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- PDB-6gx7: Tubulin-CopN-alphaRep complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gx7
タイトルTubulin-CopN-alphaRep complex
要素
  • Low calcium response E
  • Tubulin alpha chain
  • Tubulin beta chain
  • iiiA5 ALPHAREP
キーワードCELL CYCLE / microtubule / ALPHAREP / COPN
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle transport along microtubule / axonemal microtubule / forebrain morphogenesis / glial cell differentiation / neuron projection arborization / cerebellar cortex morphogenesis / protein secretion by the type III secretion system / flagellated sperm motility / dentate gyrus development / outer membrane ...organelle transport along microtubule / axonemal microtubule / forebrain morphogenesis / glial cell differentiation / neuron projection arborization / cerebellar cortex morphogenesis / protein secretion by the type III secretion system / flagellated sperm motility / dentate gyrus development / outer membrane / centrosome cycle / pyramidal neuron differentiation / motor behavior / smoothened signaling pathway / response to L-glutamate / regulation of synapse organization / startle response / locomotory exploration behavior / microtubule polymerization / sperm flagellum / response to tumor necrosis factor / negative regulation of protein secretion / microtubule-based process / response to mechanical stimulus / condensed chromosome / homeostasis of number of cells within a tissue / cellular response to calcium ion / adult locomotory behavior / intracellular protein transport / synapse organization / neuromuscular junction / visual learning / recycling endosome / cerebral cortex development / structural constituent of cytoskeleton / memory / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron migration / neuron apoptotic process / gene expression / microtubule / hydrolase activity / protein heterodimerization activity / GTPase activity / protein-containing complex binding / GTP binding / cell surface / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / T3SS, Low calcium response E, third helical domain / Type III secretion regulator, YopN/LcrE/InvE/MxiC / Hypersensitivity response secretion-like, HrpJ / HrpJ-like domain / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant ...: / T3SS, Low calcium response E, third helical domain / Type III secretion regulator, YopN/LcrE/InvE/MxiC / Hypersensitivity response secretion-like, HrpJ / HrpJ-like domain / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Helix Hairpins / Alpha Horseshoe / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / TRIETHYLENE GLYCOL / Tubulin beta chain / Tubulin alpha chain / Low calcium response E
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Chlamydia pneumoniae (肺炎クラミジア)
Ovis aries (ヒツジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Gigant, B. / Campanacci, V.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Insight into microtubule nucleation from tubulin-capping proteins.
著者: Campanacci, V. / Urvoas, A. / Cantos-Fernandes, S. / Aumont-Nicaise, M. / Arteni, A.A. / Velours, C. / Valerio-Lepiniec, M. / Dreier, B. / Pluckthun, A. / Pilon, A. / Pous, C. / Minard, P. / Gigant, B.
履歴
登録2018年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32019年5月22日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha chain
B: Tubulin beta chain
C: Tubulin alpha chain
D: Tubulin beta chain
E: iiiA5 ALPHAREP
F: iiiA5 ALPHAREP
G: Low calcium response E
H: Low calcium response E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)323,09626
ポリマ－319,5078
非ポリマー3,58918
水00
1
A: Tubulin alpha chain
B: Tubulin beta chain
E: iiiA5 ALPHAREP
G: Low calcium response E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,42712
ポリマ－159,7534
非ポリマー1,6748
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Tubulin alpha chain
D: Tubulin beta chain
F: iiiA5 ALPHAREP
H: Low calcium response E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,66914
ポリマ－159,7534
非ポリマー1,91610
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.060, 95.850, 158.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 ACBDEFGH

#1: タンパク質 Tubulin alpha chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: D0VWZ0
#2: タンパク質 Tubulin beta chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: D0VWY9
#3: タンパク質 iiiA5 ALPHAREP


分子量: 22325.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質 Low calcium response E / Type III secreted protein SctW / Type III secretion regulator YopN/LcrE/InvE/MxiC


分子量: 37223.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia pneumoniae (肺炎クラミジア)
遺伝子: lcrE, CP_0433, CPn_0324, BN1224_CV15_B_02610, BN1224_DC9_BL_00250, BN1224_GiD_A_03370, BN1224_H12_DC_00070, BN1224_MUL2216_E_00610, BN1224_Panola_E_01460, BN1224_PB1_B_03230, BN1224_U1271_ ...遺伝子: lcrE, CP_0433, CPn_0324, BN1224_CV15_B_02610, BN1224_DC9_BL_00250, BN1224_GiD_A_03370, BN1224_H12_DC_00070, BN1224_MUL2216_E_00610, BN1224_Panola_E_01460, BN1224_PB1_B_03230, BN1224_U1271_C_01640, BN1224_UZG1_A_03360, BN1224_Wien2_E_01090, BN1224_YK41_BG_00220, CWL029c_C_01640
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z8L4

