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- PDB-6h1e: Crystal structure of C21orf127-TRMT112 in complex with SAH and H4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h1e
タイトルCrystal structure of C21orf127-TRMT112 in complex with SAH and H4 peptide
要素
  • HemK methyltransferase family member 2
  • Histone H4 peptide
  • Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein
キーワードGENE REGULATION / protein methyltransferase / histone methylation / complex / SAH
機能・相同性
機能・相同性情報


arsonoacetate metabolic process / arsenite methyltransferase activity / protein-glutamine N-methyltransferase activity / eRF1 methyltransferase complex / peptidyl-glutamine methylation / tRNA (m2G10) methyltransferase complex / rRNA (guanine-N7)-methylation / tRNA methyltransferase activator activity / toxin metabolic process / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity ...arsonoacetate metabolic process / arsenite methyltransferase activity / protein-glutamine N-methyltransferase activity / eRF1 methyltransferase complex / peptidyl-glutamine methylation / tRNA (m2G10) methyltransferase complex / rRNA (guanine-N7)-methylation / tRNA methyltransferase activator activity / toxin metabolic process / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / tRNA modification in the nucleus and cytosol / Methylation / protein methyltransferase activity / tRNA methylation / positive regulation of rRNA processing / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / histone H4K12 methyltransferase activity / S-adenosyl-L-methionine binding / rRNA methylation / rRNA modification in the nucleus and cytosol / negative regulation of gene expression, epigenetic / Eukaryotic Translation Termination / maturation of LSU-rRNA / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / maturation of SSU-rRNA / positive regulation of cell growth / methylation / nucleic acid binding / protein heterodimerization activity / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic/archaeal PrmC-related / : / Multifunctional methyltransferase subunit Trm112 / Trm112-like / Trm112p-like protein / Methyltransferase small domain / Methyltransferase small domain / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein / Methyltransferase N6AMT1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wang, S. / Hermann, B. / Metzger, E. / Peng, L. / Einsle, O. / Schuele, R.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
European Research CouncilERC AdGrant 322844 ドイツ
German Research FoundationSFB 992, 850, 746, Schu688/15-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: KMT9 monomethylates histone H4 lysine 12 and controls proliferation of prostate cancer cells.
著者: Metzger, E. / Wang, S. / Urban, S. / Willmann, D. / Schmidt, A. / Offermann, A. / Allen, A. / Sum, M. / Obier, N. / Cottard, F. / Ulferts, S. / Preca, B.T. / Hermann, B. / Maurer, J. / ...著者: Metzger, E. / Wang, S. / Urban, S. / Willmann, D. / Schmidt, A. / Offermann, A. / Allen, A. / Sum, M. / Obier, N. / Cottard, F. / Ulferts, S. / Preca, B.T. / Hermann, B. / Maurer, J. / Greschik, H. / Hornung, V. / Einsle, O. / Perner, S. / Imhof, A. / Jung, M. / Schule, R.
履歴
登録2018年7月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HemK methyltransferase family member 2
B: Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein
S: Histone H4 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1154
ポリマ－38,7313
非ポリマー3841
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2980 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area13920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.231, 71.231, 130.808
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Space group name HallP4n2n
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z

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要素

#1: タンパク質 HemK methyltransferase family member 2 / M.HsaHemK2P / N(6)-adenine-specific DNA methyltransferase 1


分子量: 22344.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: N6AMT1, C21orf127, HEMK2, PRED28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y5N5, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: タンパク質 Multifunctional methyltransferase subunit TRM112-like protein / tRNA methyltransferase 112 homolog


分子量: 14272.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRMT112, AD-001, HSPC152, HSPC170 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UI30
#3: タンパク質・ペプチド Histone H4 peptide


分子量: 2113.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.1-1.3 M Sodium Citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48.18 Å / Num. obs: 27384 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 22.5 % / Biso Wilson estimate: 28.55 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.187 / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 1.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 21.9 % / Rmerge(I) obs: 2.74 / CC1/2: 0.296 / Rpim(I) all: 0.857 / % possible all: 99.89

