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- PDB-6gr2: Structure of human galactokinase in complex with galactose and ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gr2
タイトルStructure of human galactokinase in complex with galactose and ADP
要素Galactokinase
キーワードTRANSFERASE / Leloir pathway / GHMP kinase / galactose / ADP / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


glycolytic process from galactose / Defective GALK1 causes GALCT2 / galactitol metabolic process / L-arabinokinase activity / galactokinase / galactokinase activity / galactose catabolic process / Galactose catabolism / galactose catabolic process via UDP-galactose / galactose metabolic process ...glycolytic process from galactose / Defective GALK1 causes GALCT2 / galactitol metabolic process / L-arabinokinase activity / galactokinase / galactokinase activity / galactose catabolic process / Galactose catabolism / galactose catabolic process via UDP-galactose / galactose metabolic process / galactose binding / extracellular exosome / ATP binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Galactokinase, N-terminal domain / Galactokinase, conserved site / Galactokinase galactose-binding signature / Galactokinase signature. / Galactokinase / Mevalonate/galactokinase / GHMP kinase, ATP-binding, conserved site / GHMP kinases putative ATP-binding domain. / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal ...Galactokinase, N-terminal domain / Galactokinase, conserved site / Galactokinase galactose-binding signature / Galactokinase signature. / Galactokinase / Mevalonate/galactokinase / GHMP kinase, ATP-binding, conserved site / GHMP kinases putative ATP-binding domain. / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / beta-D-galactopyranose / Galactokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Bezerra, G.A. / Mackinnon, S. / Williams, E. / Zhang, M. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bountra, C. / Lai, K. / Yue, W.W. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust106169/ZZ14/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human galactokinase in complex with galactose and ADP
著者: Bezerra, G.A. / Mackinnon, S. / Williams, E. / Zhang, M. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bountra, C. / Lai, K. / Yue, W.W.
履歴
登録2018年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Galactokinase
B: Galactokinase
C: Galactokinase
D: Galactokinase
E: Galactokinase
F: Galactokinase
G: Galactokinase
H: Galactokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)350,16329
ポリマ－344,8248
非ポリマー5,33921
水1,856103
1
A: Galactokinase
F: Galactokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,5177
ポリマ－86,2062
非ポリマー1,3115
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area29130 Å2
手法PISA
2
B: Galactokinase
ヘテロ分子

C: Galactokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,7099
ポリマ－86,2062
非ポリマー1,5037
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area28800 Å2
手法PISA
3
D: Galactokinase
G: Galactokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,4216
ポリマ－86,2062
非ポリマー1,2154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area28690 Å2
手法PISA
4
E: Galactokinase
H: Galactokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,5177
ポリマ－86,2062
非ポリマー1,3115
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3800 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area28930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.217, 110.320, 118.234
Angle α, β, γ (deg.)113.850, 102.260, 101.290
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 6 through 7 or (resid 8...
21(chain B and (resid 6 through 7 or (resid 8...
31(chain C and ((resid 6 and (name N or name...
41(chain D and (resid 6 through 7 or (resid 8...
51(chain E and ((resid 6 and (name N or name...
61(chain F and ((resid 6 and (name N or name...
71(chain G and (resid 6 through 7 or (resid 8...
