PDB-4uhq: Crystal structure of the pyocin AP41 DNase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4uhq

タイトル

Crystal structure of the pyocin AP41 DNase

要素

LARGE COMPONENT OF PYOCIN AP41

キーワード

HYDROLASE / BACTERIOCIN / DNASE / PYOCIN

機能・相同性

機能・相同性情報

cytolysis / endonuclease activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Joshi, A. / Chen, S. / Wojdyla, J.A. / Kaminska, R. / Kleanthous, C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structures of the Ultra-High Affinity Protein-Protein Complexes of Pyocins S2 and Ap41 and Their Cognate Immunity Proteins from Pseudomonas Aeruginosa
著者: Joshi, A. / Grinter, R. / Josts, I. / Chen, S. / Wojdyla, J.A. / Lowe, E.D. / Kaminska, R. / Sharp, C. / Mccaughey, L. / Roszak, A.W. / Cogdell, R.J. / Byron, O. / Walker, D. / Kleanthous, C.

履歴

登録	2015年3月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月2日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4uhq.cif.gz	122.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4uhq.ent.gz	98 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4uhq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/4uhq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/4uhq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4uhpC 1bx1S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2l30-d 6hs9-d 5jnr-d 6mta-3 6q9v-1 1iaq-1 5kqm-d 1f18-d 3kbf-d 1yso-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1)

登録構造単位

A: LARGE COMPONENT OF PYOCIN AP41

B: LARGE COMPONENT OF PYOCIN AP41

ヘテロ分子

31 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LARGE COMPONENT OF PYOCIN AP41

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: LARGE COMPONENT OF PYOCIN AP41

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.575, 100.575, 71.532
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2041- HOH
2	1	A-2083- HOH

#1: タンパク質	LARGE COMPONENT OF PYOCIN AP41 / PYOCIN AP41 LARGE COMPONENT 分子量: 15153.019 Da / 分子数: 2 / 断片: DNASE DOMAIN, RESIDUES 642-777 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAO1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q51502
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.1 M TRISODIUM CITRATE, 20% 2-PROPANOL, 20% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→44.98 Å / Num. obs: 59171 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 13 % / B_iso Wilson estimate: 21.92 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 22
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 11.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BX1

1bx1

解像度: 1.5→44.979 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.26 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE METAL WAS IDENTIFIED BY XRAY FLUORESCENCE OF THE CRYSTALLINE SAMPLE.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1913	2960	5 %
R_work	0.1738	-	-
obs	0.1747	59106	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→44.979 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2088	0	41	135	2264

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	2211
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.462	3006
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.414	830
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	306
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	404

