+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6gx7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Tubulin-CopN-alphaRep complex | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | CELL CYCLE / microtubule / ALPHAREP / COPN | ||||||
Function / homology | Function and homology information axonemal microtubule / organelle transport along microtubule / glial cell differentiation / forebrain morphogenesis / neuron projection arborization / protein secretion by the type III secretion system / cerebellar cortex morphogenesis / dentate gyrus development / outer membrane / pyramidal neuron differentiation ...axonemal microtubule / organelle transport along microtubule / glial cell differentiation / forebrain morphogenesis / neuron projection arborization / protein secretion by the type III secretion system / cerebellar cortex morphogenesis / dentate gyrus development / outer membrane / pyramidal neuron differentiation / centrosome cycle / motor behavior / response to L-glutamate / smoothened signaling pathway / regulation of synapse organization / locomotory exploration behavior / startle response / microtubule polymerization / negative regulation of protein secretion / response to tumor necrosis factor / microtubule-based process / response to mechanical stimulus / homeostasis of number of cells within a tissue / condensed chromosome / cellular response to calcium ion / adult locomotory behavior / synapse organization / intracellular protein transport / neuron migration / neuromuscular junction / visual learning / structural constituent of cytoskeleton / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cerebral cortex development / memory / recycling endosome / gene expression / neuron apoptotic process / microtubule / hydrolase activity / protein heterodimerization activity / GTPase activity / protein-containing complex binding / GTP binding / cell surface / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) Chlamydia pneumoniae (bacteria) Ovis aries (sheep) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.19 Å | ||||||
Authors | Gigant, B. / Campanacci, V. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2019 Title: Insight into microtubule nucleation from tubulin-capping proteins. Authors: Campanacci, V. / Urvoas, A. / Cantos-Fernandes, S. / Aumont-Nicaise, M. / Arteni, A.A. / Velours, C. / Valerio-Lepiniec, M. / Dreier, B. / Pluckthun, A. / Pilon, A. / Pous, C. / Minard, P. / Gigant, B. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6gx7.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6gx7.ent.gz | 864.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6gx7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/6gx7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/6gx7 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 6gvmC 6gvnC 3ltmS 4p40S 5eypS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Protein , 4 types, 8 molecules ACBDEFGH
#1: Protein | Mass: 50204.445 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Ovis aries (sheep) / References: UniProt: D0VWZ0 #2: Protein | Mass: 49999.887 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Ovis aries (sheep) / References: UniProt: D0VWY9 #3: Protein | Mass: 22325.449 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #4: Protein | Mass: 37223.539 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chlamydia pneumoniae (bacteria) Gene: lcrE, CP_0433, CPn_0324, BN1224_CV15_B_02610, BN1224_DC9_BL_00250, BN1224_GiD_A_03370, BN1224_H12_DC_00070, BN1224_MUL2216_E_00610, BN1224_Panola_E_01460, BN1224_PB1_B_03230, BN1224_U1271_C_ ...Gene: lcrE, CP_0433, CPn_0324, BN1224_CV15_B_02610, BN1224_DC9_BL_00250, BN1224_GiD_A_03370, BN1224_H12_DC_00070, BN1224_MUL2216_E_00610, BN1224_Panola_E_01460, BN1224_PB1_B_03230, BN1224_U1271_C_01640, BN1224_UZG1_A_03360, BN1224_Wien2_E_01090, BN1224_YK41_BG_00220, CWL029c_C_01640 Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9Z8L4 |
---|
-Non-polymers , 6 types, 18 molecules
#5: Chemical | ChemComp-GTP / #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-MES / #9: Chemical | #10: Chemical | ChemComp-PGE / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.44 Å3/Da / Density % sol: 64.24 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: polyethylene glycol 400, 0.1 M Mes |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 2 / Wavelength: 0.979346 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Dec 16, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979346 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.19→50 Å / Num. obs: 72103 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 3.87 % / Biso Wilson estimate: 125.34 Å2 / Rrim(I) all: 0.2023 / Net I/σ(I): 7.37 |
Reflection shell | Resolution: 3.19→3.3 Å / Num. unique obs: 6724 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5eyp, 4p40, 3ltm Resolution: 3.19→49.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.343
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 115.1 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.38 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.19→49.03 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 3.19→3.22 Å / Total num. of bins used: 50
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|