PDB-3rbw: Crystal structure of Spire KIND domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rbw

タイトル

Crystal structure of Spire KIND domain

要素

Protein spire homolog 1

キーワード

PROTEIN BINDING / C-lobe of protein kinases / actin nucleator / Fmn-family formins

機能・相同性

機能・相同性情報

formin-nucleated actin cable assembly / establishment of meiotic spindle localization / polar body extrusion after meiotic divisions / actin filament network formation / actin nucleation / Golgi vesicle transport / cleavage furrow formation / positive regulation of mitochondrial fission / positive regulation of double-strand break repair / intracellular transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Vizcarra, C.L. / Kreutz, B. / Rodal, A.A. / Toms, A.V. / Lu, J. / Zheng, W. / Quinlan, M.E. / Eck, M.J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structure of the Spire KIND domain and insights into its interaction with Fmn-family formins
著者: Vizcarra, C. / Kreutz, B. / Rodal, A. / Toms, A. / Lu, J. / Zheng, W. / Quinlan, M. / Eck, M.

履歴

登録	2011年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rbw.cif.gz	257.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rbw.ent.gz	210 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rbw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rbw_validation.pdf.gz	458 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rbw_full_validation.pdf.gz	473.5 KB	表示
XML形式データ	3rbw_validation.xml.gz	23.9 KB	表示
CIF形式データ	3rbw_validation.cif.gz	31.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/3rbw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/3rbw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3r7gSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2hqj-d 3tf2-2 1x1r-d 5qhq-d 6afl-d 2hzr-d 1soa-d 2d37-d 3kkp-d 2ke5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein spire homolog 1

B: Protein spire homolog 1

C: Protein spire homolog 1

D: Protein spire homolog 1

96.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein spire homolog 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein spire homolog 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Protein spire homolog 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Protein spire homolog 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.328, 66.265, 100.852
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	D
1	3	A
2	3	B
3	3	C
4	3	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	A	37 - 231
2	1	1	2	B	37 - 231
1	1	2	2	C	37 - 231
2	1	2	2	D	37 - 231
1	1	3	2	A	99 - 103
2	1	3	2	B	99 - 103
3	1	3	2	C	99 - 103
4	1	3	2	D	99 - 103
1	2	3	2	A	76 - 80
2	2	3	2	B	76 - 80
3	2	3	2	C	76 - 80
4	2	3	2	D	76 - 80
1	3	3	2	A	83 - 87
2	3	3	2	B	83 - 87
3	3	3	2	C	83 - 87
4	3	3	2	D	83 - 87
1	4	3	2	A	140 - 145
2	4	3	2	B	140 - 145
3	4	3	2	C	140 - 145
4	4	3	2	D	140 - 145
1	5	3	2	A	206 - 210
2	5	3	2	B	206 - 210
3	5	3	2	C	206 - 210
4	5	3	2	D	206 - 210

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Protein spire homolog 1 / Spir-1 分子量: 24027.785 Da / 分子数: 4 / 断片: KIND domain (UNP residues 20-237) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Spir1 KIND 20-237 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPIRE1, KIAA1135, SPIR1 / プラスミド: pET HisTT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q08AE8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Protein spire homolog 1 / Spir-1

分子量: 24027.785 Da / 分子数: 4 / 断片: KIND domain (UNP residues 20-237) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Spir1 KIND 20-237 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPIRE1, KIAA1135, SPIR1 / プラスミド: pET HisTT / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q08AE8

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.48 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→41 Å / Num. obs: 14983 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 14

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3r7g

3r7g

解像度: 3.2→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 67.651 / SU ML: 0.504 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.613 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.31501	743	5 %	RANDOM
R_work	0.2606	-	-	-
obs	0.26325	14116	94.19 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 99.679 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.58 Å²	0 Å²	1.69 Å²
2-	-	-6.72 Å²	0 Å²
3-	-	-	14.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4845	0	0	5	4850

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	4924
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.332	1.961	6660
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.931	5	596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.424	23.241	253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.6	15	859
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.987	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	740
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3760
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.455	1.5	3040
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.777	2	4865
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.429	3	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.794	4.5	1795
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	612	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	A	603	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
1	A	612	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
1	A	603	MEDIUM THERMAL	0.08	2
2	C	596	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
2	C	594	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
2	C	596	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
2	C	594	MEDIUM THERMAL	0.03	2
3	A	96	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
3	B	96	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
3	C	96	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
3	D	96	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
3	A	93	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
3	B	93	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
3	C	93	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
3	D	93	MEDIUM POSITIONAL	0.03	0.5
3	A	96	TIGHT THERMAL	0.59	0.5
3	B	96	TIGHT THERMAL	0.58	0.5
3	C	96	TIGHT THERMAL	0.58	0.5
3	D	96	TIGHT THERMAL	0.59	0.5
3	A	93	MEDIUM THERMAL	0.08	2
3	B	93	MEDIUM THERMAL	0.07	2
3	C	93	MEDIUM THERMAL	0.08	2
3	D	93	MEDIUM THERMAL	0.08	2

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.282 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.393	54	-
R_work	0.383	882	-
obs	-	-	82.39 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5997	1.6117	0.7491	8.5237	-0.6092	1.4929	0.0381	0.3535	-0.1161	-0.1633	0.1519	-0.0069	-0.2833	0.1036	-0.19	0.4174	-0.076	0.1132	0.5121	-0.0275	0.0467	22.8569	-6.3166	42.3809
2	1.1897	0.1752	0.4395	2.7925	0.6401	2.1374	-0.0123	-0.0501	-0.0844	0.2754	-0.0221	0.3756	-0.0642	0.0606	0.0345	0.4706	-0.0045	0.1475	0.3524	-0.002	0.101	18.7881	-8.9843	52.2519
3	2.2797	0.9746	-0.2138	5.5829	0.4254	0.8081	0.05	0.2734	-0.0134	-0.2728	0.124	-0.1024	-0.2702	0.0874	-0.174	0.404	-0.0957	-0.1173	0.3995	0.0043	0.532	-2.5938	-4.2375	-6.7076
4	1.4036	0.4284	0.6043	2.3577	0.3753	2.4852	0.0281	-0.0019	0.1649	0.2674	-0.0741	0.1913	-0.0484	-0.0121	0.046	0.3561	0.0265	-0.0605	0.2426	0.0035	0.6839	-6.5192	-6.9477	3.1695
5	5.2882	0.2412	-0.599	3.2907	0.0736	2.0966	-0.0518	0.53	0.1379	-0.0593	-0.0908	0.1358	-0.2525	0.1044	0.1426	0.3863	-0.0899	0.054	0.4124	0.0262	0.3454	-18.6022	-21.0479	36.7879
6	8.4741	1.6798	-1.8834	3.6496	-0.4845	2.7608	0.0055	-1.4446	-0.455	-0.1584	-0.4313	-0.1839	-0.3113	0.2251	0.4258	0.2472	0.0828	0.0085	0.519	0.0121	0.6176	-29.2216	14.099	12.5887

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	38 - 131
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	132 - 232
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	38 - 131
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	132 - 232
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	37 - 232
6	X-RAY DIFFRACTION	6	D	37 - 231

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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