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万見
- PDB-6gko: Mouse thymidylate synthase cocrystallized with dUMP and soaked in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gko
タイトルMouse thymidylate synthase cocrystallized with dUMP and soaked in phenolphthalein
要素Thymidylate synthase
キーワードTRANSFERASE / fragment screening / fragment / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / uracil metabolic process / response to organophosphorus / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / thymidylate synthase / response to vitamin A / sequence-specific mRNA binding / cartilage development / tetrahydrofolate interconversion ...Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / uracil metabolic process / response to organophosphorus / intestinal epithelial cell maturation / response to folic acid / thymidylate synthase / response to vitamin A / sequence-specific mRNA binding / cartilage development / tetrahydrofolate interconversion / thymidylate synthase activity / folic acid binding / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / heterocyclic compound binding / developmental growth / dihydrofolate reductase activity / response to glucocorticoid / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / response to cytokine / response to progesterone / liver regeneration / response to toxic substance / circadian rhythm / regulation of translation / methylation / response to ethanol / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / mRNA binding / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,3-bis(4-hydroxyphenyl)-2-benzofuran-1-one / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.839 Å
データ登録者Maj, P. / Wilk, P. / Jarmula, A. / Weiss, M.S. / Rode, W.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Thymidylate synthase fragment screening
著者: Maj, P. / Wilk, P. / Jarmula, A. / Weiss, M.S. / Rode, W.
履歴
登録2018年5月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate synthase
B: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4118
ポリマ－70,0022
非ポリマー1,4096
水6,612367
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6310 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area21630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.701, 87.441, 68.515
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.02, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Thymidylate synthase / TSase


分子量: 35001.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tyms / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07607, thymidylate synthase
#2: 化合物 ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP


分子量: 308.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O8P
#3: 化合物 ChemComp-FGT / 3,3-bis(4-hydroxyphenyl)-2-benzofuran-1-one / phenolphthalein / フェノ-ルフタレイン


分子量: 318.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H14O4
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1 / 詳細: 0.15M Na/K Tartrate, 22% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.839→45.494 Å / Num. obs: 80859 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.39 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 12.56
反射 シェル解像度: 1.839→1.95 Å / Num. unique obs: 12387 / % possible all: 93.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ihi

3ihi


解像度: 1.839→45.494 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2211 2100 2.6 %
Rwork0.1929 --
obs0.1936 80854 98.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.839→45.494 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4609 0 96 367 5072
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074837
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9776551
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.393436
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052682
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005847
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8395-1.88230.31171220.30024573X-RAY DIFFRACTION86
1.8823-1.92930.29111380.28775199X-RAY DIFFRACTION99
1.9293-1.98150.29311420.26475312X-RAY DIFFRACTION100
1.9815-2.03980.28991400.24615247X-RAY DIFFRACTION100
2.0398-2.10560.28281400.24495279X-RAY DIFFRACTION100
2.1056-2.18090.26681420.22815317X-RAY DIFFRACTION100
2.1809-2.26820.26581410.225279X-RAY DIFFRACTION100
2.2682-2.37140.26091410.20415298X-RAY DIFFRACTION100
2.3714-2.49640.23021410.20635280X-RAY DIFFRACTION100
2.4964-2.65280.2111410.19865304X-RAY DIFFRACTION100
2.6528-2.85760.2361430.19775339X-RAY DIFFRACTION100
2.8576-3.14520.23261410.20045296X-RAY DIFFRACTION100
3.1452-3.60010.20541420.18395314X-RAY DIFFRACTION100
3.6001-4.53510.17381420.15945331X-RAY DIFFRACTION100
4.5351-45.50760.19981440.16335386X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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