81(chain H and (resid 6 through 7 or (resid 8...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNPROPRO(chain A and (resid 6 through 7 or (resid 8...AA6 - 713 - 14
12GLNGLNALAALA(chain A and (resid 6 through 7 or (resid 8...AA8 - 1015 - 17
13LEULEUGALGAL(chain A and (resid 6 through 7 or (resid 8...AA - I4 - 40111
14LEULEUGALGAL(chain A and (resid 6 through 7 or (resid 8...AA - I4 - 40111
15LEULEUGALGAL(chain A and (resid 6 through 7 or (resid 8...AA - I4 - 40111
16LEULEUGALGAL(chain A and (resid 6 through 7 or (resid 8...AA - I4 - 40111
21GLNGLNPROPRO(chain B and (resid 6 through 7 or (resid 8...BB6 - 713 - 14
22GLNGLNALAALA(chain B and (resid 6 through 7 or (resid 8...BB8 - 1015 - 17
23GLNGLNGALGAL(chain B and (resid 6 through 7 or (resid 8...BB - K6 - 40113
31GLNGLNGLNGLN(chain C and ((resid 6 and (name N or name...CC613
32LEULEUGALGAL(chain C and ((resid 6 and (name N or name...CC - O4 - 40111
33LEULEUGALGAL(chain C and ((resid 6 and (name N or name...CC - O4 - 40111
34LEULEUGALGAL(chain C and ((resid 6 and (name N or name...CC - O4 - 40111
35LEULEUGALGAL(chain C and ((resid 6 and (name N or name...CC - O4 - 40111
41GLNGLNPROPRO(chain D and (resid 6 through 7 or (resid 8...DD6 - 713 - 14
42GLNGLNALAALA(chain D and (resid 6 through 7 or (resid 8...DD8 - 1015 - 17
43LEULEUGALGAL(chain D and (resid 6 through 7 or (resid 8...DD - R4 - 40111
51GLNGLNGLNGLN(chain E and ((resid 6 and (name N or name...EE613
52ARGARGGALGAL(chain E and ((resid 6 and (name N or name...EE - T5 - 40112
53ARGARGGALGAL(chain E and ((resid 6 and (name N or name...EE - T5 - 40112
54ARGARGGALGAL(chain E and ((resid 6 and (name N or name...EE - T5 - 40112
55ARGARGGALGAL(chain E and ((resid 6 and (name N or name...EE - T5 - 40112
61GLNGLNGLNGLN(chain F and ((resid 6 and (name N or name...FF613
62GLNGLNGALGAL(chain F and ((resid 6 and (name N or name...FF - V6 - 40113
63GLNGLNGALGAL(chain F and ((resid 6 and (name N or name...FF - V6 - 40113
64GLNGLNGALGAL(chain F and ((resid 6 and (name N or name...FF - V6 - 40113
65GLNGLNGALGAL(chain F and ((resid 6 and (name N or name...FF - V6 - 40113
71GLNGLNPROPRO(chain G and (resid 6 through 7 or (resid 8...GG6 - 713 - 14
72GLNGLNALAALA(chain G and (resid 6 through 7 or (resid 8...GG8 - 1015 - 17
73ARGARGGALGAL(chain G and (resid 6 through 7 or (resid 8...GG - Y5 - 40112
81GLNGLNPROPRO(chain H and (resid 6 through 7 or (resid 8...HH6 - 713 - 14
82GLNGLNALAALA(chain H and (resid 6 through 7 or (resid 8...HH8 - 1015 - 17
83GLNGLNGALGAL(chain H and (resid 6 through 7 or (resid 8...HH - AA6 - 40113
84GLNGLNGALGAL(chain H and (resid 6 through 7 or (resid 8...HH - AA6 - 40113
85GLNGLNGALGAL(chain H and (resid 6 through 7 or (resid 8...HH - AA6 - 40113
86GLNGLNGALGAL(chain H and (resid 6 through 7 or (resid 8...HH - AA6 - 40113

-
要素

#1: タンパク質
Galactokinase / Galactose kinase


分子量: 43102.977 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GALK1, GALK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51570, galactokinase
#2: 糖
ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M cacodylate pH 6.3, 17.5% PEG8K -- 0.2M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97619 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97619 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→95.76 Å / Num. obs: 114333 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 43.67 Å2 / CC1/2: 0.949 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.093 / Rrim(I) all: 0.156 / Net I/σ(I): 4.2 / Num. measured all: 281718 / Scaling rejects: 46
