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Yorodumi- PDB-6h24: X-Ray Crystal Structure of the MSBI1.176 WH1 Domain, a Replicatio... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6h24 | ||||||
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Title | X-Ray Crystal Structure of the MSBI1.176 WH1 Domain, a Replication Protein Isolated from a Multiple Sclerosis Patient | ||||||
Components | Replication proteinDNA replication | ||||||
Keywords | REPLICATION / RepA / MSBI1.176 / WH1 / sclerosis | ||||||
Function / homology | Initiator Rep protein / Initiator Replication protein, WH1 / DNA replication initiation / Winged helix DNA-binding domain superfamily / DNA-directed DNA polymerase activity / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Replication protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Sphinx1.76-related DNA (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.53 Å | ||||||
Authors | Kilic, T. / Popov, A.N. / Hansman, G.S. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2019 Title: Structural analysis of a replication protein encoded by a plasmid isolated from a multiple sclerosis patient. Authors: Kilic, T. / Popov, A.N. / Burk-Korner, A. / Koromyslova, A. / Zur Hausen, H. / Bund, T. / Hansman, G.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6h24.cif.gz | 158.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6h24.ent.gz | 128 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6h24.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/6h24 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/6h24 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15454.439 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Sphinx1.76-related DNA (others) / Gene: Rep / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A1T4J289 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.94 Å3/Da / Density % sol: 36.64 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.2 M magnesium acetate, 20% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.53→40.65 Å / Num. obs: 35709 / % possible obs: 99.42 % / Redundancy: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 22.19 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04087 / Rpim(I) all: 0.0173 / Rrim(I) all: 0.04446 / Net I/σ(I): 20.91 | ||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.53→1.58 Å / Rmerge(I) obs: 0.6848 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / Num. unique obs: 3473 / CC1/2: 0.85 / Rpim(I) all: 0.2973 / Rrim(I) all: 0.7487 / % possible all: 96.93 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.53→40.65 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 24.31
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.53→40.65 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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