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- PDB-6grr: Crystal structure of Escherichia coli amine oxidase mutant I342F/E573Q -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6grr
タイトルCrystal structure of Escherichia coli amine oxidase mutant I342F/E573Q
要素(Amine oxidase) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / 酸化還元酵素; CH-NH2に対し酸化酵素として働く; 酸素を用いる / phenylethylamine catabolic process / primary-amine oxidase / aliphatic amine oxidase activity / primary methylamine oxidase activity / L-phenylalanine catabolic process / amine metabolic process ...: / : / : / 酸化還元酵素; CH-NH2に対し酸化酵素として働く; 酸素を用いる / phenylethylamine catabolic process / primary-amine oxidase / aliphatic amine oxidase activity / primary methylamine oxidase activity / L-phenylalanine catabolic process / amine metabolic process / quinone binding / periplasmic space / copper ion binding / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Copper amine oxidase-like, N-terminal domain / Copper amine oxidase-like, N-terminal / Copper amine oxidase-like, N-terminal domain superfamily / Copper amine oxidase N-terminal domain / Copper Amine Oxidase; Chain A, domain 1 / Copper amine oxidase, N3-terminal / Copper amine oxidase, N2-terminal / Copper amine oxidase, N2 domain / Copper amine oxidase, N3 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain ...Copper amine oxidase-like, N-terminal domain / Copper amine oxidase-like, N-terminal / Copper amine oxidase-like, N-terminal domain superfamily / Copper amine oxidase N-terminal domain / Copper Amine Oxidase; Chain A, domain 1 / Copper amine oxidase, N3-terminal / Copper amine oxidase, N2-terminal / Copper amine oxidase, N2 domain / Copper amine oxidase, N3 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain / : / Copper amine oxidase copper-binding site signature. / : / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 / Copper amine oxidase / Copper amine oxidase, catalytic domain / Copper amine oxidase, N-terminal / Copper amine oxidase, catalytic domain superfamily / Copper amine oxidase, enzyme domain / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Distorted Sandwich / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Amine oxidase / Primary amine oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Gaule, T.G. / Smith, M.A. / Tych, K.M. / Pirrat, P. / Trinh, C.H. / Pearson, A.R. / Knowles, P.F. / McPherson, M.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/C00468X/1 英国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Oxygen Activation Switch in the Copper Amine Oxidase of Escherichia coli.
著者: Gaule, T.G. / Smith, M.A. / Tych, K.M. / Pirrat, P. / Trinh, C.H. / Pearson, A.R. / Knowles, P.F. / McPherson, M.J.
履歴
登録2018年6月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amine oxidase
B: Amine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,29917
ポリマ－161,0792
非ポリマー1,22015
水21,7081205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17380 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area50520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.152, 166.836, 79.734
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Amine oxidase


分子量: 80405.719 Da / 分子数: 1 / 変異: I342F, E573Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: RK56_010715 / プラスミド: pKK233-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): XL-1
参照: UniProt: A0A2K0PX72, UniProt: P46883*PLUS, 酸化還元酵素; CH-NH2に対し酸化酵素として働く; 酸素を用いる
#2: タンパク質 Amine oxidase


分子量: 80673.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: RK56_010715 / プラスミド: pKK233-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): XL-1 blue
参照: UniProt: A0A2K0PX72, UniProt: P46883*PLUS, 酸化還元酵素; CH-NH2に対し酸化酵素として働く; 酸素を用いる

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非ポリマー , 4種, 1220分子

#3: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.92 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM HEPES, 1.2 M sodium citrate / PH範囲: 6.9 - 7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月10日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→105.05 Å / Num. obs: 196242 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.785 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 9515 / CC1/2: 0.873 / Rpim(I) all: 0.379 / Rrim(I) all: 0.875 / % possible all: 97.06

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1DYU

1dyu


解像度: 1.7→105.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 2.588 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.086 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19326 6714 3.4 %RANDOM
Rwork0.16638 ---
obs0.1673 189466 99.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.255 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5 Å20 Å20 Å2
2---2.57 Å20 Å2
3---4.07 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→105.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11349 0 70 1205 12624
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01911737
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210708
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4461.94915962
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.908324931
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.47351444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.87124.882549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.283151928
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4881555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21739
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02113068
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022295
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9533.155770
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9533.1495769
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8644.7157216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8654.7157217
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5053.4525967
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.53.4535967
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9825.0458747
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.59937.39312937
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.59637.39212937
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 485 -
Rwork0.293 13704 -
obs--97.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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