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2.5 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.49-2.550.692089284250.6030.5220.871.597.3
11.14-95.760.066325312940.9650.0510.0847.999.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.6.2データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WUU

1wuu


解像度: 2.49→54.092 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2556 5727 5.01 %
Rwork0.2213 --
obs0.223 114213 97.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 165.92 Å2 / Biso mean: 58.7349 Å2 / Biso min: 20.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.49→54.092 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22465 0 433 103 23001
Biso mean--62.01 44.23 -
残基数----3066
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A12906X-RAY DIFFRACTION10.18TORSIONAL
12B12906X-RAY DIFFRACTION10.18TORSIONAL
13C12906X-RAY DIFFRACTION10.18TORSIONAL
14D12906X-RAY DIFFRACTION10.18TORSIONAL
15E12906X-RAY DIFFRACTION10.18TORSIONAL
16F12906X-RAY DIFFRACTION10.18TORSIONAL
17G12906X-RAY DIFFRACTION10.18TORSIONAL
18H12906X-RAY DIFFRACTION10.18TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4898-2.51810.32811850.31753479366494
2.5181-2.54770.3611780.31343638381697
2.5477-2.57880.33381900.30233564375497
2.5788-2.61140.3781930.31243661385497
2.6114-2.64580.31111870.30323562374997
2.6458-2.6820.35291970.30723606380397
2.682-2.72030.36021840.29643643382797
2.7203-2.76090.33771800.29513622380297
2.7609-2.80410.33572080.30043591379997
2.8041-2.850.33191980.28873600379897
2.85-2.89920.34941810.28613680386197
2.8992-2.95190.29661820.27263571375397
2.9519-3.00870.30131880.26413650383897
3.0087-3.07010.29781900.24833602379297
3.0701-3.13680.29012310.25763588381997
3.1368-3.20980.27092090.25633590379997
3.2098-3.290.29711950.25953590378597
3.29-3.3790.30891800.25563644382497
3.379-3.47840.27712210.2433584380597
3.4784-3.59060.24381920.23023612380497
3.5906-3.71890.26621980.20833594379297
3.7189-3.86780.26771710.20883608377997
3.8678-4.04380.21711470.20233678382598
4.0438-4.25690.2322060.18563669387598
4.2569-4.52350.19692290.17283626385599
4.5235-4.87250.21062450.16553617386298
4.8725-5.36250.19131770.17433643382098
5.3625-6.13750.21911740.18993695386998
6.1375-7.7290.21371450.18543671381697
7.729-54.1050.18261660.16953608377497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.62090.71850.94622.02062.00843.22840.05990.1022-0.6105-0.3670.0421-0.4664-0.2080.0138-0.02920.3506-0.02930.10630.23560.11990.465-50.75670.809634.2504
21.01181.29740.60552.13030.99520.85490.2755-0.3753-0.50850.0921-0.2977-0.45410.268-0.1336-0.00720.3345-0.00740.03210.38540.20520.5988-50.50530.860945.514
30.9433-0.74591.69812.6473-0.62422.2903-0.2901-0.31310.29930.7969-0.0701-1.0469-0.33770.03460.08490.2884-0.1525-0.07290.64030.18980.645-39.583116.686661.5015
41.12181.20630.27632.73360.29121.58410.0094-0.1402-0.343-0.4849-0.1972-0.895-0.20640.44320.04310.338-0.03250.15530.40350.19150.6243-38.020818.347740.4561
53.39321.40071.60143.0571.11782.26520.2246-0.0692-0.4909-0.102-0.0342-0.20350.4225-0.2102-0.12630.385-0.08310.03340.24030.0390.3513-80.8124-57.111438.0666
62.57180.2390.87792.10530.1543.104-0.0511-0.03360.14210.02010.0283-0.09940.07150.09610.00630.2504-0.02080.06830.1691-0.00610.284-67.1231-39.278447.9426
71.9345-0.27050.40070.66540.50252.64590.0732-0.1089-0.12690.04810.00950.25630.3071-0.2095-0.0730.33370.0564-0.06770.29410.00990.3052-27.5055-39.090637.8302
83.1155-0.24232.22641.35071.07515.185-0.26250.07590.1642-0.2404-0.01790.1556-0.3691-0.39010.24710.28740.0174-0.01510.2755-0.03180.2904-29.4731-31.772528.3826
91.93241.39451.11851.10131.23543.6462-0.0337-0.07480.0255-0.01510.1040.00660.01280.3411-0.07010.28380.0601-0.02080.3095-0.01740.3213-19.7715-31.607937.173
