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- PDB-4uhp: Crystal structure of the pyocin AP41 DNase-Immunity complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uhp
タイトルCrystal structure of the pyocin AP41 DNase-Immunity complex
要素
  • BACTERIOCIN IMMUNITY PROTEIN
  • LARGE COMPONENT OF PYOCIN AP41
キーワードHYDROLASE / BACTERIOCIN / DNASE / PYOCIN / DNASE-IM
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis / bacteriocin immunity / toxic substance binding / endonuclease activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能
Pyocin S killer protein / S-type Pyocin / Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain / Colicin/pyocin, DNase domain / Colicin E immunity protein / Colicin immunity protein/pyocin immunity protein / Colicin E immunity protein superfamily / Colicin immunity protein / pyocin immunity protein / Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain ...Pyocin S killer protein / S-type Pyocin / Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain / Colicin/pyocin, DNase domain / Colicin E immunity protein / Colicin immunity protein/pyocin immunity protein / Colicin E immunity protein superfamily / Colicin immunity protein / pyocin immunity protein / Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain / Pyosin/cloacin translocation domain / Pyosin/cloacin translocation domain superfamily / HNH nucleases / HNH nuclease / His-Me finger superfamily / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Large component of pyocin AP41 / Small component of pyocin AP41
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Joshi, A. / Chen, S. / Wojdyla, J.A. / Kaminska, R. / Kleanthous, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structures of the Ultra-High Affinity Protein-Protein Complexes of Pyocins S2 and Ap41 and Their Cognate Immunity Proteins from Pseudomonas Aeruginosa
著者: Joshi, A. / Grinter, R. / Josts, I. / Chen, S. / Wojdyla, J.A. / Lowe, E.D. / Kaminska, R. / Sharp, C. / Mccaughey, L. / Roszak, A.W. / Cogdell, R.J. / Byron, O. / Walker, D. / Kleanthous, C.
履歴
登録2015年3月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LARGE COMPONENT OF PYOCIN AP41
B: BACTERIOCIN IMMUNITY PROTEIN
C: LARGE COMPONENT OF PYOCIN AP41
D: BACTERIOCIN IMMUNITY PROTEIN
E: LARGE COMPONENT OF PYOCIN AP41
F: BACTERIOCIN IMMUNITY PROTEIN
G: LARGE COMPONENT OF PYOCIN AP41
H: BACTERIOCIN IMMUNITY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,0888
ポリマ－106,0888
非ポリマー00
水10,737596
1
C: LARGE COMPONENT OF PYOCIN AP41
D: BACTERIOCIN IMMUNITY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5222
ポリマ－26,5222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-6.3 kcal/mol
Surface area10570 Å2
手法PISA
2
G: LARGE COMPONENT OF PYOCIN AP41
H: BACTERIOCIN IMMUNITY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5222
ポリマ－26,5222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-7.2 kcal/mol
Surface area11100 Å2
手法PISA
3
A: LARGE COMPONENT OF PYOCIN AP41
B: BACTERIOCIN IMMUNITY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5222
ポリマ－26,5222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-7.2 kcal/mol
Surface area11540 Å2
手法PISA
4
E: LARGE COMPONENT OF PYOCIN AP41
F: BACTERIOCIN IMMUNITY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5222
ポリマ－26,5222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.604, 75.627, 83.171
Angle α, β, γ (deg.)79.19, 78.05, 77.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
LARGE COMPONENT OF PYOCIN AP41 / PYOCIN AP41 LARGE COMPONENT


分子量: 15153.019 Da / 分子数: 4 / 断片: DNASE DOMAIN, RESIDUES 642-777 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q51502
#2: タンパク質
BACTERIOCIN IMMUNITY PROTEIN / PYOCIN AP41 SMALL COMPONENT


分子量: 11368.884 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q51503
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 596 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 40% JEFFAMINE D2000, 0.1 M HEPES PH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40.24 Å / Num. obs: 55279 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 22.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.94 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BX1

1bx1


解像度: 2→40.236 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2347 2682 4.8 %
Rwork0.1858 --
obs0.1882 55266 97.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40.236 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6983 0 0 596 7579
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037167
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6679676
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3692674