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.5246	0.308	122	0.2764	2651	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5246-1.5509	0.2671	155	0.2448	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5509-1.5791	0.2452	122	0.2397	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5791-1.6095	0.2686	135	0.2229	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6095-1.6423	0.2281	133	0.2026	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6423-1.678	0.2207	145	0.1938	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
1.678-1.7171	0.2137	136	0.1843	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7171-1.76	0.1797	125	0.1759	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.8076	0.1873	145	0.1672	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8076-1.8608	0.1953	140	0.1698	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8608-1.9208	0.1808	163	0.1721	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9208-1.9895	0.1776	173	0.166	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9895-2.0692	0.1967	144	0.1658	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0692-2.1633	0.2085	130	0.1735	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1633-2.2774	0.1622	146	0.1665	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2774-2.4201	0.1922	160	0.1711	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4201-2.6069	0.1698	133	0.175	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6069-2.8692	0.2152	114	0.1823	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8692-3.2843	0.2178	133	0.1943	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2843-4.1374	0.1795	162	0.1658	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1374-44.9987	0.1728	144	0.151	2916	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0863	-4.2463	1.6223	6.0403	-2.026	2.1285	-0.118	0.8767	-0.2043	-0.1807	-0.2119	0.2074	0.4148	0.4299	0.4468	0.2999	-0.0743	0.0176	0.3096	-0.019	0.2729	23.5228	2.7889	-20.6433
2	3.5229	1.6346	-0.6731	6.6868	-0.2651	5.9987	-0.0139	-0.4322	-0.0954	0.3886	0.1155	-0.3295	0.3424	0.6716	-0.0501	0.201	0.0768	-0.0195	0.2697	-0.0277	0.2038	36.2578	9.7273	-10.0069
3	4.0363	-1.0728	0.8156	7.6572	-1.7832	6.5079	-0.1558	-0.0537	-0.4189	-0.1262	0.0749	0.5936	0.7202	-0.7745	0.0733	0.2106	-0.0673	0.0486	0.2221	-0.0653	0.2757	19.9218	3.9492	-14.9475
4	6.3496	0.517	2.0839	4.1559	-0.3823	8.5526	-0.1081	0.268	0.0152	-0.0708	-0.0445	0.3945	-0.2977	-0.5154	0.0595	0.1955	0.0023	0.0062	0.2022	-0.0551	0.2696	20.2095	12.5841	-13.7618
5	3.502	0.8719	-1.4338	3.1346	0.9881	4.2261	0.1425	-0.1182	0.0549	-0.0848	0.0103	-0.1847	-0.2084	0.1878	-0.1187	0.1437	0.0011	0.016	0.1379	-0.0471	0.1856	28.2046	20.088	-7.4411
6	2.5586	0.4948	0.6599	1.9588	1.8853	3.6589	-0.0055	0.1365	-0.057	-0.122	0.0501	-0.0146	-0.0001	0.0021	-0.0582	0.2274	-0.0015	0.0124	0.1854	-0.028	0.2029	30.4508	9.7844	-22.7777
7	4.4226	-1.2856	-1.997	4.4953	3.4024	3.3169	0.1604	0.5433	0.0406	-0.3125	0.2283	-0.3107	-0.097	0.3054	-0.4213	0.2015	-0.0346	0.0458	0.28	-0.0532	0.2369	40.7887	17.4927	-25.2014
8	5.4771	1.1677	-0.6156	3.9548	-2.676	2.7654	-0.1654	-0.185	0.2462	0.5048	0.0607	-0.1212	-0.3995	-0.0003	0.1307	0.3378	0.0793	-0.0204	0.2565	0.0326	0.2747	23.6813	50.0278	-10.3375
9	3.4824	-0.2379	1.0083	5.9401	0.1529	5.4987	-0.1834	-0.4864	0.6967	0.3607	0.0529	-0.4197	-0.6381	0.4806	0.1051	0.286	0.0256	-0.084	0.1362	0.0457	0.2548	27.4679	51.5384	-11.1486
10	4.952	0.5761	-0.7639	5.0217	-1.1906	8.7592	-0.0769	0.2484	0.2744	0.0457	-0.1667	-0.6698	0.2597	0.3334	0.1991	0.2321	0.0185	-0.0363	0.1875	0.088	0.3443	32.19	44.3661	-12.0254
11	1.2693	-0.4866	0.6394	3.1869	-2.6094	2.988	-0.0524	-0.0078	0.0498	-0.0089	0.0572	0.0391	-0.0907	-0.0736	0.0095	0.1945	0.0257	0.0142	0.1672	0.0075	0.1968	23.559	41	-10.5995
12	5.5286	-3.5923	4.2189	2.3838	-2.3887	7.775	-0.1023	0.1446	-0.0456	-0.7535	0.4582	1.0127	0.1676	-0.8332	-0.4252	0.3383	-0.0517	-0.1556	0.3834	0.1658	0.4601	9.7088	41.9149	-19.5496

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 643 THROUGH 652 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 653 THROUGH 671 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 672 THROUGH 685 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 686 THROUGH 699 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 700 THROUGH 735 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 736 THROUGH 759 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 760 THROUGH 774 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 642 THROUGH 663 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 664 THROUGH 685 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 686 THROUGH 699 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 700 THROUGH 759 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 760 THROUGH 774 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)