102.50011.9421-1.00052.68360.40552.15840.1786-0.26770.6042-0.097-0.07740.724-0.3329-0.4446-0.05560.49350.12170.03120.5046-0.05490.3478-27.1376-22.55751.1897
111.1514-0.3473-0.18125.23662.05160.8986-0.0958-0.3780.11430.44810.2503-0.20380.1009-0.1282-0.09580.45450.1051-0.03540.6165-0.10490.3059-18.6831-18.867160.7415
123.32820.5625-1.04891.11130.95281.72770.0812-0.35960.1230.3676-0.18390.68940.0159-0.80580.13260.49970.01910.07560.7485-0.07920.408-33.0969-26.12159.5053
132.4295-0.1932-0.43311.81110.61473.4751-0.1195-0.583-0.30280.6136-0.07460.46780.6316-0.62060.19750.4607-0.12080.03470.57910.06670.4835-32.7398-39.401554.2505
142.28140.3961.43421.49561.09743.7883-0.1892-0.2630.12410.0367-0.10030.0704-0.2526-0.38630.26980.29950.06180.00060.3358-0.05060.2748-48.6196-38.79261.3711
154.24920.2672-1.89951.77120.6294.75490.0571-0.2477-0.5955-0.0159-0.29540.35860.53240.04830.17930.361-0.0312-0.00210.3489-0.05790.4688-57.0001-56.3606-17.3066
161.71450.21740.57671.1013-0.01441.560.0905-0.8223-0.53960.5125-0.3050.42610.6228-0.81220.22070.554-0.19480.16140.80120.1130.5718-63.7066-56.4381-0.7898
171.4869-0.51240.60022.43780.20662.8526-0.1095-0.46670.12130.25420.00460.117-0.0573-0.43510.1340.39110.0393-0.10690.4229-0.08170.4142-24.547314.84445.428
182.6661-1.36791.58532.15650.81685.9847-0.0613-0.1740.01950.1233-0.1717-0.3893-0.1890.35810.09880.410.0324-0.14870.4272-0.02760.434-9.466814.05637.4072
191.35151.25211.06442.19470.33372.3356-0.2397-0.10020.2602-0.5059-0.07510.3208-0.5195-0.19040.2730.5060.0542-0.17340.3257-0.00960.4654-22.823216.596-4.2264
202.3590.7094-1.35431.98351.36984.4561-0.130.0491-0.3758-0.5462-0.0392-0.2229-0.45320.2690.07650.54180.0359-0.14790.26430.01260.5424-18.73550.3014-20.5892
210.8830.1420.19342.70430.88922.96160.1459-0.2355-0.3884-0.1503-0.20050.45010.3662-0.5060.08380.5353-0.0981-0.26360.42780.06090.6799-32.9661-2.5369-10.5481
221.49510.87020.49170.52720.83543.5908-0.1130.19750.0679-0.24760.0020.239-0.16470.06460.11680.36980.1045-0.09510.3286-0.06770.3789-76.978718.832636.4275
230.67930.2407-0.31512.35060.78030.7930.0021-0.01270.11070.1828-0.2080.57890.0281-0.20520.1590.29770.05980.00260.4476-0.1160.4131-80.549423.011559.958
241.784-1.7429-1.42852.9002-0.77816.8315-0.81050.10580.5302-0.11880.54870.1326-0.83921.08070.09990.7904-0.214-0.37510.7834-0.00420.9268-59.3455-8.3693.0832
252.40010.8852.17032.07611.19074.6125-0.6560.04130.744-0.160.12070.4306-1.10160.00920.43990.506-0.0239-0.17820.4682-0.01960.7256-70.1327-15.1363-4.1598
262.51680.34092.19552.67470.28354.5933-0.5249-0.48791.02850.09810.07110.5899-0.4932-0.89320.30070.39230.1264-0.10760.638-0.12950.6935-75.9251-18.8806-0.2039
271.71260.99761.51251.88980.94013.1634-0.53480.63660.5377-0.13440.33970.0363-0.87250.6410.12190.4551-0.1336-0.12490.6420.10340.5884-71.6262-23.5168-18.7597
287.91250.5784-0.10964.9562.2023.0064-0.08760.6404-0.0448-1.226-0.2156-0.40240.1983-0.92120.14930.6927-0.1646-0.03860.70020.01170.3588-86.8078-31.5048-33.0303
290.7818-0.34660.52321.2030.72291.0971-0.06670.7083-0.0929-0.6527-0.02810.0986-0.93190.97810.02780.6976-0.4234-0.12170.95430.33340.6431-70.7788-24.2356-32.2144
300.4489-0.2470.160.90780.15320.5119-0.2440.72230.5031-0.9670.2551-0.2269-1.34091.04330.10281.1412-1.2821-0.44341.1380.44451.0513-64.7108-11.503-29.547
310.62480.2165-1.32620.4065-1.10354.1869-0.35010.39190.70420.13810.2451-0.1609-1.42071.40570.19260.7716-0.41-0.22180.9120.0210.8579-60.1824-13.0846-13.5255
320.9902-0.02120.80071.4103-0.07232.8723-0.1453-0.6820.36910.5314-0.09530.1608-0.72560.00170.15320.90820.1032-0.08590.9073-0.17820.5006-38.898738.3375-1.7566