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0281002
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031275
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.03640.32231610.25772787X-RAY DIFFRACTION96
2.0364-2.07550.30861240.24452692X-RAY DIFFRACTION96
2.0755-2.11790.29461360.24232780X-RAY DIFFRACTION97
2.1179-2.16390.32531550.23542743X-RAY DIFFRACTION96
2.1639-2.21430.25851550.22092661X-RAY DIFFRACTION96
2.2143-2.26960.27681340.22142790X-RAY DIFFRACTION96
2.2696-2.3310.29311330.21322744X-RAY DIFFRACTION97
2.331-2.39960.27781390.21262767X-RAY DIFFRACTION97
2.3996-2.4770.28931380.21342745X-RAY DIFFRACTION97
2.477-2.56560.26541550.20632753X-RAY DIFFRACTION98
2.5656-2.66830.24781360.19712778X-RAY DIFFRACTION97
2.6683-2.78970.2351610.18752756X-RAY DIFFRACTION97
2.7897-2.93670.21481260.1932759X-RAY DIFFRACTION98
2.9367-3.12060.25281590.19742775X-RAY DIFFRACTION97
3.1206-3.36150.251530.18672793X-RAY DIFFRACTION98
3.3615-3.69950.21291130.16762837X-RAY DIFFRACTION98
3.6995-4.23440.19641360.15442798X-RAY DIFFRACTION99
4.2344-5.33290.15921300.13972825X-RAY DIFFRACTION99
5.3329-40.24430.17281380.15152801X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.7275.7960.36827.79223.04845.5256-0.01620.13190.66750.19290.18180.1367-0.8474-0.0435-0.29020.38130.1017-0.12540.17630.00920.3289-24.780218.9026-39.7738
24.17581.78762.28624.11740.65153.93220.2098-0.1927-0.04530.2801-0.0759-0.07740.2931-0.1851-0.1260.25760.05470.02340.19290.01870.1843-32.49338.557-42.5958
38.34974.9908-1.66583.74250.13244.9647-0.42190.08920.31730.00160.4567-0.1958-0.10250.09030.03310.16110.00960.01630.20090.00090.2426-23.43759.081-47.4319
40.9023-0.75720.47433.60220.84162.414-0.0228-0.07440.0429-0.16240.0036-0.054-0.11680.04160.02630.12070.00550.0130.17140.010.1651-31.35078.4391-51.5921
56.6489-4.5992-1.00874.33590.12771.86920.021-0.02550.0745-0.60320.45790.4772-0.0204-0.317-0.39190.2194-0.0129-0.00140.290.04750.2658-46.35119.2719-58.9277
64.35261.2564-0.56796.39652.13140.94750.07840.58190.0345-0.89120.7453-0.4957-0.3247-0.4282-0.61530.5698-0.16360.13250.82170.06040.4221-17.8792-2.031-75.9146
77.2059-1.2266-0.14434.41571.14132.2763-0.20810.4369-0.2796-0.6210.2506-0.62330.27470.6090.0070.34550.01750.09350.3345-0.02960.3249-19.8922-8.0954-70.4369
84.83986.9345-1.81989.9582-2.73573.63290.33360.727-0.35010.4486-0.036-1.0672-0.13660.4591-0.22790.28860.07570.02080.33680.00270.3738-14.8963-1.4754-58.3416
96.30225.41924.22427.67395.25534.0636-0.29240.13610.3671-0.751-0.0949-0.0062-0.8868-0.13460.31570.3370.01310.08680.26980.05840.251-22.5673.6426-66.3005
102.561.09780.46782.04620.71157.20380.10120.1633-0.1896-0.5884-0.10820.04190.0968-0.2693-0.02220.3010.0718-0.04760.1987-0.05780.2033-33.0286-6.7304-63.3335
112.13790.61491.59443.91310.92674.25050.01180.2139-0.453-0.28250.09770.0010.58680.2255-0.05010.46680.0790.0160.2598-0.02040.2332-29.1724-12.2591-73.6937
125.370.5108-3.82521.14680.24645.85090.58180.25880.7494-1.24360.4350.71320.6951-0.12610.86510.95910.0831-0.30870.2470.07610.3845-25.566510.0209-20.3263
137.39662.4691-4.24026.4096-4.59876.38640.502-0.23890.0496-0.6250.20250.69530.5327-0.6433-0.62760.4755-0.1577-0.14220.40770.04550.2734-26.194810.6016-20.4875
142.2432-0.7891-2.28552.72583.75015.96220.35430.49440.0451-0.6321-0.0099-0.36380.93760.9997-0.34950.50040.087-0.00040.4303-0.0320.1993-14.191413.1768-21.6332
152.286-0.6032-1.6325.3196-2.0044.99680.10950.1103-0.0151-0.06730.09030.2581-0.2765-0.1027-0.19090.22270.0039-0.03950.2094-0.040.2137-22.340622.0104-11.8114
160.384-0.2885-0.28731.8761.28830.97180.151-0.1132-0.415-0.49050.37940.34771.55550.18240.20721.14310.0102-0.34260.1894-0.14760.199-19.56335.3823-12.7149
176.3755-4.40351.92799.31692.14966.7836-0.2945-0.0269-0.6183-0.13570.26651.23160.1459-0.0890.09780.2827-0.00480.00830.23820.07170.3011-25.44012.0531-3.101
183.05423.12911.5345.22694.4196.98690.3584-0.0996-0.10730.11280.1579-0.3979-0.02111.1628-0.41420.2832-0.07280.050.3062-0.03930.246-10.895433.79012.718
196.1887-1.06520.4535.5762-2.57661.36480.7584-0.20540.4439-0.6605-0.313-1.102-0.57470.7256-0.39660.4017-0.1080.10940.4339-0.10430.3394-8.61129.2097-11.9631
207.3564-1.3586-4.54366.52833.04924.51040.1358-0.368-0.5210.09150.1798-0.64530.83560.7513-0.29580.29090.02-0.05710.3281-0.05180.2823-10.246622.4789-1.9574
212.85541.23350.11392.46913.2999.06220.0992-0.20460.17690.54650.0574-0.3845-0.10050.0692-0.10450.29710.0276-0.02420.1652-0.02270.1619-21.976724.27692.2565
223.7193-3.3767-0.96447.51215.0954.38420.22290.36990.05490.0131-0.41570.1807-0.3193-0.60370.15340.28280.02440.02270.2877-0.00060.1968-27.392330.79-3.4719
