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万見
- PDB-6gts: Structure of the AtaT-AtaR complex bound DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gts
タイトルStructure of the AtaT-AtaR complex bound DNA
要素
  • Acetyltransferase
  • DNA
  • DUF1778 domain-containing protein
キーワードTRANSCRIPTION / TA toxin / antitoxin / N-acetyl transferase / ribbon-helix-helix / RHH / bacterial repressor / toxin-antitoxin complex / protein-nucleic acid complex
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin sequestering activity / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Vibrio phage ICP1, Orf50 / Antitoxin TacA 1-like / Acetyltransferase (GNAT) domain / Ribbon-helix-helix / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / GNAT family N-acetyltransferase / DUF1778 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.357 Å
データ登録者Garcia-Pino, A. / Jurenas, D.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2019
タイトル: Mechanism of regulation and neutralization of the AtaR-AtaT toxin-antitoxin system.
著者: Jurenas, D. / Van Melderen, L. / Garcia-Pino, A.
履歴
登録2018年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyltransferase
B: DUF1778 domain-containing protein
C: DUF1778 domain-containing protein
D: DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3184
ポリマ－46,3184
非ポリマー00
水00
1
A: Acetyltransferase
B: DUF1778 domain-containing protein
C: DUF1778 domain-containing protein
D: DNA

A: Acetyltransferase
B: DUF1778 domain-containing protein
C: DUF1778 domain-containing protein
D: DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,6358
ポリマ－92,6358
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_855-x+3,y,-z+1/21
Buried area19190 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area37260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.729, 87.920, 190.481
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Acetyltransferase / GNAT family N-acetyltransferase / N-acetyltransferase / N-acetyltransferase GCN5


分子量: 19716.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: A8G17_04180, ARC77_13660, AU473_04480, B7C53_02435, BTQ04_07045, ERS085404_01503
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0K4I8K2
#2: タンパク質 DUF1778 domain-containing protein / Toxin-antitoxin system / antitoxin component / ribbon-helix-helix fold protein / Ybl13


分子量: 9925.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: ybl13, ybl13_1, A8G17_04185, AA102_09360, AC789_1c38270, ACN002_3543, ACN81_27750, ACU90_15595, AM270_07745, ARC77_13665, AU473_04475, B1K96_23180, B1K96_30445, BHS81_20640, BIZ41_06975, ...遺伝子: ybl13, ybl13_1, A8G17_04185, AA102_09360, AC789_1c38270, ACN002_3543, ACN81_27750, ACU90_15595, AM270_07745, ARC77_13665, AU473_04475, B1K96_23180, B1K96_30445, BHS81_20640, BIZ41_06975, BK292_07330, BMT53_16880, BN17_33961, BTQ04_07040, BWP17_00645, COD46_18440, CR538_01655, CVH05_12360, ERS085366_00076, ERS085374_01548, ERS085383_01733, ERS085404_01502, RX35_03224
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: J7QA90
#3: DNA鎖 DNA


分子量: 6750.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1 M Bicine, 10%(w/v) PEG 20 000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.357→95.24 Å / Num. obs: 7075 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 170.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 3.357→3.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.863 / CC1/2: 0.352

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14rc1_3161: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.357→42.834 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 42.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2887 306 5.34 %RANDOM
Rwork0.2636 ---
obs0.2649 5729 60.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.357→42.834 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2130 448 0 0 2578
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032661
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7253716
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9321517
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038443
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004409
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3574-4.22940.40071010.30811827X-RAY DIFFRACTION42
4.2294-42.83760.27072050.25583596X-RAY DIFFRACTION79
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 105.672 Å / Origin y: 111.3085 Å / Origin z: 33.4108 Å
111213212223313233
T0.6465 Å20.4031 Å2-0.4144 Å2-0.8778 Å2-0.1317 Å2--0.7495 Å2
L2.1061 °20.4927 °2-0.6075 °2-2.9818 °20.4604 °2--3.6523 °2
S0.0837 Å °0.4798 Å °-0.1234 Å °-0.3834 Å °-0.4121 Å °0.3431 Å °-0.2296 Å °-0.4162 Å °0.2855 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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