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万見
- PDB-6gvq: DNA-bound pRN1 helix bundle domain with ATP and magnesium in the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gvq
タイトルDNA-bound pRN1 helix bundle domain with ATP and magnesium in the interaction buffer
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*A)-3')
  • functional pRN1 primase
キーワードDNA BINDING PROTEIN / pRN1 primase / dinucleotide formation / quaternary structure of the helix bundle domain / synergistic effect
機能・相同性
機能・相同性情報


helicase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 - #50 / DNA primase/polymerase, bifunctional, N-terminal / Primase helical domain / Bifunctional DNA primase/polymerase, N-terminal / Primase helical domain / Bifunctional DNA primase/polymerase, N-terminal / DNA primase, phage/plasmid / D5 N terminal like / Domain of unknown function DUF5906 / Family of unknown function (DUF5906) ...Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 - #50 / DNA primase/polymerase, bifunctional, N-terminal / Primase helical domain / Bifunctional DNA primase/polymerase, N-terminal / Primase helical domain / Bifunctional DNA primase/polymerase, N-terminal / DNA primase, phage/plasmid / D5 N terminal like / Domain of unknown function DUF5906 / Family of unknown function (DUF5906) / DNA primase/nucleoside triphosphatase, C-terminal / Poxvirus D5 protein-like / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / : / Bacteriophage/plasmid primase, P4, C-terminal / D5 N terminal like / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / SF3 helicase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus islandicus (古細菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Boudet, J. / Lipps, G. / Allain, F.H.-T.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030_163345 スイス
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: A Small Helical Bundle Prepares Primer Synthesis by Binding Two Nucleotides that Enhance Sequence-Specific Recognition of the DNA Template.
著者: Boudet, J. / Devillier, J.C. / Wiegand, T. / Salmon, L. / Meier, B.H. / Lipps, G. / Allain, F.H.
履歴
登録2018年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection
カテゴリ: pdbx_nmr_software / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.42024年7月3日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*A)-3')
B: functional pRN1 primase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2362
ポリマ－16,2362
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1400 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area8410 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*A)-3')


分子量: 2706.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Sequence of the DNA template from the Sulfolobus islandicus pRN1 plasmid
由来: (合成) Sulfolobus islandicus (古細菌)
#2: タンパク質 functional pRN1 primase


分子量: 13528.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: DNA-bound pRN1 helix bundle domain with ATP and magnesium in interaction buffer at pH 7.0
由来: (組換発現) Sulfolobus islandicus (古細菌) / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54324
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic23D HNCA
121isotropic23D HN(CO)CA
131isotropic23D CBCA(CO)NH
141isotropic23D HN(CA)CB
151isotropic23D HNCO
161isotropic2HN(CA)CO
171isotropic23D C(CO)NH
181isotropic23D H(CCO)NH
191isotropic13D 1H-15N NOESY
1101isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1111isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1123isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1134isotropic22D 1H-1H NOESY
1144isotropic22D 1H-1H TOCSY
1151isotropic12D 1H-15N HSQC
1161isotropic22D 1H-15N HSQC
3171isotropic22D 1H-15N HSQC
2181isotropic22D 1H-15N HSQC
1191isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
1201isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
1213isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
1223isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
1233isotropic22D-F1fF2f-NOESY
1243isotropic22D-F2f-NOESY
1253isotropic23D 13Caliphatic Hfiltered-Hedited NOESY
1263isotropic23D 13Caromatic Hfiltered-Hedited NOESY
1274isotropic22D imino NOESY
2284isotropic22D imino NOESY
1294isotropic32D natural abundance CHSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11.1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] DNA-bound pRN1 helix bundle domain with ATP, 1.1 mM DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*A)-3'), 90% H2O/10% D2O13C-15N-labeled-hbd bound to DNA with 10mM ATP and magnesium in interaction buffer13C-15N-hbd-quaternary90% H2O/10% D2O
solution20.9 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] DNA-bound pRN1 helix bundle domain with ATP, 0.9 mM DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*A)-3'), 100% D2O13C-15N-labeled-hbd bound to DNA with 10mM ATP and magnesium in interaction buffer (100% D2O)13C-15N-hbd-quaternary-D2O100% D2O
solution30.7 mM [U-100% 13C] DNA-bound pRN1 helix bundle domain with ATP, 0.7 mM DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*A)-3'), 100% D2O13C-labeled-hbd bound to DNA with 10mM ATP and magnesium in interaction buffer (100% D2O)13C-hbd-quaternary-D2O100% D2O
solution41.0 mM DNA-bound pRN1 helix bundle domain with ATP, 1.0 mM DNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*A)-3'), 90% H2O/10% D2O1H-hbd bound to DNA with 10mM ATP and magnesium in interaction buffer1H-hbd-quaternary90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.1 mMDNA-bound pRN1 helix bundle domain with ATP[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1.1 mMDNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*A)-3')natural abundance1
0.9 mMDNA-bound pRN1 helix bundle domain with ATP[U-99% 13C; U-99% 15N]2
0.9 mMDNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*A)-3')natural abundance2
0.7 mMDNA-bound pRN1 helix bundle domain with ATP[U-100% 13C]3
0.7 mMDNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*A)-3')natural abundance3
1.0 mMDNA-bound pRN1 helix bundle domain with ATPnatural abundance4
1.0 mMDNA (5'-D(*CP*TP*GP*TP*GP*CP*TP*CP*A)-3')natural abundance4
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
1Experimental conditions for quaternary arrangement assignment and structure determination 25mM phosphate buffer; 50mM NaCl50mM NaCl mMhbd-assignment-structure7ambient atm298 K
2Complementary experimental conditions for quaternary structure determination 25mM phosphate buffer; 50mM NaCl50mM NaCl mMhbd-structure-complement-temp7ambient atm278 K
3Complementary experimental conditions for quaternary arrangement assignment 25mM acetate buffer; 100mM NaCl100mM NaCl mMhbd-complement-pH5ambient atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD9001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6003

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert P.structure calculation
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardデータ解析
CANDIDHerrmann, Guntert and Wuthrichpeak picking
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
TopSpinBruker Biospincollection
MARSJung and Zweckstetterchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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