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- PDB-6gmn: pVHL:EloB:EloC in complex with methyl 4H-furo[3,2-b]pyrrole-5-car... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gmn
タイトルpVHL:EloB:EloC in complex with methyl 4H-furo[3,2-b]pyrrole-5-carboxylate
要素
  • (Elongin-B) x 2
  • (von Hippel-Lindau disease tumor ...) x 2
  • Elongin-C
キーワードONCOPROTEIN / E3 ubiquitin ligase / tumor supressor / PROTAC / fragment-based drug discovery
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular non-membrane-bounded organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / negative regulation of signal transduction / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / transcription corepressor binding / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / cell morphogenesis / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / Neddylation / Replication of the SARS-CoV-2 genome / cellular response to hypoxia / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription factor binding / amyloid fibril formation / molecular adaptor activity / protein stabilization / protein ubiquitination / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin B / Elongin-C / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / methyl 4~{H}-furo[3,2-b]pyrrole-5-carboxylate / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Van Molle, I. / Lucas, X. / Ciulli, A.
資金援助 英国, 5件
組織認可番号国
European Research CouncilERC-2012-StG-311460
European CommissionH2020-MSCA-IF-2015-806323
European CommissionEC PIEF-GA-2010-275683
Welcome Trust 100476/Z/12/Z 英国
Welcome Trust 094090/Z/10/Z 英国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Surface Probing by Fragment-Based Screening and Computational Methods Identifies Ligandable Pockets on the von Hippel-Lindau (VHL) E3 Ubiquitin Ligase.
著者: Lucas, X. / Van Molle, I. / Ciulli, A.
履歴
登録2018年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Elongin-B
B: Elongin-C
C: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
D: Elongin-B
E: Elongin-C
F: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
G: Elongin-B
H: Elongin-C
I: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
J: Elongin-B
K: Elongin-C
L: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,36719
ポリマ－166,74112
非ポリマー6267
水15,115839
1
A: Elongin-B
B: Elongin-C
C: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9176
ポリマ－41,6333
非ポリマー2833
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5080 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area15750 Å2
手法PISA
2
D: Elongin-B
E: Elongin-C
F: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7964
ポリマ－41,7373
非ポリマー591
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4720 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area15920 Å2
手法PISA
3
G: Elongin-B
H: Elongin-C
I: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6924
ポリマ－41,6333
非ポリマー591
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4870 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area16400 Å2
手法PISA
4
J: Elongin-B
K: Elongin-C
L: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,9615
ポリマ－41,7373
非ポリマー2242
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area16210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.710, 93.710, 364.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Space group name HallP4w2c
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-331-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
12
22
32
42
13
23
33
43

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'C' and (resid 63 or (resid 64 and (name...C1 - 58
121(chain 'C' and (resid 63 or (resid 64 and (name...C60 - 80
131(chain 'C' and (resid 63 or (resid 64 and (name...C83 - 87
141(chain 'C' and (resid 63 or (resid 64 and (name...C90 - 98
151(chain 'C' and (resid 63 or (resid 64 and (name...C101
211(chain 'F' and (resid 63 through 76 or resid 78...F1 - 58
221(chain 'F' and (resid 63 through 76 or resid 78...F60 - 80
231(chain 'F' and (resid 63 through 76 or resid 78...F83 - 87
241(chain 'F' and (resid 63 through 76 or resid 78...F90 - 98
251(chain 'F' and (resid 63 through 76 or resid 78...F101
311(chain 'I' and (resid 63 or (resid 64 and (name...I1 - 58
321(chain 'I' and (resid 63 or (resid 64 and (name...I60 - 80
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341(chain 'I' and (resid 63 or (resid 64 and (name...I90 - 98
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112(chain 'B' and (resid 17 through 46 or resid 58...B17 - 45
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212(chain 'E' and (resid 17 through 33 or (resid 34...E17 - 45
222(chain 'E' and (resid 17 through 33 or (resid 34...E58 - 80
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312(chain 'H' and (resid 17 through 33 or (resid 34...H17 - 45
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332(chain 'H' and (resid 17 through 33 or (resid 34...H83 - 112
412(chain 'K' and (resid 17 through 33 or (resid 34...K17 - 45
422(chain 'K' and (resid 17 through 33 or (resid 34...K58 - 80
432(chain 'K' and (resid 17 through 33 or (resid 34...K83 - 112
113(chain 'A' and (resid 1 through 35 or (resid 36...A63 - 75
123(chain 'A' and (resid 1 through 35 or (resid 36...A78 - 107
133(chain 'A' and (resid 1 through 35 or (resid 36...A109 - 118
143(chain 'A' and (resid 1 through 35 or (resid 36...A121 - 140
153(chain 'A' and (resid 1 through 35 or (resid 36...A146 - 189
163(chain 'A' and (resid 1 through 35 or (resid 36...A192 - 200
213(chain 'D' and (resid 1 through 35 or (resid 36...D63 - 75
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233(chain 'D' and (resid 1 through 35 or (resid 36...D109 - 118
243(chain 'D' and (resid 1 through 35 or (resid 36...D121 - 140
253(chain 'D' and (resid 1 through 35 or (resid 36...D146 - 189
263(chain 'D' and (resid 1 through 35 or (resid 36...D192 - 200
313(chain 'G' and ((resid 1 and (name N or name...G63 - 75
323(chain 'G' and ((resid 1 and (name N or name...G78 - 107
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363(chain 'G' and ((resid 1 and (name N or name...G192 - 200
413(chain 'J' and ((resid 1 and (name N or name...J63 - 75
423(chain 'J' and ((resid 1 and (name N or name...J78 - 107
433(chain 'J' and ((resid 1 and (name N or name...J109 - 118
443(chain 'J' and ((resid 1 and (name N or name...J121 - 140
453(chain 'J' and ((resid 1 and (name N or name...J146 - 189
463(chain 'J' and ((resid 1 and (name N or name...J192 - 200

