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- PDB-6mny: Crystal structure of mouse BTK kinase domain in complex with comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mny
タイトルCrystal structure of mouse BTK kinase domain in complex with compound 9a
要素Tyrosine-protein kinase
キーワードTRANSFERASE / kinase / drug design
機能・相同性
機能・相同性情報


B cell receptor signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / intracellular signal transduction / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / : / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain ...Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / : / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JVP / Tyrosine-protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Han, S. / Caspers, N. / Ohren, J.O.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2019
タイトル: Aminopyrazole Carboxamide Bruton's Tyrosine Kinase Inhibitors. Irreversible to Reversible Covalent Reactive Group Tuning.
著者: Schnute, M.E. / Benoit, S.E. / Buchler, I.P. / Caspers, N. / Grapperhaus, M.L. / Han, S. / Hotchandani, R. / Huang, N. / Hughes, R.O. / Juba, B.M. / Kim, K.H. / Liu, E. / McCarthy, E. / ...著者: Schnute, M.E. / Benoit, S.E. / Buchler, I.P. / Caspers, N. / Grapperhaus, M.L. / Han, S. / Hotchandani, R. / Huang, N. / Hughes, R.O. / Juba, B.M. / Kim, K.H. / Liu, E. / McCarthy, E. / Messing, D. / Miyashiro, J.S. / Mohan, S. / O'Connell, T.N. / Ohren, J.F. / Parikh, M.D. / Schmidt, M. / Selness, S.R. / Springer, J.R. / Thanabal, V. / Trujillo, J.I. / Walker, D.P. / Wan, Z.K. / Withka, J.M. / Wittwer, A.J. / Wood, N.L. / Xing, L. / Zapf, C.W. / Douhan III, J.
履歴
登録2018年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase
B: Tyrosine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5143
ポリマ－64,0752
非ポリマー4381
水2,666148
1
A: Tyrosine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4762
ポリマ－32,0381
非ポリマー4381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tyrosine-protein kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0381
ポリマ－32,0381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.945, 63.515, 70.005
Angle α, β, γ (deg.)76.77, 85.27, 78.13
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase


分子量: 32037.719 Da / 分子数: 2 / 断片: Protein kinase domain, residues 384-659 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Btk
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q7TMU1, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-JVP / 5-amino-1-[(3R)-1-cyanopiperidin-3-yl]-3-[4-(2,4-difluorophenoxy)phenyl]-1H-pyrazole-4-carboxamide / PF-06250112


分子量: 438.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H20F2N6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 12% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 0.1 M sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→68.1 Å / Num. obs: 16257 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 52.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.89 Å / Rmerge(I) obs: 0.467 / Num. unique obs: 2364 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化解像度: 2.8→68.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.886 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.807 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.385
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 742 5 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.199 14844 96.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.1537 Å2-0.5101 Å20.6425 Å2
2---5.0521 Å2-0.7585 Å2
3---2.8984 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→68.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4167 0 32 185 4384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014339HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.15863HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1545SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes731HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4339HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.92
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.66
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion522SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4985SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→3.02 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 149 4.9 %
Rwork0.2139 2894 -
all0.2187 3043 -
obs--96.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.64170.80090.17640.6954-0.13860.07870.00770.07540.1011-0.01970.046-0.00790.02520.0892-0.0537-0.0209-0.01020.0105-0.1508-0.018-0.00725.768-0.83887.899
20.6611-0.1763-0.14010.2768-0.03240.6711-0.0436-0.2877-0.07280.06150.07090.0907-0.0349-0.0599-0.0273-0.07020.0092-0.0112-0.0449-0.0061-0.02263.3339-29.447235.9758
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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