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- PDB-6gps: CRYSTAL STRUCTURE OF CCR2A IN COMPLEX WITH MK-0812 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gps
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CCR2A IN COMPLEX WITH MK-0812
要素C-C chemokine receptor type 2,Rubredoxin,C-C chemokine receptor type 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR / Signalling / Drug-design
機能・相同性
機能・相同性情報


T-helper 17 cell chemotaxis / chemokine (C-C motif) ligand 2 binding / chemokine (C-C motif) ligand 12 binding / negative regulation of eosinophil degranulation / positive regulation of immune complex clearance by monocytes and macrophages / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell extravasation / positive regulation of astrocyte chemotaxis / leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / chemokine (C-C motif) ligand 7 binding / positive regulation of thymocyte migration ...T-helper 17 cell chemotaxis / chemokine (C-C motif) ligand 2 binding / chemokine (C-C motif) ligand 12 binding / negative regulation of eosinophil degranulation / positive regulation of immune complex clearance by monocytes and macrophages / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell extravasation / positive regulation of astrocyte chemotaxis / leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / chemokine (C-C motif) ligand 7 binding / positive regulation of thymocyte migration / positive regulation of hematopoietic stem cell migration / monocyte extravasation / CCR2 chemokine receptor binding / regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of type 2 immune response / Beta defensins / positive regulation of monocyte extravasation / regulation of macrophage migration / macrophage migration / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / neutrophil clearance / regulation of T cell cytokine production / alkane catabolic process / chemokine receptor activity / positive regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of T cell chemotaxis / inflammatory response to wounding / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / C-C chemokine receptor activity / negative regulation of adenylate cyclase activity / chemokine-mediated signaling pathway / C-C chemokine binding / cellular homeostasis / positive regulation of monocyte chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / dendritic cell chemotaxis / regulation of T cell differentiation / Interleukin-10 signaling / monocyte chemotaxis / humoral immune response / hemopoiesis / blood vessel remodeling / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / cellular defense response / sensory perception of pain / homeostasis of number of cells within a tissue / positive regulation of interleukin-2 production / negative regulation of angiogenesis / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / positive regulation of T cell activation / response to wounding / fibrillar center / positive regulation of type II interferon production / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of inflammatory response / cytokine-mediated signaling pathway / chemotaxis / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / regulation of inflammatory response / G alpha (i) signalling events / perikaryon / electron transfer activity / immune response / inflammatory response / iron ion binding / external side of plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CC chemokine receptor 2 / Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Chemokine receptor family / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. ...CC chemokine receptor 2 / Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Chemokine receptor family / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / : / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F7N / Rubredoxin / C-C chemokine receptor type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Clostridium pasteurianum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Pautsch, A. / Schnapp, G.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of CC Chemokine Receptor 2A in Complex with an Orthosteric Antagonist Provides Insights for the Design of Selective Antagonists.
著者: Apel, A.K. / Cheng, R.K.Y. / Tautermann, C.S. / Brauchle, M. / Huang, C.Y. / Pautsch, A. / Hennig, M. / Nar, H. / Schnapp, G.
履歴
登録2018年6月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-C chemokine receptor type 2,Rubredoxin,C-C chemokine receptor type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8143
ポリマ－48,2781
非ポリマー5362
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area18020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.500, 61.200, 123.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 C-C chemokine receptor type 2,Rubredoxin,C-C chemokine receptor type 2 / CCR2 / Monocyte chemoattractant protein 1 receptor / MCP-1-R / Rd / CCR2 / Monocyte chemoattractant ...CCR2 / Monocyte chemoattractant protein 1 receptor / MCP-1-R / Rd / CCR2 / Monocyte chemoattractant protein 1 receptor / MCP-1-R


