PDB-6gkj: Translation initiation factor 4E in complex with trinucleotide mR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gkj

タイトル

Translation initiation factor 4E in complex with trinucleotide mRNA 5' cap (m7GpppApG)

要素

Eukaryotic translation initiation factor 4E

キーワード

TRANSLATION / Protein-ligand complex / translation initiation factor / eIF4E / mRNA 5' cap / m7GpppApG

機能・相同性

機能・相同性情報

Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Deadenylation of mRNA / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / ISG15 antiviral mechanism / mTORC1-mediated signalling / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.068 Å

データ登録者

Warminski, M. / Nowak, E. / Kowalska, J. / Jemielity, J. / Nowotny, M.

資金援助

ポーランド, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Translation initiation factor 4E in complex with trinucleotide mRNA 5' cap (m7GpppApG)
著者: Warminski, M. / Nowak, E. / Kubacka, D. / Kowalska, J. / Nowotny, M. / Jemielity, J.

履歴

登録	2018年5月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gkj.cif.gz	305 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gkj.ent.gz	248 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gkj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6gkj_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6gkj_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	6gkj_validation.xml.gz	31.6 KB	表示
CIF形式データ	6gkj_validation.cif.gz	43.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/6gkj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/6gkj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5m7xS 5m7v 5m7w 5m7z 5m80 5m81 5m83 5m84 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6gkk-2 6gkl-2 5w8m-4 5ua4-d 5m81-2 5zml-d 5dzg-1 6hdu-1 6u06-3 5ktd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (18)

登録構造単位

A: Eukaryotic translation initiation factor 4E

B: Eukaryotic translation initiation factor 4E

C: Eukaryotic translation initiation factor 4E

D: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

90.9 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
22.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	38.190, 38.190, 147.020
Angle α, β, γ (deg.)	84.18, 88.55, 76.96
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Eukaryotic translation initiation factor 4E / mRNA cap-binding protein / eIF-4F 25 kDa subunit 分子量: 22145.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Eif4e / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63073
#2: 化合物	ChemComp-MGP / 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 7-メチル-7-アゾニアグアノシン5′-三りん酸分子量: 538.215 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₉N₅O₁₄P₃
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.57 % / 解説: thin plates
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 15% PEG 10000, 0.1M TrisHCl pH 8.0, 0.2M CH3COONH4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.068→48.76 Å / Num. obs: 46288 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 4.343 % / CC_1/2: 0.987 / R_merge(I) obs: 0.194 / R_rim(I) all: 0.214 / Net I/σ(I): 7.08
反射シェル	解像度: 2.068→2.12 Å / 冗長度: 2.966 % / R_merge(I) obs: 0.585 / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / Num. unique obs: 3273 / CC_1/2: 0.637 / R_rim(I) all: 0.715 / % possible all: 88.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5M7X

5m7x

解像度: 2.068→24.074 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 26.96

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2486	1706	3.69 %
R_work	0.1996	-	-
obs	0.2014	46227	94.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.068→24.074 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5565	0	144	328	6037

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5865
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.923	8028
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.65	3382
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	881
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1010

