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- PDB-6gnd: Crystal structure of the complex of a Ferredoxin-Flavin Thioredox... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gnd
タイトルCrystal structure of the complex of a Ferredoxin-Flavin Thioredoxin Reductase and a Thioredoxin from Clostridium acetobutylicum at 2.9 A resolution
要素
  • Thioredoxin
  • Thioredoxin reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Flavoprotein / thioredoxin reductase / thioredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / oxidoreductase activity / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Thioredoxin / Thioredoxin / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / FAD/NAD(P)-binding domain / Thioredoxin domain ...: / Thioredoxin / Thioredoxin / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / FAD/NAD(P)-binding domain / Thioredoxin domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / Glutaredoxin / Glutaredoxin / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Thioredoxin / Thioredoxin reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium acetobutylicum ATCC 824 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.889 Å
データ登録者Buey, R.M. / Fernandez-Justel, D. / Balsera, M.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2016-80343-P スペイン
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Ferredoxin-linked flavoenzyme defines a family of pyridine nucleotide-independent thioredoxin reductases.
著者: Buey, R.M. / Fernandez-Justel, D. / de Pereda, J.M. / Revuelta, J.L. / Schurmann, P. / Buchanan, B.B. / Balsera, M.
履歴
登録2018年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin reductase
B: Thioredoxin
C: Thioredoxin reductase
D: Thioredoxin
E: Thioredoxin reductase
F: Thioredoxin
G: Thioredoxin reductase
H: Thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,41814
ポリマ－174,1528
非ポリマー3,2666
水1,20767
1
A: Thioredoxin reductase
B: Thioredoxin
G: Thioredoxin reductase
H: Thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7097
ポリマ－87,0764
非ポリマー1,6333
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8040 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area32540 Å2
手法PISA
2
C: Thioredoxin reductase
D: Thioredoxin
ヘテロ分子

E: Thioredoxin reductase
F: Thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7097
ポリマ－87,0764
非ポリマー1,6333
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545x+1/2,y-1/2,z1
Buried area8300 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area32270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.230, 174.350, 114.304
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Thioredoxin reductase


分子量: 31691.330 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CYS131 has been replaced by SER. This is a covalent complex formed through a disulfide complex between CYS134 of FFTR and CYS30 of Trx.
由来: (組換発現) Clostridium acetobutylicum ATCC 824 (バクテリア)
遺伝子: CA_C3082 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97EM8
#2: タンパク質
Thioredoxin


分子量: 11846.545 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CYS33 has been replaced by SER. This is a covalent complex formed through a disulfide complex between CYS134 of FFTR and CYS30 of Trx.
由来: (組換発現) Clostridium acetobutylicum ATCC 824 (バクテリア)
遺伝子: CA_C3083 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97EM7
#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
解説: Diffraction data has been truncated anisotropically by using the STARANISO software, as implemented in the autoPROC software package. The deposited structure factors are the anisotropically- ...解説: Diffraction data has been truncated anisotropically by using the STARANISO software, as implemented in the autoPROC software package. The deposited structure factors are the anisotropically-truncated date concatenated to the isotropically-truncated data.
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.02 M DL-glutamic acid monohydrate, 0.02 M DL-alanine, 0.02 M glycine, 0.02 M DL-lysine monohydrochloride, 0.02 M DL-serine, 0.1M imidazole/MES monohydrate pH 6.5, 20 % (v/v) ethylene glycol, 10% (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.889→86.742 Å / Num. obs: 27743 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.889→3.178 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.058 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1371 / CC1/2: 0.609 / Rrim(I) all: 1.253 / % possible all: 75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3026: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GNA

