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万見
- PDB-6gw7: The CTD of HpDprA, a DNA binding Winged Helix domain which do not... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gw7
タイトルThe CTD of HpDprA, a DNA binding Winged Helix domain which do not bind dsDNA
要素DNA protecting protein DprA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Winged Helix / DprA / Helicobacter pylori
機能・相同性DNA recombination-mediator protein A / DNA recombination-mediator protein A / DNA-mediated transformation / DNA protecting protein DprA
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Lisboa, J. / Celma, L. / Sanchez, D. / Marquis, M. / Andreani, J. / Guerois, R. / Ochsenbein, F. / Durand, D. / Marsin, S. / Cuniasse, P. ...Lisboa, J. / Celma, L. / Sanchez, D. / Marquis, M. / Andreani, J. / Guerois, R. / Ochsenbein, F. / Durand, D. / Marsin, S. / Cuniasse, P. / Radicella, J.P. / Quevillon-Cheruel, S.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-10-INSB-05-01 フランス
French National Research AgencyANR-IAB-2011 フランス
French National Research AgencyANR-10-BLAN-1328 フランス
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: The C-terminal domain of HpDprA is a DNA-binding winged helix domain that does not bind double-stranded DNA.
著者: Lisboa, J. / Celma, L. / Sanchez, D. / Marquis, M. / Andreani, J. / Guerois, R. / Ochsenbein, F. / Durand, D. / Marsin, S. / Cuniasse, P. / Radicella, J.P. / Quevillon-Cheruel, S.
履歴
登録2018年6月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年11月18日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer / refine / Item: _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA protecting protein DprA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1391
ポリマ－7,1391
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5250 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #7fewest violations

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要素

#1: タンパク質 DNA protecting protein DprA


分子量: 7139.292 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: BB415_01075
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2A6XLY0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
121isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
131isotropic13D 1H-15N NOESY
343isotropic22D 1H-15N HSQC
151isotropic23D 1H-15N TOCSY
161isotropic23D HNCA
171isotropic23D HBHA(CO)NH
181isotropic23D CBCA(CO)NH

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1128 uM 15N,13C HpDprA CTD, 90% H2O/10% D2O15N13C_sample_H2O90% H2O/10% D2O
solution2128 uM [U-13C; U-15N] C-terminal Domain of Helicobacter Pylori RecA-loader DNA Processing Protein A (DprA), 100% D2O15N13C_sample_D2O100% D2O
solution334 uM [U-15N] C-terminal Domain of Helicobacter Pylori RecA-loader DNA Processing Protein A (DprA), 90% H2O/10% D2O15N_sample_H2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
128 uMHpDprA CTD15N,13C1
128 uMC-terminal Domain of Helicobacter Pylori RecA-loader DNA Processing Protein A (DprA)[U-13C; U-15N]2
34 uMC-terminal Domain of Helicobacter Pylori RecA-loader DNA Processing Protein A (DprA)[U-15N]3
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1138 uM 20 mM phosphate buffer (NH2PO4), NaCl 50 mM, 0.1 mM EDTA, 0.1 mM DSS, 0.1 mM NaN3, protease inhibitors (Roche)50 mM15N13C_sample_H2O5.61 atm298 K
220 mM phosphate buffer (NH2PO4), NaCl 50 mM, 0.1 mM EDTA, 0.1 mM DSS, 0.1 mM NaN3, protease inhibitors (Roche)50 mM13C15N_sample_D2O5.6 pD1 atm298 K
334 uM HpDprA CTD sample Tris Buffer NaCl50 mM15N_sample_titration7.41 atm300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9501
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNデータ解析
CANDIDHerrmann, Guntert and Wuthrichstructure calculation
Xplor-NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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