分子量: 48278.184 Da / 分子数: 1
断片: RUBREDOXIN INSERTED INTO CCR2A BETWEEN RESIDUE 231 AND 235,RUBREDOXIN INSERTED INTO CCR2A BETWEEN RESIDUE 231 AND 235,RUBREDOXIN INSERTED INTO CCR2A BETWEEN RESIDUE 231 AND 235,RUBREDOXIN ...断片: RUBREDOXIN INSERTED INTO CCR2A BETWEEN RESIDUE 231 AND 235,RUBREDOXIN INSERTED INTO CCR2A BETWEEN RESIDUE 231 AND 235,RUBREDOXIN INSERTED INTO CCR2A BETWEEN RESIDUE 231 AND 235,RUBREDOXIN INSERTED INTO CCR2A BETWEEN RESIDUE 231 AND 235,RUBREDOXIN INSERTED INTO CCR2A BETWEEN RESIDUE 231 AND 235,RUBREDOXIN INSERTED INTO CCR2A BETWEEN RESIDUE 231 AND 235,RUBREDOXIN INSERTED INTO CCR2A BETWEEN RESIDUE 231 AND 235,RUBREDOXIN INSERTED INTO CCR2A BETWEEN RESIDUE 231 AND 235,RUBREDOXIN INSERTED INTO CCR2A BETWEEN RESIDUE 231 AND 235
変異: N14Q, C70Y, G175N, A241D, K311E,N14Q, C70Y, G175N, A241D, K311E,N14Q, C70Y, G175N, A241D, K311E,N14Q, C70Y, G175N, A241D, K311E,N14Q, C70Y, G175N, A241D, K311E,N14Q, C70Y, G175N, A241D, ...変異: N14Q, C70Y, G175N, A241D, K311E,N14Q, C70Y, G175N, A241D, K311E,N14Q, C70Y, G175N, A241D, K311E,N14Q, C70Y, G175N, A241D, K311E,N14Q, C70Y, G175N, A241D, K311E,N14Q, C70Y, G175N, A241D, K311E,N14Q, C70Y, G175N, A241D, K311E,N14Q, C70Y, G175N, A241D, K311E,N14Q, C70Y, G175N, A241D, K311E
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Clostridium pasteurianum (バクテリア)
遺伝子: CCR2, CMKBR2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P41597, UniProt: P00268
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-F7N / [(3~{S},4~{S})-3-methoxyoxan-4-yl]-[(1~{R},3~{S})-3-propan-2-yl-3-[[3-(trifluoromethyl)-7,8-dihydro-5~{H}-1,6-naphthyridin-6-yl]carbonyl]cyclopentyl]azanium


分子量: 470.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H35F3N3O3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: reconstituted into lipidic cubic phase (LCP) by mixing with 9.9 MAG (Monoolein, Sigma) using a syringe mixer as described previously (Caffrey and Cherezov, 2009). 35 % (w/w) of the receptor ...詳細: reconstituted into lipidic cubic phase (LCP) by mixing with 9.9 MAG (Monoolein, Sigma) using a syringe mixer as described previously (Caffrey and Cherezov, 2009). 35 % (w/w) of the receptor solution was mixed with 61.5 % monoolein (w/w), additionally supplemented with 3.5 % cholesterol (w/w). Crystallization trials were performed in 96-well glass sandwich plates (Molecular Dimensions). The LCP drops were pipetted in a bolus volume of 50 nl using a gryphon robot and overlaid with 800 nl of precipitant solution per well. Diffracting quality crystals were obtained with 0.1 M MES pH 6.0, 0.2 M ammonium acetate and 40 % PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→43.29 Å / Num. obs: 8271 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 99.49 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 3.3→3.57 Å / Mean I/σ(I) obs: 3 / CC1/2: 0.479

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.3→37.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.897 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.783 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.545
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 372 4.5 %RANDOM
Rwork0.243 ---
obs0.245 8261 94.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 111.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-24.1642 Å20 Å27.6771 Å2
2---34.1146 Å20 Å2
3---9.9504 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.57 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→37.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2649 0 34 0 2683
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0085481HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.779941HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1194SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes810HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5481HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.99
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.35
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion366SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5440SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.37 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2583 -4.36 %
Rwork0.2355 439 -
all0.2365 459 -
obs--93.09 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.029 Å / Origin y: -6.9402 Å / Origin z: -32.6241 Å
111213212223313233
T-0.0155 Å2-0.0086 Å2-0.0828 Å2-0.0599 Å2-0.0517 Å2---0.1055 Å2
L1.1124 °2-0.2819 °20.3518 °2-0 °2-0.7546 °2--0.5932 °2
S0.0108 Å °-0.0257 Å °-0.0057 Å °-0.0182 Å °-0.0316 Å °-0.0184 Å °0.0245 Å °-0.0244 Å °0.0207 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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