230.11730.32880.05153.8712-1.03515.90050.3731-0.00690.3810.2850.15710.0788-0.63210.1078-0.390.2546-0.01520.04670.1943-0.03360.273-20.063134.88868.0452
241.94332.8012-0.37384.43860.98775.8686-0.1573-0.282-0.67970.03790.0994-0.37490.86650.5781-0.08080.29640.0826-0.01830.2393-0.06120.2276-0.577534.8226-65.5558
251.60180.7188-1.43072.80151.95834.3190.10670.04050.1613-0.5788-0.07520.7076-0.2628-0.5790.00730.22840.1026-0.03240.32360.01830.3069-16.332743.5227-54.7753
266.23894.3924-3.79134.9817-5.11346.39950.141-0.396-0.0523-0.1026-0.3668-0.13730.758-0.49280.20030.3254-0.0187-0.05470.2456-0.040.1947-14.039637.9361-53.393
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477.36894.53763.93946.46023.98413.3531-0.1931-0.03770.2635-0.93160.0242-0.313-0.79380.09480.22770.198-0.01870.06870.25640.01850.2024-24.139946.3331-27.3679
482.6038-0.04851.85423.07811.06075.4220.2056-0.0242-0.19480.17310.01690.20490.7415-0.0614-0.19540.1575-0.0166-0.00480.1350.00850.1688-33.385633.636-26.2415
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 642 THROUGH 651 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 652 THROUGH 685 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 686 THROUGH 699 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 700 THROUGH 759 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 760 THROUGH 776 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 1 THROUGH 6 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 7 THROUGH 22 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 23 THROUGH 30 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 31 THROUGH 49 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 50 THROUGH 67 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'B' AND (RESID 68 THROUGH 90 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'C' AND (RESID 643 THROUGH 663 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'C' AND (RESID 664 THROUGH 678 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'C' AND (RESID 679 THROUGH 699 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'C' AND (RESID 700 THROUGH 727 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'C' AND (RESID 728 THROUGH 759 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'C' AND (RESID 760 THROUGH 770 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'D' AND (RESID 4 THROUGH 22 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'D' AND (RESID 23 THROUGH 30 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'D' AND (RESID 31 THROUGH 49 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN 'D' AND (RESID 50 THROUGH 59 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN 'D' AND (RESID 60 THROUGH 67 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN 'D' AND (RESID 68 THROUGH 90 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN 'E' AND (RESID 642 THROUGH 651 )
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN 'E' AND (RESID 652 THROUGH 663 )
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN 'E' AND (RESID 664 THROUGH 671 )
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN 'E' AND (RESID 672 THROUGH 699 )
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN 'E' AND (RESID 700 THROUGH 708 )
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN 'E' AND (RESID 709 THROUGH 739 )
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN 'E' AND (RESID 740 THROUGH 759 )
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN 'E' AND (RESID 760 THROUGH 773 )
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN 'F' AND (RESID 3 THROUGH 11 )
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN 'F' AND (RESID 12 THROUGH 22 )
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN 'F' AND (RESID 23 THROUGH 30 )
35X-RAY DIFFRACTION35CHAIN 'F' AND (RESID 31 THROUGH 49 )
36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN 'F' AND (RESID 50 THROUGH 81 )
37X-RAY DIFFRACTION37CHAIN 'F' AND (RESID 82 THROUGH 96 )
38X-RAY DIFFRACTION38CHAIN 'G' AND (RESID 643 THROUGH 657 )
39X-RAY DIFFRACTION39CHAIN 'G' AND (RESID 658 THROUGH 685 )
40X-RAY DIFFRACTION40CHAIN 'G' AND (RESID 686 THROUGH 708 )
41X-RAY DIFFRACTION41CHAIN 'G' AND (RESID 709 THROUGH 727 )
42X-RAY DIFFRACTION42CHAIN 'G' AND (RESID 728 THROUGH 735 )
43X-RAY DIFFRACTION43CHAIN 'G' AND (RESID 736 THROUGH 759 )
44X-RAY DIFFRACTION44CHAIN 'G' AND (RESID 760 THROUGH 772 )
45X-RAY DIFFRACTION45CHAIN 'H' AND (RESID 1 THROUGH 22 )
46X-RAY DIFFRACTION46CHAIN 'H' AND (RESID 23 THROUGH 30 )
47X-RAY DIFFRACTION47CHAIN 'H' AND (RESID 31 THROUGH 49 )
48X-RAY DIFFRACTION48CHAIN 'H' AND (RESID 50 THROUGH 81 )
49X-RAY DIFFRACTION49CHAIN 'H' AND (RESID 82 THROUGH 92 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る