[日本語] English
万見
- PDB-6h2t: GlnH bound to Glu, Mycobacterium tuberculosis -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h2t
タイトルGlnH bound to Glu, Mycobacterium tuberculosis
要素Probable glutamine-binding lipoprotein GlnH (GLNBP)
キーワードSIGNALING PROTEIN / Solute-binding protein / amino acid binding / transport / serine threonine protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid transport / outer membrane-bounded periplasmic space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTAMIC ACID / Probable glutamine-binding lipoprotein GlnH (GLNBP)
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者O'Hare, H.M. / Wallis, R. / Lin, L.Y. / Newland-Smith, Z.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_PC_16051 英国
引用ジャーナル: MBio / 年: 2018
タイトル: An Aspartate-Specific Solute-Binding Protein Regulates Protein Kinase G Activity To Control Glutamate Metabolism in Mycobacteria.
著者: Bhattacharyya, N. / Nkumama, I.N. / Newland-Smith, Z. / Lin, L.Y. / Yin, W. / Cullen, R.E. / Griffiths, J.S. / Jarvis, A.R. / Price, M.J. / Chong, P.Y. / Wallis, R. / O'Hare, H.M.
履歴
登録2018年7月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Probable glutamine-binding lipoprotein GlnH (GLNBP)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5572
ポリマ－31,4101
非ポリマー1471
水5,531307
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.760, 81.070, 87.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Probable glutamine-binding lipoprotein GlnH (GLNBP)


分子量: 31409.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv / 遺伝子: glnH, Rv0411c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P96257
#2: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES pH 6, 0.2 M MgCl2, 10 mM sodium glutamate, 20% PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→59.6 Å / Num. all: 226121 / Num. obs: 40218 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.67→1.7 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIXdev_2722精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6H1U

6h1u


解像度: 1.67→41.937 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1789 1934 4.81 %
Rwork0.1619 --
obs0.1627 40215 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 85.37 Å2 / Biso mean: 24.6287 Å2 / Biso min: 10.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.67→41.937 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2207 0 10 307 2524
Biso mean--15.66 36.25 -
残基数----288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072272
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.933110
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059367
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006411
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.1211931
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.67-1.71180.24631540.218826852839
1.7118-1.75810.23881460.210926772823
1.7581-1.80980.20951470.190526742821
1.8098-1.86820.20021390.185226952834
1.8682-1.9350.19171480.176126842832
1.935-2.01250.19591180.162627332851
2.0125-2.10410.19561160.151627172833
2.1041-2.2150.17011130.158527542867
2.215-2.35380.14741670.156626892856
2.3538-2.53550.17181540.157927252879
2.5355-2.79060.18961250.166927632888
2.7906-3.19430.2051420.154227502892
3.1943-4.02390.15041190.148128122931
4.0239-41.95030.16371460.159429233069
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9454-2.3104-0.80683.5199-0.61953.59210.1982-0.3280.36830.2098-0.10710.14660.2371-0.22540.02280.2131-0.02060.08290.2385-0.01880.2773-1.8281-22.92187.7996
21.5178-0.9848-0.43532.5270.29462.00980.1111-0.05180.2332-0.1202-0.0724-0.30150.00930.1393-0.05840.2009-0.02460.01980.1409-0.01590.1881-21.50864.965712.8047
30.969-1.19260.08853.7964-0.80792.08370.05610.0738-0.151-0.2814-0.04350.4010.1234-0.2087-0.00030.115-0.0178-0.02390.1521-0.02090.1353-28.6614-13.36568.8938
41.1985-1.09640.35732.5332-0.5230.97480.03980.04750.0909-0.1005-0.0763-0.1819-0.04110.07590.03940.1169-0.01790.02550.1425-0.01080.1233-12.6153-14.269512.117
56.0589-0.49541.55242.2611-0.12053.1019-0.03110.0137-0.1837-0.14020.0011-0.13920.14160.01820.06680.15950.00550.04090.1447-0.00630.1315-8.1797-28.706910.4745
60.94940.1251-0.48286.1102-1.01950.7764-0.0708-0.1053-0.06060.05820.05170.0530.0565-0.00490.02350.12990.00430.01290.165-0.00010.1179-14.7181-23.043619.7418
71.4663-0.1878-0.34133.81870.15281.74360.0246-0.22110.05840.3671-0.03420.0152-0.08810.02810.00950.13980.0026-0.00440.1668-0.02390.1101-24.4511-4.662619.6005
8222.234522.000120.0797-0.66670.2193-0.1991-0.70960.51230.058-0.33230.63720.134-0.010.01130.1595-0.00730.1679-12.5075-14.416312.8221
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 42 through 61 )A42 - 61
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 62 through 91 )A62 - 91
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 92 through 131 )A92 - 131
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 132 through 219 )A132 - 219
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 220 through 246 )A220 - 246
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 247 through 277 )A247 - 277
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 278 through 328 )A278 - 328
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 1 )B1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る