PDB-6gx4: The molybdenum storage protein: with ATP/Mn2+ and with POM cluste...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gx4

タイトル

The molybdenum storage protein: with ATP/Mn2+ and with POM clusters formed under in vitro conditions

要素

(Molybdenum storage protein subunit ...) x 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Molybdate storage / polyoxometalate clusters / ATP consumption

機能・相同性

機能・相同性情報

nutrient reservoir activity / molybdenum ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Azotobacter vinelandii (窒素固定)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Poppe, J. / Bruenle, S. / Hail, R. / Ermler, E.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: The Molybdenum Storage Protein: A soluble ATP hydrolysis-dependent molybdate pump.
著者: Poppe, J. / Brunle, S. / Hail, R. / Wiesemann, K. / Schneider, K. / Ermler, U.

履歴

登録	2018年6月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月26日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2019年3月6日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell Item: _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rsym_value ..._reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gx4.cif.gz	218.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gx4.ent.gz	172.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gx4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6gx4_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6gx4_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6gx4_validation.xml.gz	24.1 KB	表示
CIF形式データ	6gx4_validation.cif.gz	34.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/6gx4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gx/6gx4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gu5C 6gujC 6gwvC 4f6tS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ndq-1 6h73-1 6h8h-1 6gwv-3 2ogx-1 6h74-1 6h6w-1 4ndo-1 6gwv-1 4ndp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Molybdenum storage protein subunit beta

A: Molybdenum storage protein subunit alpha

ヘテロ分子

62 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Molybdenum storage protein subunit beta

A: Molybdenum storage protein subunit alpha

ヘテロ分子

B: Molybdenum storage protein subunit beta

A: Molybdenum storage protein subunit alpha

ヘテロ分子

B: Molybdenum storage protein subunit beta

A: Molybdenum storage protein subunit alpha

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
186 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.270, 114.270, 234.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-304- MOO
2	1	A-403- HOH
3	1	A-416- HOH

-
Molybdenum storage protein subunit ... , 2種, 2分子 BA

#1: タンパク質	Molybdenum storage protein subunit beta / MoSto subunit beta 分子量: 28247.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Azotobacter vinelandii (strain DJ / ATCC BAA-1303) (窒素固定) 株: DJ / ATCC BAA-1303 / 参照: UniProt: P84253
#2: タンパク質	Molybdenum storage protein subunit alpha / Mo storage protein subunit alpha / MoSto subunit alpha 分子量: 29245.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Azotobacter vinelandii (strain DJ / ATCC BAA-1303) (窒素固定) 株: DJ / ATCC BAA-1303 / 参照: UniProt: P84308

-
非ポリマー , 7種, 316分子

#3: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-FUQ / Mo5 Cluster 分子量: 899.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂₀Mo₅O₂₅
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 化合物	ChemComp-FV2 / Mo8 cluster 分子量: 1247.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo₈O₃₀
#8: 化合物	ChemComp-MOO / MOLYBDATE ION / MOLYBDATE 分子量: 159.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: MoO₄
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.95 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6 詳細: 0.1 M sodium citrate, 1.2 M ammonium phosphate 10% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.896 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.896 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 67867 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.992 / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / CC_1/2: 0.443 / R_sym value: 0.459

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4f6t

4f6t

解像度: 1.9→48.411 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.88

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2048	3394	5.01 %
R_work	0.174	-	-
obs	0.1755	67794	89.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.411 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3809	0	175	307	4291

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4109
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.463	5748
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.994	3268
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	637
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	707