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 8分子 ABEHKDGJ

#1: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11852.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: S-(DIMETHYLARSENIC)CYSTEINE modification / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質
Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: additional M at N-terminus due to cloning / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#4: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11956.372 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: S-(DIMETHYLARSENIC)CYSTEINE modification / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370

-
Von Hippel-Lindau disease tumor ... , 2種, 4分子 CFLI

#3: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18806.273 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: S-(DIMETHYLARSENIC)CYSTEINE modification / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#5: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18702.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: S-(DIMETHYLARSENIC)CYSTEINE modification / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337

-
非ポリマー , 3種, 846分子

#6: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-F4E / methyl 4~{H}-furo[3,2-b]pyrrole-5-carboxylate / 4H-フロ[3,2-b]ピロ-ル-5-カルボン酸メチル


分子量: 165.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7NO3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 839 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.11 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Na cacodylate pH 6.0, 0.2 M Mg acetate, 15% PEG3350, 5mM DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 226893 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 36.44 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.077 / Net I/σ(I): 13.75
反射 シェル解像度: 1.94→2.06 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 36190 / CC1/2: 0.902 / Rrim(I) all: 0.798 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
BUSTER-TNT位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.94→46.47 Å / SU ML: 0.2323 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 25.6969 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2439 6006 5.02 %
Rwork0.2027 113595 -
obs0.2048 119601 99.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→46.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10504 0 44 839 11387
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009310841
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.155514729
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06491684
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00831904
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.74327315
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.94-1.970.31011850.27593581X-RAY DIFFRACTION95.1
1.97-1.990.2831870.25933714X-RAY DIFFRACTION98.58
1.99-2.010.28452060.25333699X-RAY DIFFRACTION98.64
2.01-2.040.28921890.23713733X-RAY DIFFRACTION98.79
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2.26-2.310.28561920.20873762X-RAY DIFFRACTION99.17
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2.72-2.80.27892140.23043760X-RAY DIFFRACTION99.55
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2.9-3.020.3112070.22073823X-RAY DIFFRACTION99.63
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3.16-3.320.25212070.20883825X-RAY DIFFRACTION99.83
3.32-3.530.26272020.20493837X-RAY DIFFRACTION99.78
3.53-3.80.22982020.1933879X-RAY DIFFRACTION99.9
3.8-4.190.19372150.16553881X-RAY DIFFRACTION99.88
4.19-4.790.19762200.1533907X-RAY DIFFRACTION99.93
4.79-6.040.21422000.18463993X-RAY DIFFRACTION99.86
6.04-46.490.22242140.20864185X-RAY DIFFRACTION98.68
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.7633091726 Å / Origin y: 29.7986885431 Å / Origin z: 24.2286485321 Å
111213212223313233
T0.475046264842 Å2-0.00138228913604 Å20.068489329445 Å2-0.249600369202 Å20.00364935982214 Å2--0.261715835551 Å2
L0.0511821826919 °20.00722425445689 °20.0551502396389 °2-0.0700837062555 °2-0.00865946599993 °2---0.0795382623171 °2
S0.0170418176691 Å °-0.0104047081863 Å °-0.0170029147508 Å °-0.0258839126563 Å °-0.0210487483316 Å °-0.00610919012667 Å °0.0150425571942 Å °0.00938252618232 Å °0.00356263288507 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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