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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3rbw | ||||||
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Title | Crystal structure of Spire KIND domain | ||||||
![]() | Protein spire homolog 1 | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / C-lobe of protein kinases / actin nucleator / Fmn-family formins | ||||||
Function / homology | ![]() formin-nucleated actin cable assembly / establishment of meiotic spindle localization / polar body extrusion after meiotic divisions / actin filament network formation / actin nucleation / Golgi vesicle transport / cleavage furrow formation / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of mitochondrial fission / intracellular transport ...formin-nucleated actin cable assembly / establishment of meiotic spindle localization / polar body extrusion after meiotic divisions / actin filament network formation / actin nucleation / Golgi vesicle transport / cleavage furrow formation / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of mitochondrial fission / intracellular transport / vesicle-mediated transport / actin filament polymerization / cytoplasmic vesicle membrane / protein transport / actin binding / cell cortex / actin cytoskeleton organization / mitochondrial outer membrane / cytoskeleton / innate immune response / perinuclear region of cytoplasm / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vizcarra, C.L. / Kreutz, B. / Rodal, A.A. / Toms, A.V. / Lu, J. / Zheng, W. / Quinlan, M.E. / Eck, M.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of the Spire KIND domain and insights into its interaction with Fmn-family formins Authors: Vizcarra, C. / Kreutz, B. / Rodal, A. / Toms, A. / Lu, J. / Zheng, W. / Quinlan, M. / Eck, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 210 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 473.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 23.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 31.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3r7gSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | Mass: 24027.785 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: KIND domain (UNP residues 20-237) Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Spir1 KIND 20-237 / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.48 % |
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Crystal grow | Method: vapor diffusion / Details: VAPOR DIFFUSION |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 90 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 4, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→41 Å / Num. obs: 14983 / % possible obs: 94.3 % / Redundancy: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 14 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3r7g Resolution: 3.2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 67.651 / SU ML: 0.504 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.613 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 99.679 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→25 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 3.2→3.282 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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