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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6h2a | ||||||
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タイトル | Structure of S70A BlaC from Mycobacterium tuberculosis obtained from crystals produced in the presence of DTT | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å | ||||||
データ登録者 | Tassoni, R. / Pannu, N.S. / Ubbink, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019 タイトル: New Conformations of Acylation Adducts of Inhibitors of beta-Lactamase from Mycobacterium tuberculosis. 著者: Tassoni, R. / Blok, A. / Pannu, N.S. / Ubbink, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6h2a.cif.gz | 161.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6h2a.ent.gz | 127.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6h2a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6h2a_validation.pdf.gz | 512.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6h2a_full_validation.pdf.gz | 524.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6h2a_validation.xml.gz | 30.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6h2a_validation.cif.gz | 41 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/6h2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/6h2a | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCH
#1: タンパク質 | 分子量: 29459.061 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: blaC, ERS027646_02769 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0T9EA39, UniProt: A0A655AHQ9*PLUS, beta-lactamase #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 360.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
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-非ポリマー , 5種, 69分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-DTT / #5: 化合物 | ChemComp-PO4 / #6: 化合物 | ChemComp-GOL / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.73 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 7.0 1.7 M NH4H2PO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9677 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9677 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.54→49.73 Å / Num. obs: 714649 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 18.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.54→2.63 Å / 冗長度: 14.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 71706 / CC1/2: 0.701 / Rpim(I) all: 0.49 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2GDN 解像度: 2.54→49.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 9.371 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.287 / ESU R Free: 0.231 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 63.052 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.54→49.73 Å
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拘束条件 |
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