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8622-1.8888	0.3677	29	0.2884	551	X-RAY DIFFRACTION	19
1.8888-1.917	0.3524	56	0.2851	1087	X-RAY DIFFRACTION	37
1.917-1.947	0.3099	74	0.2717	1583	X-RAY DIFFRACTION	53
1.947-1.9789	0.2836	109	0.2353	2060	X-RAY DIFFRACTION	69
1.9789-2.013	0.2701	135	0.2239	2400	X-RAY DIFFRACTION	81
2.013-2.0496	0.2473	134	0.2116	2633	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0496-2.089	0.2618	138	0.2008	2838	X-RAY DIFFRACTION	96
2.089-2.1317	0.2584	162	0.1791	2906	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1317-2.178	0.2226	161	0.1689	2922	X-RAY DIFFRACTION	99
2.178-2.2287	0.2102	162	0.1649	2944	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2287-2.2844	0.193	154	0.1702	2972	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2844-2.3462	0.2156	153	0.1651	2945	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3462-2.4152	0.2126	160	0.1621	2963	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4152-2.4932	0.1803	164	0.1746	2976	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4932-2.5823	0.1935	159	0.1627	2977	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5823-2.6857	0.1948	145	0.163	2986	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6857-2.8079	0.2159	153	0.1701	3002	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8079-2.9559	0.214	174	0.1784	2997	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9559-3.1411	0.1746	154	0.17	3030	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1411-3.3835	0.2162	160	0.1705	3053	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3835-3.7239	0.1742	167	0.1523	3033	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7239-4.2625	0.1663	152	0.1443	3103	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2625-5.3692	0.1692	173	0.155	3120	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3692-48.4275	0.2436	166	0.2168	3319	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.7155	2.1045	-1.3872	8.8792	2.906	5.437	0.0542	0.1492	0.2287	-0.2114	-0.0674	0.8383	-0.311	-1.0824	-0.0905	0.1595	0.05	-0.0484	0.3989	-0.0095	0.324	20.4714	28.4343	24.2011
2	0.4247	-0.0884	-0.1251	0.4133	0.2923	0.2618	0.0037	0.0871	-0.0048	-0.0999	0.0019	0.0076	0.0013	-0.0134	-0.011	0.2337	-0.0038	-0.0002	0.1942	-0.0224	0.1836	53.7755	15.2261	18.2275
3	3.0804	-0.9533	-1.4141	3.2407	1.9825	2.1642	-0.1373	-0.1786	-0.2597	0.1534	-0.0336	0.3132	0.2897	-0.1109	0.1285	0.2527	-0.0291	-0.0141	0.1759	-0.0206	0.1609	43.5652	4.1587	12.2483
4	5.937	-1.3563	1.9482	0.8588	-0.5335	4.9548	-0.27	-0.2142	-0.1272	0.316	0.1542	-0.1946	0.2192	0.0849	0.108	0.1268	-0.0405	0.0618	0.1501	0.0225	0.0877	43.8378	17.8502	47.5438
5	4.473	-2.9776	1.8095	4.3982	-3.7391	5.7508	-0.0964	-0.0441	0.0694	0.3072	0.0725	0.0978	-0.2441	-0.2541	0.0712	0.0826	-0.0042	0.0343	0.1366	-0.0125	0.1126	32.223	38.1098	47.6124
6	0.7667	-0.0975	1.6059	0.2215	-0.7982	8.077	0.0399	0.0415	-0.0125	-0.0288	0.022	0.0829	0.1247	-0.0531	-0.0644	0.1226	-0	-0.0145	0.1168	-0.0141	0.1375	34.8949	31.6148	33.6665
7	0.9785	0.3182	0.786	0.4475	0.0882	1.2075	0.0473	0.0492	-0.005	-0.0789	0.0207	-0.0628	-0.0124	0.0532	-0.0428	0.1188	-0.0079	0.0154	0.1399	0.0045	0.12	44.9629	32.6393	38.7649
8	1.1473	-0.0316	1.3496	0.4385	0.7268	3.6435	-0.0103	-0.0064	0.0314	-0.0919	-0.0047	0.0033	0.0185	-0.0222	-0.0058	0.1095	-0.0154	0.0134	0.1064	-0.0023	0.12	38.6626	23.079	36.1873
9	1.7964	0.3144	-0.1533	1.537	0.5059	0.1992	-0.1592	0.1818	0.0946	-0.2179	0.1831	1.0565	-0.1091	-0.5715	-0.0076	0.1436	-0.0415	-0.0716	0.4242	0.0393	0.3806	17.1259	25.8634	40.7058
10	2.7452	-3.7889	-0.8465	5.5938	1.8657	3.1908	0.0848	0.1212	-0.2414	-0.0905	-0.0374	0.8112	0.3558	-0.6052	0.0298	0.191	-0.113	0.0024	0.3717	0.027	0.4064	18.6571	16.5501	42.8508
11	1.7325	-0.7285	-0.1162	3.6089	1.2374	2.512	-0.0115	-0.015	-0.1613	-0.0701	0.0369	0.1717	0.1515	-0.2611	-0.0272	0.0927	-0.0616	0.0225	0.1711	0.0269	0.1554	30.0846	19.9645	44.5607
12	2.3467	-1.7618	-3.1723	2.0823	3.3501	6.9104	-0.3374	-0.3324	-0.6534	0.527	0.0599	0.262	0.9179	0.1803	0.3881	0.2808	-0.0479	0.0361	0.3007	0.0542	0.2856	30.0066	13.901	50.386

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 3 through 28 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 29 through 168 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 169 through 270 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 32 through 47 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 48 through 68 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 69 through 97 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 98 through 143 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 144 through 190 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 191 through 204 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 205 through 221 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 222 through 261 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 262 through 276 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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検証レポート

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Molybdenum storage protein subunit ... , 2種, 2分子 BA

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非ポリマー , 7種, 316分子

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実験情報

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実験

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試料調製

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)