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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gpd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the ligand-free form of domain 1 from TmArgBP | ||||||
![]() | Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein,Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Domain-domain communication / Diagnostic tool / Protein dissection / Biosensor / Protein structure-stability | ||||||
機能・相同性 | Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / ligand-gated monoatomic ion channel activity / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / membrane / Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Smaldone, G. / Balasco, N. / Ruggiero, A. / Berisio, R. / Vitagliano, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Domain communication in Thermotoga maritima Arginine Binding Protein unraveled through protein dissection. 著者: Smaldone, G. / Balasco, N. / Vigorita, M. / Ruggiero, A. / Cozzolino, S. / Berisio, R. / Del Vecchio, P. / Graziano, G. / Vitagliano, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13857.786 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TM_0593 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.17 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: The best crystals of D1 domain were obtained using a protein concentration of 6 mg/ml in a solution containing 0.2 M NaCl, 0.1M Bis-Tris (pH 5.5), 25% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3,350. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月26日 |
放射 | モノクロメーター: 1.54 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→15 Å / Num. obs: 24812 / % possible obs: 88.8 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 37.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4PRS 解像度: 1.75→14.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.816 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.105 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.293 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.75→14.4 Å
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拘束条件 |
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