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万見
- PDB-6gt7: NMR structure of the free helix bundle domain from the functional... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gt7
タイトルNMR structure of the free helix bundle domain from the functional pRN1 primase
要素functional pRN1 primase
キーワードTRANSFERASE / functional pRN1 primase / replication initiation / dinucleotide formation / unusual archaeo-eukaryotic primase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 - #50 / DNA primase/polymerase, bifunctional, N-terminal / Primase helical domain / Bifunctional DNA primase/polymerase, N-terminal / Primase helical domain / Bifunctional DNA primase/polymerase, N-terminal / DNA primase, phage/plasmid / D5 N terminal like / : / Domain of unknown function DUF5906 ...Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 - #50 / DNA primase/polymerase, bifunctional, N-terminal / Primase helical domain / Bifunctional DNA primase/polymerase, N-terminal / Primase helical domain / Bifunctional DNA primase/polymerase, N-terminal / DNA primase, phage/plasmid / D5 N terminal like / : / Domain of unknown function DUF5906 / Family of unknown function (DUF5906) / DNA primase/nucleoside triphosphatase, C-terminal / Poxvirus D5 protein-like / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / Bacteriophage/plasmid primase, P4, C-terminal / D5 N terminal like / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
SF3 helicase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus islandicus (好気性・好酸性)
手法溶液NMR / simulated annealing with the SANDER module of AMBER12
データ登録者Boudet, J. / Lipps, G. / Allain, F.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030 141160 スイス
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: A Small Helical Bundle Prepares Primer Synthesis by Binding Two Nucleotides that Enhance Sequence-Specific Recognition of the DNA Template.
著者: Boudet, J. / Devillier, J.C. / Wiegand, T. / Salmon, L. / Meier, B.H. / Lipps, G. / Allain, F.H.
履歴
登録2018年6月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: functional pRN1 primase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5291
ポリマ－13,5291
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7310 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20020 structures for lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 functional pRN1 primase


分子量: 13528.738 Da / 分子数: 1 / 断片: Helix bundle domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus islandicus (好気性・好酸性)
プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q54324

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic115N-NOESY-HSQC
121isotropic113Cali-NOESY-HSQC
131isotropic113Caro-NOESY-HSQC
142isotropic313Cali-HSQC
152isotropic313Caro-HSQC
161isotropic115N-HSQC
171isotropic23D HN(CA)CB
181isotropic23D CBCA(CO)NH
191isotropic23D HNCA
1101isotropic23D HN(CO)CA

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] helix bundle domain, 0.9 mM [U-99% 15N] helix bundle domain, 90% H2O/10% D2Ohbd190% H2O/10% D2O
solution20.7 mM [U-100% 13C] helix bundle domain, 100% D2Ohbd-2100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mM13C, 15N helix bundle domain[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.9 mM15N helix bundle domain[U-99% 15N]1
0.7 mM13C helix bundle domain[U-100% 13C]2
試料状態詳細: phosphate buffer 25mM NaCl 50mM / イオン強度: 50mM NaCl Not defined / Label: condition-1 / pH: 7 / 圧: ambient atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD9001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6003

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解析

NMR software
名称開発者分類
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
CANDIDHerrmann, Guntert and Wuthrichpeak picking
精密化手法: simulated annealing with the SANDER module of AMBER12
ソフトェア番号: 1
詳細: simulated annealing in implicit water under ff12SB force-field
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 20 structures for lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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