[日本語] English
万見
- PDB-6gqf: The structure of mouse AsterA (GramD1a) with 25-hydroxy cholesterol -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gqf
タイトルThe structure of mouse AsterA (GramD1a) with 25-hydroxy cholesterol
要素GRAM domain-containing protein 1A
キーワードLIPID TRANSPORT / cholesterol / plasma membrane / endoplasmic reticulum
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular sterol transport / endoplasmic reticulum-plasma membrane contact site / organelle membrane contact site / cellular response to cholesterol / cholesterol transfer activity / cholesterol binding / autophagosome / autophagy / cytoplasmic vesicle / endoplasmic reticulum membrane ...intracellular sterol transport / endoplasmic reticulum-plasma membrane contact site / organelle membrane contact site / cellular response to cholesterol / cholesterol transfer activity / cholesterol binding / autophagosome / autophagy / cytoplasmic vesicle / endoplasmic reticulum membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
VASt domain / VAD1 Analog of StAR-related lipid transfer domain / VASt domain profile. / : / domain in glucosyltransferases, myotubularins and other putative membrane-associated proteins / GRAM domain / GRAM domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
25-HYDROXYCHOLESTEROL / Protein Aster-A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Fairall, L. / Gurnett, J.E. / Vashi, D. / Sandhu, J. / Tontonoz, P. / Schwabe, J.W.R.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome TrustWT100237 英国
Royal SocietyWolfson Research Merit award 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Aster Proteins Facilitate Nonvesicular Plasma Membrane to ER Cholesterol Transport in Mammalian Cells.
著者: Sandhu, J. / Li, S. / Fairall, L. / Pfisterer, S.G. / Gurnett, J.E. / Xiao, X. / Weston, T.A. / Vashi, D. / Ferrari, A. / Orozco, J.L. / Hartman, C.L. / Strugatsky, D. / Lee, S.D. / He, C. / ...著者: Sandhu, J. / Li, S. / Fairall, L. / Pfisterer, S.G. / Gurnett, J.E. / Xiao, X. / Weston, T.A. / Vashi, D. / Ferrari, A. / Orozco, J.L. / Hartman, C.L. / Strugatsky, D. / Lee, S.D. / He, C. / Hong, C. / Jiang, H. / Bentolila, L.A. / Gatta, A.T. / Levine, T.P. / Ferng, A. / Lee, R. / Ford, D.A. / Young, S.G. / Ikonen, E. / Schwabe, J.W.R. / Tontonoz, P.
履歴
登録2018年6月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.formula_weight
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GRAM domain-containing protein 1A
B: GRAM domain-containing protein 1A
C: GRAM domain-containing protein 1A
D: GRAM domain-containing protein 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,96112
ポリマ－103,9824
非ポリマー1,9798
水00
1
A: GRAM domain-containing protein 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4903
ポリマ－25,9951
非ポリマー4952
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GRAM domain-containing protein 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4903
ポリマ－25,9951
非ポリマー4952
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: GRAM domain-containing protein 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4903
ポリマ－25,9951
非ポリマー4952
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: GRAM domain-containing protein 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4903
ポリマ－25,9951
非ポリマー4952
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.435, 121.012, 71.907
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
GRAM domain-containing protein 1A


分子量: 25995.459 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gramd1a, D7Bwg0611e, Kiaa1533 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q8VEF1
#2: 化合物
ChemComp-HC3 / 25-HYDROXYCHOLESTEROL / (3BETA)-CHOLEST-5-ENE-3,25-DIOL / 25-ヒドロキシコレステロ-ル


分子量: 402.653 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M sodium cacodylate pH6, 8% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→67.203 Å / Num. obs: 18439 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 10 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.627 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 2958 / CC1/2: 0.891 / Rpim(I) all: 0.21 / Rrim(I) all: 0.662 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5yqj

5yqj


解像度: 2.9→67.203 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 28.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2579 844 4.58 %Random selection
Rwork0.2013 ---
obs0.2039 18413 98.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→67.203 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5326 0 140 0 5466
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045596
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7827593
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1142039
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034844
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003938
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9001-3.08180.31491640.2592878X-RAY DIFFRACTION99
3.0818-3.31980.32981380.2342903X-RAY DIFFRACTION99
3.3198-3.65380.29511110.22342943X-RAY DIFFRACTION99
3.6538-4.18250.29311330.20652922X-RAY DIFFRACTION99
4.1825-5.26910.21581420.17612967X-RAY DIFFRACTION99
5.2691-67.22110.24161560.19332956X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る