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6H1D

6h1d


解像度: 1.9→47 Å / SU ML: 0.2703 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.2871
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2445 1349 4.94 %
Rwork0.1959 --
obs0.1983 27325 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2508 0 26 74 2608
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00742587
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91663510
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0548404
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056454
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.23911564
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.970.37721160.34632549X-RAY DIFFRACTION99.89
1.97-2.050.30321130.29582577X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.140.2941470.26292521X-RAY DIFFRACTION99.96
2.14-2.250.27661420.2362552X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.390.29841200.2182574X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.580.25941330.20412583X-RAY DIFFRACTION100
2.58-2.840.28281350.20882571X-RAY DIFFRACTION100
2.84-3.250.241460.20072619X-RAY DIFFRACTION100
3.25-4.090.21161490.16012616X-RAY DIFFRACTION99.96
4.09-47.020.20731480.15732814X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.35032809718-4.039639368120.2214470557843.39284313986-0.08322184496170.02158927536840.9850177554190.543171032284-0.438311938208-0.6414326448560.26230781848-0.918272112540.613258429790.425547932855-0.18530182450.895757938746-0.0954993975060.003718431624420.754667516976-0.2189190855270.53101383229-7.51536222617-20.8497623913-25.0821559971
22.283275387531.07092026013-1.37767958983.43895822350.9902596839792.387133357270.03050437136970.1243660175760.203618511466-0.4299290845720.169203710216-1.16191586252-0.1265482051911.30540604091-0.1338968496690.406741894491-0.08151294349090.05910844282970.612034096034-0.1323375531990.501627117419-2.99062547676-10.2833833071-21.1700486567
31.90697879574-0.715604670278-0.1537907452372.76334782921.17714476641.818175633090.08889595261220.3299368924990.0574548023289-0.6724598761810.0538161970432-0.296710664786-0.4740938171280.120423166712-0.05321796724490.400974146044-0.05077743270940.03100541315780.226420214613-0.001629507046920.174935567284-15.1560456578-4.66402448993-22.6427134804
40.586915115342-0.987447710658-0.1946062470251.858870835980.6705515176912.191546120020.1760942665280.1834651109820.0371511363095-0.506429046761-0.08024213583110.204241400709-0.110436542113-0.1108298574420.008071884198970.228796968754-0.0344841588044-0.03281773837760.152220335059-0.005956804898770.223561107711-20.8333572274-9.72781277313-16.5934351528
50.556862604608-0.679323354592-0.2334982060871.41742223094-0.4700467611252.000240524780.04351547116450.23554744873-0.426131770270.09056204092430.07266041477130.1098836838730.6030758201290.19789540489-0.08064880361320.3948798658660.00239550906851-0.0220826001120.253271086328-0.0933862739430.299669543628-15.4011017001-26.3567302905-17.5183986
62.473998827740.173022099769-0.05298798684021.305610472890.3475442634962.222399661010.09331908163080.343048965687-0.0942311373414-0.335222894753-0.1306380453950.214101594920.0605604661197-0.3418567760850.05275671067030.329545711667-0.028629148436-0.08990261755230.286258444354-0.05634958821590.286124962831-26.42488431-15.5897378464-23.2085596125
70.506219131166-0.747557278618-0.7713005487064.096689286411.43937127141.24547118046-0.2601435248590.618619975962-0.590109388794-0.09827331102860.2040839811531.107654274060.361453422997-0.1705087919410.1887152430040.459701070811-0.0681258400812-0.195922921010.51938386694-0.09239017881050.450868126063-31.4925377533-21.6708343537-29.7926863277
82.0617325682-0.688972083639-0.3696521308472.589032501591.447929308472.865822482430.4038792256160.361294202643-0.212579154907-0.660362606719-0.2608489914080.207141823377-0.14728465552-0.2353170476270.01628147663780.454596091333-0.0184937982923-0.08982545394620.426635721497-0.07505420297750.239549219145-23.1959102927-16.1188166258-32.8612073683
91.11948598393-0.4874078028370.5059146251282.7690965548-0.1784341745342.19888668303-0.2715439227950.1905188189820.151546800007-0.1684327008770.1381221287150.1678681905260.223245054493-0.0562817879209-0.01650230515160.1635860771170.000574492130563-0.04397522982460.165000549984-0.001318162146990.262920644482-21.54928604441.73134632221-6.26069197655
101.63455104157-0.4058342659120.8810383126643.19231998945-0.05726387050862.70819222051-0.0710531217062-0.240004530778-0.2583039190590.1833496924440.1817060021920.2205564922720.375705935138-0.364510494616-0.017689008560.175716887231-0.02683223501260.004875620392630.1873893139080.03508174866720.24110208783-22.028128745-4.132262603710.857415958254
113.28617340286-0.6288966213560.5170419184762.77935261937-0.2585428604141.927545798790.09663303759830.4476513332170.0688881122237-0.16545698205-0.02827722372580.198091489676-0.0425770691760.121685142049-0.001592079431120.2849520926310.00407277684213-0.0606174653080.2539965528490.03774555885160.240882080895-22.289292677210.0189731654-14.2047213323
121.80540208749-0.300612596258-0.3373138244953.01723423717-0.07326219968522.30099609339-0.0778345993745-0.3418910741960.5399603554850.143426298050.06333289943990.376532430077-0.45232363023-0.451097902047-0.03594505361810.1708638517850.064296649555-0.04500492802640.204097122991-0.04534560116910.350840396474-25.566903789411.54738007370.0856460234361
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141.21788575683-0.3227180080880.2289241894483.09004467425-0.6731347815231.10497463268-0.223797457762-0.0645548967637-0.05863728427590.0207894713150.133720900657-0.0207832541773-0.163700550849-0.0002109112860420.04691936314870.158614464253-0.00595000408865-0.03174298744070.183231389859-0.0201182920580.23771771021-14.70439230370.430873897878-0.469572646153
156.102038235991.22000208136-3.18853676922.79264802549-1.141039468613.62538142508-0.118445800083-0.0600603451398-0.0998969531708-0.1377735810240.273202334960.8941455459170.0803100597475-0.3793557391430.01472944123480.147050528607-0.02102264284170.01025499161280.2671262108860.08608320442780.367479495429-22.7758695273-9.520406272164.06142371821
163.892896651720.6023881254231.055403537825.945225981170.4584612501933.167450262260.165917319253-0.040611020424-0.5925610017940.0642943116276-0.2318019928480.09554243360690.5895862999760.1084649869160.01650103506970.256186889425-0.03076590212020.01972436753160.20360198908-0.00800825513260.266249674685-14.6576429381-9.3753871946-4.13613241637
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'S' and (resid 11 through 15 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 7 through 26 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 27 through 92 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 93 through 129 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 130 through 149 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 150 through 177 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 178 through 188 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 189 through 213 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 2 through 9 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 10 through 33 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 34 through 51 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 52 through 74 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 75 through 90 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 91 through 100 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 101 through 110 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 111 through 119 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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