DIFFRACTION86.06
2.9-3.320.27621850.22523676X-RAY DIFFRACTION99.87
3.32-4.180.23281960.18493719X-RAY DIFFRACTION99.92
4.18-49.120.24531920.1993876X-RAY DIFFRACTION99.51
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.303813486 Å / Origin y: 14.7277344099 Å / Origin z: 70.125826273 Å
111213212223313233
T0.151727455952 Å20.0318632340516 Å20.000714965373303 Å2-0.157843902047 Å20.00456517040674 Å2--0.133104574667 Å2
L0.825014828201 °20.166458797225 °2-0.115500401313 °2-1.2346168088 °2-0.385856557353 °2--0.457698060692 °2
S-0.0460762224911 Å °0.0402299587653 Å °-0.0186976574689 Å °0.0617549787103 Å °0.10560452117 Å °0.143531617216 Å °0.0145643759255 Å °0.018149100068 Å °0.00895288325152 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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