PDB-6gme: Structure of H. sapiens SPT6 tandem SH2 domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gme

タイトル

Structure of H. sapiens SPT6 tandem SH2 domain

要素

SPT6 tandem SH2 domain,Transcription elongation factor SPT6

キーワード

TRANSCRIPTION / SH2 domain / Pol II interaction / Kinase target / Transcription factor

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of isotype switching / regulation of muscle cell differentiation / nucleosome organization / blastocyst formation / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / mRNA transport / nucleosome binding / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.802 Å

データ登録者

Vos, S.M. / Farnung, L. / Cramer, P.

資金援助

ドイツ, 3件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Structure of activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6.
著者: Seychelle M Vos / Lucas Farnung / Marc Boehning / Christoph Wigge / Andreas Linden / Henning Urlaub / Patrick Cramer /

要旨: Gene regulation involves activation of RNA polymerase II (Pol II) that is paused and bound by the protein complexes DRB sensitivity-inducing factor (DSIF) and negative elongation factor (NELF). Here ...

履歴

登録	2018年5月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6gme.ent.gz	193.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6gme_validation.pdf.gz	432 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6gme_full_validation.pdf.gz	434.5 KB	表示
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CIF形式データ	6gme_validation.cif.gz	23.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/6gme ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/6gme	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	0030C 0031C 0032C 0033C 0034C 0035C 0036C 0037C 6gmhC 3psjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2etj-d 3k9p-2 1mz8-1 3tzu-2 6e16-d 4d8d-2 5ltv-7 2klt-d 2gyk-2 2gzj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (4)
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低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
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DNAリガーゼ (DNA Ligase)
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TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (1)
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シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
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エキソソーム (Exosomes)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (3)

登録構造単位

A: SPT6 tandem SH2 domain,Transcription elongation factor SPT6

B: SPT6 tandem SH2 domain,Transcription elongation factor SPT6

45.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: SPT6 tandem SH2 domain,Transcription elongation factor SPT6

登録者が定義した集合体
22.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: SPT6 tandem SH2 domain,Transcription elongation factor SPT6

登録者が定義した集合体
22.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	51.020, 81.100, 51.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.08, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	SPT6 tandem SH2 domain,Transcription elongation factor SPT6 / hSPT6 / Histone chaperone suppressor of Ty6 / Tat-cotransactivator 2 protein / Tat-CT2 protein 分子量: 22896.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT6H, SUPT6H, KIAA0162, SPT6H / プラスミド: 438-C / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q7KZ85
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

SPT6 tandem SH2 domain,Transcription elongation factor SPT6 / hSPT6 / Histone chaperone suppressor of Ty6 / Tat-cotransactivator 2 protein / Tat-CT2 protein

分子量: 22896.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT6H, SUPT6H, KIAA0162, SPT6H / プラスミド: 438-C / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q7KZ85

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 mM Bis-Tris pH 5.5, 200 mM MgCl2, 21-25 % (v/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.802→46.21 Å / Num. obs: 33254 / % possible obs: 94.91 % / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 29.31 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.1034 / R_pim(I) all: 0.04554 / R_rim(I) all: 0.1133 / Net I/σ(I): 11.88
反射シェル	解像度: 1.802→1.867 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 2484 / CC_1/2: 0.395 / % possible all: 71.59

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	(1.13_2998: ???)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PSJ

3psj

解像度: 1.802→46.21 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.44

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2231	1663	5 %
R_work	0.1907	-	-
obs	0.1923	33242	94.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.802→46.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3071	0	0	183	3254

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3147
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.749	4245
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.559	1887
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	441
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	551