6gna


解像度: 2.889→86.742 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 35.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2785 1314 4.74 %
Rwork0.2353 --
obs0.2373 27732 63.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.889→86.742 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10367 0 220 68 10655
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00410861
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66414839
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9336354
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051723
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051893
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8888-3.00440.5902150.5532296X-RAY DIFFRACTION6
3.0044-3.14120.4341390.4163727X-RAY DIFFRACTION16
3.1412-3.30680.3392740.36131488X-RAY DIFFRACTION32
3.3068-3.5140.32221230.31582199X-RAY DIFFRACTION48
3.514-3.78530.33221770.28043446X-RAY DIFFRACTION74
3.7853-4.16620.26412420.24214277X-RAY DIFFRACTION93
4.1662-4.7690.23452300.20334627X-RAY DIFFRACTION100
4.769-6.00830.26952440.2294634X-RAY DIFFRACTION100
6.0083-86.78150.29191700.22064724X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.11480.17470.20423.93750.54652.5570.30380.62490.0396-0.6277-0.0183-1.3431-0.14930.83930.10640.4024-0.17710.1710.3782-0.13020.3703124.241541.15240.4978
20.15020.39110.61820.97791.61212.5190.4497-0.5903-0.1678-0.2036-0.2637-0.55330.0349-1.00570.07310.7814-0.1053-0.01550.5015-0.05440.5609112.405622.102633.2862
32.7669-0.5887-0.20072.38941.4282.61520.06120.34-0.335-0.0773-0.14890.1027-0.0187-0.19250.14620.6095-0.1005-0.21660.3033-0.07030.4337107.836120.673817.7429
42.67341.255-1.73733.78391.03752.20480.27990.0788-0.1195-0.313-0.00930.61930.4367-0.29680.12460.5195-0.1015-0.18930.1445-0.03390.1883113.689435.130946.9949
51.0398-0.20150.390.14480.23411.0518-0.1655-0.3358-0.2047-0.0384-0.3499-0.68890.92780.3079-0.04871.917-0.2423-0.7460.77930.31431.3512109.7754-7.917843.4912
64.4351-1.30231.86430.7041-1.12823.08610.9113-0.4593-1.21520.0394-0.33470.18810.4666-0.43311.57841.6476-0.0925-0.69520.5015-0.0010.8492114.20074.494640.6499
74.3028-0.60412.1580.12360.05574.28640.54490.3695-1.73840.97930.3153-0.6416-0.10570.06530.53441.2249-0.1272-0.26740.80060.12240.7985119.763410.466845.728
80.28020.1375-0.17960.1970.68695.19211.333-0.67840.64350.96360.9904-0.86450.234-0.48350.30771.3986-0.38040.030.82920.03590.79113.8692.849549.7747
91.05370.37420.4420.9652-0.76351.20480.10230.1725-0.8815-0.14960.04350.4741.6492-0.41360.31641.6401-0.4044-0.16280.6582-0.21490.9104111.07282.746733.017
101.331-0.2678-3.3912.59041.21678.75620.42350.5539-0.1090.12480.410.54770.7947-3.21220.20780.9174-0.1509-0.21611.02360.34810.7035107.739210.191742.7625
110.05170.26750.59671.36623.05956.8459-0.7573-0.2225-0.19280.408-0.47611.37840.0776-2.2478-0.79830.37880.0485-0.01111.04530.13271.2021107.71512.960952.2573
120.8439-0.94330.12092.6066-0.70771.217-0.2141-0.6427-0.56510.6250.07190.3556-0.0683-0.635-0.07150.3351-0.1047-0.09840.58360.20280.4004150.73119.490133.6369
133.0586-0.6554-0.85492.20240.85460.7306-0.2208-0.4237-0.8190.04050.21080.32570.667-0.12980.15490.3583-0.2216-0.14180.35080.11620.7373146.4325-2.867324.594
141.3387-0.978-0.30624.3041-0.01063.1684-0.5739-0.44320.13750.4960.06120.6126-0.1665-0.6593-0.66280.35040.1582-0.13580.58810.26730.6424144.176810.055929.6878
151.3758-0.91710.37150.9605-0.05230.304-0.3435-0.00880.23310.2975-0.203-0.1445-0.35410.335-0.99630.553-0.0949-0.80070.42830.36940.5887145.744524.163314.042
163.684-1.41960.82132.83510.8852.02890.2143-0.0002-0.3785-0.1122-0.3048-0.5568-0.63190.1099-0.03770.5521-0.0622-0.29760.33090.25570.3833134.925724.75733.0481
178.7361-4.70041.8424.70070.31681.1842-0.30572.1698-0.128-0.7876-0.2665-0.1684-0.63180.8915-0.40850.4667-0.3243-0.17390.85760.1790.5433157.580215.932316.2349
181.9165-0.7784-0.48130.75380.00751.2985-0.2191-0.16120.20050.06660.0483-0.3531-0.39380.57660.02770.2069-0.1732-0.24590.55260.31520.6054158.65478.118424.8096
191.1491-0.4538-1.80270.17930.71592.84560.1591-0.33070.2830.0175-0.1617-0.2382-1.50190.56341.16561.5116-0.2806-0.82090.94680.19091.0811152.815741.472421.6898
201.81020.70261.51371.97722.54063.865-0.30310.6670.50640.18590.2543-0.4214-2.23870.44080.12231.3345-0.1787-0.37390.72330.4131.1593151.828743.441816.9224
211.37210.80750.27343.3357-1.06940.58620.02561.52230.1623-1.1349-0.6793-0.37640.34541.1468-0.26590.7636-0.3274-0.01790.92370.21080.9973160.230436.221215.6146
225.41630.326-0.35211.45930.08172.8575-0.65140.5753-1.21480.15880.38140.26260.84150.0323-0.06490.38160.01920.15230.59920.17170.5161112.4673.633524.5455
233.715-0.38461.04650.4402-0.07720.9281-0.13990.3778-0.1929-0.17120.308-0.27470.10270.52610.07950.006-0.30120.25580.98350.10660.427129.192578.183129.8416