-
非ポリマー , 6種, 18分子

#5: 化合物
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: polyethylene glycol 400, 0.1 M Mes

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.979346 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979346 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.19→50 Å / Num. obs: 72103 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.87 % / Biso Wilson estimate: 125.34 Å2 / Rrim(I) all: 0.2023 / Net I/σ(I): 7.37
反射 シェル解像度: 3.19→3.3 Å / Num. unique obs: 6724

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5eyp, 4p40, 3ltm

5eyp

4p40

3ltm


解像度: 3.19→49.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.343
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 3606 5 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.175 72103 99.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 115.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.5161 Å20 Å23.6415 Å2
2--19.8684 Å20 Å2
3----10.3523 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.19→49.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20123 0 218 0 20341
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0120737HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1628211HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d7089SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3632HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it20737HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.63
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.33
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2775SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact24860SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.19→3.22 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2939 -5.06 %
Rwork0.2788 1370 -
all0.2796 1443 -
obs--71.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2690.28010.0043.4533-0.47662.0275-0.04720.374-0.0542-0.390.0673-0.32230.0990.2625-0.0201-0.00820.04250.0154-0.0638-0.0057-0.330359.615-11.651341.0265
21.3854-0.14640.24743.2077-0.14661.71570.1471-0.19040.03260.3185-0.05720.0466-0.0336-0.2303-0.08990.4302-0.0483-0.03370.06080.0194-0.007246.3173-24.789978.4958
31.6147-0.33740.10883.33210.07831.4295-0.02040.09940.015-0.2155-0.0062-0.5809-0.06510.43630.0267-0.1453-0.0101-0.0007-0.10970.0622-0.181935.2299-16.71958.8087
41.2773-0.2920.03573.73450.04491.8788-0.0085-0.0773-0.10060.026-0.06550.2851-0.0644-0.14760.0740.37240.01220.00550.2168-0.03470.2505-4.3118-3.502311.3068
54.46641.80362.45575.61810.45133.1717-0.32950.6080.5493-0.51220.07740.0221-0.45290.60810.25210.14770.1209-0.0666-0.23380.2377-0.371952.973930.633544.4344
62.71260.08382.24816.92772.05975.87010.38150.374-0.40520.15840.0445-0.7690.75920.7354-0.426-0.08590.2352-0.1592-0.31310.1846-0.186730.3015-59.039114.3255
70.76593.29984.91431.33366.60081.96620.12980.5439-0.0986-0.1156-0.17870.029-0.1402-0.33790.04890.1303-0.2359-0.2769-0.0305-0.35710.108211.0093-68.73967.212
85.579-0.8747-1.27876.51265.35536.8644-0.0687-0.1879-1.213-0.2454-0.40650.74270.6514-0.95460.4752-0.423-0.34480.1821-0.16510.1730.235514.4162-49.142687.6459
94.22590.9143-2.43266.96692.135213.8367-0.0505-1.0340.21570.61760.52070.0032-0.62730.7421-0.4701-0.3594-0.18360.23560.2420.1244-0.335421.0405-30.1738110.0527
101.22184.7188-1.2042.14675.48866.21850.002-0.40490.07890.178-0.2304-0.2729-0.18850.57150.22850.0986-0.2376-0.22790.2263-0.3572-0.101-3.804340.354147.9769
116.82752.7171-1.88167.66710.42525.19180.0815-1.15620.52591.04940.18370.2476-0.94680.3251-0.26520.04860.11430.2982-0.0525-0.2842-0.4871-21.929520.771639.9904
1212.50883.20981.68395.62871.61788.51050.08240.9021-0.7607-0.08740.09171.08910.884-0.8367-0.174-0.2261-0.03950.2895-0.139-0.2383-0.068-41.82691.394826.7378
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|101 - 172 }
8X-RAY DIFFRACTION8{ G|180 - 275 }
9X-RAY DIFFRACTION9{ G|276 - 383 }
10X-RAY DIFFRACTION10{ H|100 - 172 }
11X-RAY DIFFRACTION11{ H|177 - 275 }
12X-RAY DIFFRACTION12{ H|276 - 383 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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