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8023-1.8554	0.3228	103	0.3259	1959	X-RAY DIFFRACTION	71
1.8554-1.9152	0.3072	120	0.2933	2280	X-RAY DIFFRACTION	82
1.9152-1.9837	0.2771	136	0.2592	2577	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9837-2.0631	0.256	144	0.2277	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0631-2.157	0.2809	145	0.2242	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.157-2.2707	0.228	143	0.2096	2724	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2707-2.413	0.2652	145	0.2085	2756	X-RAY DIFFRACTION	99
2.413-2.5993	0.2596	144	0.1957	2733	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5993-2.8608	0.2303	144	0.2011	2732	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8608-3.2747	0.2237	144	0.1813	2726	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2747-4.1254	0.1978	146	0.1526	2779	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1254-46.5425	0.1818	149	0.1748	2821	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7833	-0.5565	-0.638	0.1502	0.0955	1.7038	-0.2146	-0.5254	-0.6985	0.5196	0.4019	-0.6337	0.6056	0.134	-0.0078	0.4317	0.0438	-0.0452	0.3899	-0.0377	0.5534	35.8987	49.5766	32.1225
2	2.5412	-0.3588	-0.5854	2.1625	-2.01	2.1942	-0.0694	0.1464	-1.0128	-0.2735	0.2857	-0.4657	0.7061	-0.2116	0.0207	0.3489	-0.0255	0.0149	0.3326	-0.1225	0.4842	29.2885	47.99	26.756
3	3.0676	-0.6937	0.2342	3.162	-0.6919	0.2367	0.0017	1.1841	-0.801	-0.705	0.252	-0.2652	0.2545	0.3862	0.0911	0.3623	-0.0146	0.0734	0.5051	-0.1466	0.4329	23.5944	48.0745	19.3741
4	2.5458	-0.4398	0.7547	2.77	-1.4544	0.9088	-0.0385	0.3407	-0.1061	-0.6993	-0.0553	-0.2868	0.1627	0.3232	-0.0323	0.3135	-0.0001	0.0572	0.2612	-0.0434	0.2056	28.1087	61.7702	24.4864
5	0.9154	-0.1841	-0.4458	0.4523	0.6146	1.3867	0.054	-0.5315	0.0726	-0.0103	0.0229	0.3296	0.2575	0.491	0.0004	0.3288	0.0479	0.0134	0.3716	-0.067	0.322	22.468	64.7199	44.062
6	0.957	0.234	-0.6636	0.7233	-0.3523	0.837	-0.2914	-0.7583	-0.2447	0.7105	0.2993	0.0767	0.6071	0.1812	-0.0001	0.4439	0.0772	0.0669	0.3666	0.0383	0.2844	14.0278	63.4546	52.6627
7	1.2018	0.3145	0.0612	0.3796	0.8536	1.2656	-0.1598	-0.3677	-0.1933	0.3681	0.0488	0.1661	0.2437	0.0153	-0.0004	0.3015	0.0386	0.0246	0.297	-0.0238	0.249	16.6096	64.7745	44.1827
8	0.4657	0.1898	0.4236	1.3032	0.1086	1.4691	-0.237	-0.166	-0.1023	0.1628	0.0273	0.2164	0.3038	-0.1828	0.0005	0.2421	0.0171	0.0297	0.2189	-0.0283	0.2155	11.5109	63.0082	40.8825
9	0.4604	-0.4066	0.0043	0.8091	-0.7108	0.6416	-0.0394	0.1541	0.0207	-0.2513	0.006	0.121	-0.2435	-0.0127	0.0001	0.2499	-0.019	-0.0306	0.2359	-0.0034	0.2205	14.1313	65.9155	27.5978
10	0.7675	-0.5619	0.6303	1.4505	0.6326	1.9489	-0.1793	-0.4003	0.1288	0.0169	0.0377	0.3855	-0.3414	-0.791	-0	0.3387	0.0763	-0.0096	0.4089	0.0286	0.3101	9.039	72.6472	36.5242
11	1.4925	-0.456	0.4393	0.2162	0.2388	2.1353	-0.9104	-1.0778	0.8686	-0.2127	0.5001	-0.1399	-1.6995	-0.2314	-0.0498	0.6706	0.0625	-0.0227	0.7174	-0.111	0.5836	-2.9945	53.0343	34.8939
12	0.6194	-0.2389	0.3554	0.2579	0.0661	0.4672	-0.0972	-0.203	0.2588	0.4133	0.4259	0.6797	-0.4155	-0.3561	0.0001	0.2519	0.0084	0.0213	0.2577	0.0827	0.4059	-2.2623	45.9139	29.0736
13	3.0911	-0.3332	0.5082	2.3297	2.0872	2.0637	-0.294	0.1997	0.7219	-0.6109	0.1706	0.0895	-0.4039	-0.0189	0.0041	0.2741	-0.0168	-0.0501	0.2854	0.0474	0.4191	3.7171	51.3618	26.9018
14	2.5914	-0.4135	-0.0308	3.6583	0.9903	0.9894	-0.191	0.7973	0.2914	-0.8249	0.1577	-0.0541	-0.1808	-0.2172	0.0036	0.3768	-0.0435	-0.0203	0.4002	0.0512	0.401	9.2715	50.9863	19.3305
15	2.2326	-0.6084	-0.8678	2.3535	1.3574	0.9806	-0.0848	0.1531	-0.0496	-0.5693	-0.0161	0.1527	-0.0009	-0.5395	-0.0171	0.2966	-0.0238	-0.0431	0.2769	0.0248	0.2122	5.0486	37.636	25.1721
16	1.0307	0.2963	0.0429	0.5629	-0.7372	1.1	-0.0599	-0.6196	-0.0076	0.0603	0.1392	-0.1652	-0.285	-0.8724	0	0.3203	0.0708	-0.0085	0.469	0.0151	0.3183	10.506	35.1674	44.9752
17	2.2822	-0.7859	0.3792	0.7424	0.1469	1.4038	-0.3669	-1.6895	0.7533	0.5524	0.4147	-0.156	-0.3122	-0.6582	0.0144	0.3748	0.1026	-0.0417	0.5566	-0.0708	0.2908	18.9973	36.3539	53.5842
18	3.417	1.0167	1.1145	2.0407	0.4927	3.3074	-0.1128	-0.3839	0.2223	0.1951	-0.0005	-0.2369	-0.1203	0.0146	-0.0005	0.2169	0.0164	-0.0034	0.2464	-0.0121	0.2084	19.1124	36.0241	43.2612
19	2.3282	0.5859	-0.4647	3.5011	1.7397	2.3114	0.1341	0.1079	-0.1532	0.0216	0.1963	-0.4849	0.4781	1.0713	0.0094	0.3263	0.0447	-0.0163	0.3658	-0.0372	0.2413	21.9267	30.1283	33.6743

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1338 through 1359 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1360 through 1376 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1377 through 1407 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1408 through 1427 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1428 through 1439 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1440 through 1453 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1454 through 1470 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 1471 through 1490 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 1491 through 1503 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 1504 through 1519 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 1338 through 1349 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 1350 through 1359 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 1360 through 1376 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 1377 through 1407 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 1408 through 1427 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 1428 through 1439 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 1440 through 1453 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 1454 through 1490 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 1491 through 1519 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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