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万見
- PDB-5xq5: NMR structure of the domain 5 of the E. coli ribosomal protein S1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xq5
タイトルNMR structure of the domain 5 of the E. coli ribosomal protein S1
要素30S ribosomal protein S1
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / S1 RNA-binding domain / E. coli ribosomal protein / NMR solution structure
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cytoplasmic translation / negative regulation of cytoplasmic translation / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / single-stranded RNA binding / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / RNA binding ...positive regulation of cytoplasmic translation / negative regulation of cytoplasmic translation / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / single-stranded RNA binding / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / RNA binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein S1 / Ribosomal protein S1-like / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein bS1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Lu, Y. / Lim, L.Z. / Song, J.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (Singapore)MOE2015-T2-1-111 シンガポール
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NMR structure of the domain 5 of the E. coli ribosomal protein S1
著者: Lu, Y. / Lim, L.Z. / Song, J.
履歴
登録2017年6月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 30S ribosomal protein S1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5811
ポリマ－11,5811
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7720 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)5 / 50target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 30S ribosomal protein S1 / Bacteriophage Q beta RNA-directed RNA polymerase subunit I / Small ribosomal subunit protein bS1


分子量: 11580.876 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 350-443 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: None / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpsA, ssyF, b0911, JW0894 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0AG67

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H-15N NOESY
121isotropic13D 1H-15N TOCSY
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic12D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 700 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Domain 5 of the E. coli ribosomal protein S1, 10 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O
Label: 15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
700 uMDomain 5 of the E. coli ribosomal protein S1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
10 mMsodium phosphatenatural abundance1
試料状態イオン強度: 10 mM / Ionic strength err: 0.1 / Label: condition1 / pH: 6.6 / PH err: 0.05 / 圧: 1 Pa / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNMR2.4.1CCPNchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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