332.60540.2791-0.00211.57320.20374.4717-0.0572-0.57090.35520.1943-0.08330.7708-0.4212-0.88690.14290.89990.252-0.05360.9268-0.24990.6339-48.916235.62020.0375
341.57440.39360.03282.07860.33322.952-0.3574-0.8220.53640.84350.23670.0403-0.3498-0.02790.09520.81380.1028-0.09390.5103-0.14710.5429-42.578332.5035-18.8896
352.35290.11810.34541.3752-0.14292.2919-0.204-0.01770.49280.18380.0292-0.3547-0.7680.16580.12740.77030.0065-0.18350.3537-0.12080.5974-38.768938.0489-27.5609
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 91 )A4 - 91
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 92 through 249 )A92 - 249
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 250 through 316 )A250 - 316
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 317 through 392 )A317 - 392
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 6 through 178 )B6 - 178
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 179 through 392 )B179 - 392
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 4 through 50 )C4 - 50
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 51 through 116 )C51 - 116
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 117 through 212 )C117 - 212
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 213 through 249 )C213 - 249
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 250 through 316 )C250 - 316
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 317 through 350 )C317 - 350
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 351 through 392 )C351 - 392
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 4 through 212 )D4 - 212
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 213 through 316 )D213 - 316
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 317 through 392 )D317 - 392
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 5 through 77 )E5 - 77
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 78 through 116 )E78 - 116
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 117 through 217 )E117 - 217
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 218 through 271 )E218 - 271
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 272 through 392 )E272 - 392
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 6 through 212 )F6 - 212
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 213 through 392 )F213 - 392
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'G' and (resid 5 through 24 )G5 - 24
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'G' and (resid 25 through 91 )G25 - 91
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resid 92 through 178 )G92 - 178
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'G' and (resid 179 through 249 )G179 - 249
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'G' and (resid 250 through 271 )G250 - 271
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'G' and (resid 272 through 316 )G272 - 316
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'G' and (resid 317 through 370 )G317 - 370
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 371 through 392 )G371 - 392
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'H' and (resid 6 through 77 )H6 - 77
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'H' and (resid 78 through 178 )H78 - 178
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'H' and (resid 179 through 249 )H179 - 249
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'H' and (resid 250 through 392 )H250 - 392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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