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万見
- PDB-3h9k: Structures of Thymidylate Synthase R163K with Substrates and Inhi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h9k
タイトルStructures of Thymidylate Synthase R163K with Substrates and Inhibitors Show Subunit Asymmetry
要素Thymidylate synthase
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / Nucleotide biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / sequence-specific mRNA binding / folic acid binding / thymidylate synthase activity / tetrahydrofolate interconversion / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / DNA biosynthetic process / G1/S-Specific Transcription ...thymidylate synthase / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / sequence-specific mRNA binding / folic acid binding / thymidylate synthase activity / tetrahydrofolate interconversion / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / DNA biosynthetic process / G1/S-Specific Transcription / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / methylation / negative regulation of translation / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 5-FLUORO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Gibson, L.M. / Lovelace, L.L. / Lebioda, L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Structures of human thymidylate synthase R163K with dUMP, FdUMP and glutathione show asymmetric ligand binding.
著者: Gibson, L.M. / Celeste, L.R. / Lovelace, L.L. / Lebioda, L.
履歴
登録2009年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年3月27日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate synthase
B: Thymidylate synthase
C: Thymidylate synthase
D: Thymidylate synthase
E: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,96712
ポリマ－178,6755
非ポリマー1,2937
水97354
1
A: Thymidylate synthase
B: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2466
ポリマ－71,4702
非ポリマー7764
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6290 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area22230 Å2
手法PISA
2
C: Thymidylate synthase
ヘテロ分子

C: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6604
ポリマ－71,4702
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area4990 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area22630 Å2
手法PISA
3
D: Thymidylate synthase
E: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,8914
ポリマ－71,4702
非ポリマー4212
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area22520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)200.284, 122.190, 99.828
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.180, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Thymidylate synthase / TSase / TS


分子量: 35734.926 Da / 分子数: 5 / 変異: R163K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TYMS, TS, OK/SW-cl.29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04818, thymidylate synthase
#2: 化合物 ChemComp-UFP / 5-FLUORO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE


タイプ: DNA linking / 分子量: 326.172 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12FN2O8P
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.24 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 10-20% PEG 4000, 3mM potassium phosphate, 20mM beta mercaptoethanol, 0.1M TRIS, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 64181 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Χ2: 1.742 / Net I/σ(I): 22.566
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.858 / Num. unique all: 6285 / Χ2: 1.025 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化開始モデル: PDB Entry 1HVY

1hvy


解像度: 2.65→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.789 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 5990 9.5 %random
Rwork0.214 ---
obs-59470 94 %-
溶媒の処理Bsol: 30.766 Å2
原子変位パラメータBiso max: 133.98 Å2 / Biso mean: 62.195 Å2 / Biso min: 17.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-19.802 Å20 Å22.116 Å2
2---5.131 Å20 Å2
3----14.671 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11333 0 81 54 11468
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.272
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.8472
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.2943
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.0822.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.8923.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramHicupCNS_TOPPAR:protein.topHIcup
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:fdump.paramCNS_TOPPAR:fdump.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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