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- PDB-6goc: Methylesterase BT1017 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6goc
タイトルMethylesterase BT1017
要素DUF3826 domain-containing protein
キーワードCARBOHYDRATE / pectin / rhamnogalacturonan-II / methylesterase / human gut microbiota
機能・相同性Protein of unknown function DUF3826 / Protein of unknown function (DUF3826) / : / Alpha/Beta hydrolase fold / metal ion binding / DUF3826 domain-containing protein / DUF3826 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Basle, A. / Ndeh, D. / Gilbert, H.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)322820 英国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Characterisation of a methylesterases essential for pectin rhamnogalacturonan II metabolism from the gut bacterium Bacteroides thetaiotaomicron
著者: Ndhe, D. / Cheng-Jie, D. / Basle, A. / Gilbert, H.
履歴
登録2018年6月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年4月22日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / atom_type / chem_comp / computing / diffrn / entity / pdbx_audit_support / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / software / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_sheet_range / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_all / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine_hist.cycle_id / _reflns.d_resolution_low / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id
解説: Model completeness
詳細: none of the reasons apply. Please add to the list a reason for "Atom identification correction" See communication for details.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DUF3826 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,1652
ポリマ－75,0991
非ポリマー651
水5,026279
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area19430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.508, 229.469, 80.709
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1055-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DUF3826 domain-containing protein


分子量: 75099.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: BJP75_005780, Btheta7330_02632 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0P0F0R1, UniProt: Q8A900*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20 mM 1,6-hexanediol; 20 mM 1,2-propanediol; 20 mM 1,4-butanediol; 20 mM 1-butanol; 20 mM 2-propanol; 20 mM 1,3-propanediol; 100 mM Imidazol/MES pH 6.5; 20 % ethylene glycol; 10 % PEG 8000K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97889 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97889 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→66.1 Å / Num. obs: 50611 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 9.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 30870 / CC1/2: 0.636 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
GDAデータ収集
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
BUCCANEERモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→66.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 4.864 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.131 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2434 2524 4.991 %RANDOM
Rwork0.2009 ---
all0.203 ---
obs-50568 99.929 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.183 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.741 Å20 Å20 Å2
2---3.75 Å20 Å2
3---1.008 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→66.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3473 0 1 279 3753
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0133549
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173261
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8351.6544801
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4721.5787560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1155443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.85721.885191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.53615569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9471525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2454
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.024019
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02781
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2771
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1840.23148
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.21757
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0830.21633
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0650.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3270.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.0660.28
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1870.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0920.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9493.3211775
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9453.3191774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8294.9732217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8284.9762218
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7983.6551774
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7853.6491772
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4265.3242584
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.435.3242584
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.26739.6434068
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.24139.5344040
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.9490.3991970.4073478X-RAY DIFFRACTION99.5395
1.949-2.0030.3931780.3693425X-RAY DIFFRACTION99.8891
2.003-2.0610.3661910.3393309X-RAY DIFFRACTION99.9144
2.061-2.1240.3581790.2913240X-RAY DIFFRACTION99.9415
2.124-2.1940.3331570.2733132X-RAY DIFFRACTION100
2.194-2.2710.2671470.2323048X-RAY DIFFRACTION100
2.271-2.3560.2581470.2122949X-RAY DIFFRACTION99.9354
2.356-2.4530.2551410.1972860X-RAY DIFFRACTION99.9667
2.453-2.5620.2041480.1862683X-RAY DIFFRACTION99.9647
2.562-2.6870.2361230.1812624X-RAY DIFFRACTION100
2.687-2.8320.2531400.1762467X-RAY DIFFRACTION99.9233
2.832-3.0040.2331090.1722385X-RAY DIFFRACTION100
3.004-3.2110.2421120.1812207X-RAY DIFFRACTION99.9569
3.211-3.4680.2271060.192067X-RAY DIFFRACTION100
3.468-3.7980.2361190.1931903X-RAY DIFFRACTION100
3.798-4.2460.1861000.1561728X-RAY DIFFRACTION100
4.246-4.9020.197780.1411545X-RAY DIFFRACTION100
4.902-6.0010.183610.1581335X-RAY DIFFRACTION100
6.001-8.4750.192530.1691041X-RAY DIFFRACTION99.8175
8.475-66.010.184380.158618X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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