240.9190.0651-1.76952.204-2.57946.1853-0.751.20250.1476-1.7350.6643-0.42611.34970.80960.2580.9783-0.39910.35471.72760.03971.5314141.016677.79187.8653
252.0140.31550.11391.47180.3990.1074-0.53360.2669-0.125-0.44510.4540.1890.2725-0.1188-3.92830.6446-0.28440.41461.22230.3751.026141.893482.32372.5539
260.1186-0.39210.01931.78610.34470.38070.037-0.34340.23630.3970.0587-0.6451-0.13940.3411-0.5820.2209-0.11810.28831.2027-0.00211.0368144.363581.028315.3462
276.12454.69236.54934.01554.93877.0188-1.02110.25432.6111-0.8525-0.47110.2898-1.37070.511-1.74910.764-0.34730.14821.2353-0.08691.6514134.20891.16518.3536
283.55751.2869-1.13310.5144-0.13372.02350.17780.04831.3368-0.02460.0015-0.0766-0.7836-0.7853-0.1280.59930.19880.10370.35180.00620.352102.897661.553153.1528
290.9447-0.7691-1.26130.83530.56162.70630.2017-0.12790.303-0.0394-0.1528-1.1145-0.91830.523-0.02550.4263-0.1844-0.08090.37860.06970.6724118.670759.098453.5385
303.51511.09721.23921.8941-1.38272.9502-0.29480.15941.35970.42490.1069-0.2667-1.6524-0.0309-0.14311.044-0.04790.11390.35010.18470.8004113.919665.849653.0774
312.67160.5330.83970.3806-0.52563.88230.0392-0.14310.97340.48880.24070.1745-1.4068-0.5554-0.07930.75280.3580.10640.64470.01120.3261100.034159.110765.4176
321.31920.3058-0.22952.02030.021.1944-0.3320.4287-0.32720.2956-0.03530.00030.0991-0.83171.27971.46280.29040.0220.6329-0.27390.408998.924254.170183.6362
330.524-0.0442-0.18520.08740.33581.59650.0614-0.31220.09280.24770.00070.03290.01790.03330.51552.01040.13490.35370.516-0.04570.1592106.69261.290.3103
343.585-0.3377-2.37644.57860.54043.2121-0.5023-0.585-0.43840.74140.3050.56440.0014-0.5213-0.14220.30970.1287-0.14490.31950.04320.3319105.219449.33959.019
353.52920.5512.46930.32780.04672.18020.1963-1.0172-0.54051.264-0.50510.70661.3956-0.92080.04051.3797-0.10420.70260.7426-0.10111.326880.787555.421578.5505
365.3392.15183.72632.1806-0.48825.61011.06880.2375-0.46731.70410.166-1.18281.326-0.02942.27051.1870.05320.25320.29240.00530.638187.513946.896375.6563
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 98 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 99 through 142 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 143 through 217 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 218 through 283 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 7 through 15 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 16 through 30 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 31 through 46 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 47 through 57 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 58 through 74 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 75 through 93 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 94 through 105 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 25 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 26 through 57 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 58 through 98 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 99 through 142 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 143 through 222 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 223 through 241 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 242 through 281 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 7 through 46 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 47 through 74 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 75 through 105 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 2 through 131 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 132 through 283 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 7 through 47 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 48 through 57 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 58 through 93 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 94 through 105 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'G' and (resid 0 through 24 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'G' and (resid 25 through 57 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'G' and (resid 58 through 82 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 83 through 117 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'G' and (resid 118 through 135 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 136 through 217 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resid 218 through 284 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'H' and (resid 8 through 68 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'H' and (resid 69 through 105 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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