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- PDB-6h2a: Structure of S70A BlaC from Mycobacterium tuberculosis obtained f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h2a
タイトルStructure of S70A BlaC from Mycobacterium tuberculosis obtained from crystals produced in the presence of DTT
要素
  • Beta-lactamase
  • Possible protein degradation product
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / PHOSPHATE ION / Beta-lactamase / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Tassoni, R. / Pannu, N.S. / Ubbink, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: New Conformations of Acylation Adducts of Inhibitors of beta-Lactamase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Tassoni, R. / Blok, A. / Pannu, N.S. / Ubbink, M.
履歴
登録2018年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
H: Possible protein degradation product
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,61920
ポリマ－88,7384
非ポリマー1,88216
水95553
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3178
ポリマ－29,4591
非ポリマー8587
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1427
ポリマ－29,4591
非ポリマー6836
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8004
ポリマ－29,4591
非ポリマー3413
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
H: Possible protein degradation product


  • 登録者が定義した集合体
  • 360 Da, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3601
ポリマ－3601
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.864, 108.864, 260.577
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAAA29 - 2932 - 266
21ALAALABB29 - 2932 - 266
12LEULEUAA29 - 2942 - 267
22LEULEUCC29 - 2942 - 267
13HISHISBB29 - 2962 - 269
23HISHISCC29 - 2962 - 269

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCH

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 29459.061 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: blaC, ERS027646_02769 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0T9EA39, UniProt: A0A655AHQ9*PLUS, beta-lactamase
#2: タンパク質・ペプチド Possible protein degradation product


分子量: 360.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 69分子

#3: 化合物 ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル


分子量: 163.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.73 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 7.0 1.7 M NH4H2PO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→49.73 Å / Num. obs: 714649 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.54→2.63 Å / 冗長度: 14.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 71706 / CC1/2: 0.701 / Rpim(I) all: 0.49 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GDN

2gdn


解像度: 2.54→49.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 9.371 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.287 / ESU R Free: 0.231 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25634 2628 5 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.22945 49780 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 63.052 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.1 Å20 Å20 Å2
2--2.1 Å20 Å2
3----4.19 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.54→49.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5885 0 108 53 6046
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0196090
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7571.9828289
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.082313057
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6165783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.54323.127259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.97915895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0061556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2953
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216839
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021237
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.1616.1943147
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.1456.1933146
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.9669.2763922
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.9659.2783923
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.0036.6442943
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.0026.6442943
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.2349.7814368
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.70773.0296433
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.70673.0286433
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A168320.06
12B168320.06
21A151240.07
22C151240.07
31B151240.08
32C151240.08
LS精密化 シェル解像度: 2.54→2.606 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 198 -
Rwork0.337 3628 -
obs--99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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