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0681-2.1289	0.3502	135	0.2795	3524	X-RAY DIFFRACTION	89
2.1289-2.1976	0.3403	138	0.2557	3591	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1976-2.2761	0.3325	138	0.2646	3621	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2761-2.3672	0.276	136	0.232	3552	X-RAY DIFFRACTION	90
2.3672-2.4748	0.2742	127	0.2147	3318	X-RAY DIFFRACTION	85
2.4748-2.6051	0.274	140	0.2103	3650	X-RAY DIFFRACTION	92
2.6051-2.7681	0.2794	149	0.2122	3895	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7681-2.9815	0.2667	150	0.2106	3914	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9815-3.2809	0.2418	147	0.1979	3834	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2809-3.7541	0.2374	147	0.1781	3842	X-RAY DIFFRACTION	96
3.7541-4.7239	0.1961	150	0.1648	3929	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7239-24.0753	0.218	149	0.1882	3851	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.3228	6.0032	6.6159	7.1265	6.5011	8.5774	0.318	0.2953	-0.861	0.2853	0.169	0.3234	0.7978	0.3018	-0.5351	0.2793	0.0242	-0.1024	0.3217	0.0026	0.6183	-67.6204	61.0598	2.0323
2	2.9656	4.4624	0.5423	7.7356	0.9493	0.3871	-0.1319	-0.0251	0.4842	-0.1683	0.029	0.3382	-0.1245	0.1451	0.1351	0.1703	0.0441	-0.0196	0.2554	0.0467	0.3216	-53.9556	85.8838	8.7809
3	0.821	0.0961	0.6501	2.0217	0.9772	3.0994	-0.0049	-0.1143	-0.0463	0.0232	0.0237	0.0405	0.0049	-0.0388	0.0047	0.1534	0.0454	-0.0232	0.2226	0.0344	0.2494	-54.3998	77.1448	9.7912
4	2.1649	-0.8216	0.174	2.8082	0.547	3.0087	-0.1131	-0.5125	-0.1752	0.3614	0.1091	0.0396	0.1799	0.0697	0.0121	0.1827	0.0208	-0.0224	0.293	0.0888	0.2423	-49.1899	71.8675	21.5239
5	5.9041	1.8724	-4.6445	7.5097	-1.2689	9.1874	-0.3335	0.3905	0.0058	0.3974	0.3613	0.7249	0.0455	-1.0047	-0.0303	0.2954	-0.0189	0.0613	0.2636	0.1099	0.4807	-54.7204	44.6794	63.0771
6	6.2601	0.4646	-0.6738	0.1972	0.1007	0.2086	0.224	0.0203	0.1312	0.1271	-0.0769	-0.3455	0.0467	0.0915	-0.1194	0.2385	0.0128	-0.0091	0.183	0.0536	0.3469	-26.8028	53.6076	56.9394
7	6.847	1.0759	-2.8179	1.2015	-0.9951	1.5193	-0.169	-0.4223	-0.5925	0.1509	-0.0326	0.1092	0.0365	0.0877	0.2163	0.2255	0.0159	-0.0216	0.1731	0.0639	0.2463	-38.6527	51.5272	61.357
8	1.9961	-0.1885	-0.1422	3.1672	0.3511	2.8575	0.0728	0.2267	0.084	-0.4256	-0.1263	-0.0552	-0.0897	0.0251	0.0547	0.2127	0.0461	-0.0054	0.1827	0.0719	0.2114	-39.0407	58.0684	46.513
9	4.4599	0.8795	-2.6966	1.7774	1.9867	6.044	-0.126	-0.3166	-0.3051	1.0961	0.05	-0.0681	0.3548	0.6478	-0.0341	0.7368	0.0266	-0.0653	0.2234	0.0587	0.323	-35.3958	60.1349	73.3006
10	0.9959	0.0742	-0.2757	0.9669	-0.4814	1.5198	0.1178	0.0931	0.2683	0.8707	-0.0872	1.0332	0.0463	-0.2456	-0.0039	0.5897	-0.0346	0.2193	0.2238	0.0259	0.6482	-48.744	74.7015	75.9494
11	1.2982	1.1655	-0.7368	5.4064	-2.3102	1.3705	0.2581	-0.1991	0.3479	1.23	-0.0583	0.8623	-0.3932	-0.2615	-0.3176	0.7339	-0.0742	0.295	0.1793	0.0083	0.5221	-47.322	82.1055	78.2239
12	0.9014	0.9745	-0.222	1.1319	-0.0341	0.9719	0.3804	-0.3055	0.3565	1.3844	-0.4009	0.8053	-0.253	-0.0626	-0.2037	1.1532	-0.2025	0.2811	0.3185	-0.0011	0.4239	-43.5632	79.6912	86.1213
13	0.971	1.096	-0.2332	2.0673	-0.2611	0.0544	0.1941	-0.3552	-0.2527	1.0608	-0.1242	-0.1301	0.6882	0.0304	0.3661	1.4698	-0.1119	0.151	0.344	0.0041	0.4027	-40.2654	70.087	89.7875
14	1.7257	0.4973	-0.9395	0.416	-0.51	0.7813	0.3112	-0.474	-0.0704	0.6521	-0.2835	-0.0339	0.1379	0.334	0.3781	1.4617	-0.2058	0.199	0.4433	0.0361	0.3174	-41.1462	77.417	93.5002
15	5.5771	-2.4508	0.4456	2.2105	1.1029	7.1757	0.6502	-1.2201	0.928	1.0104	-0.4952	0.0318	-1.0799	1.0038	-0.1338	1.5347	-0.4387	0.1844	0.6025	-0.055	0.5189	-38.2965	82.877	98.6622
16	6.0837	-0.7051	-3.237	7.8131	5.8274	8.8935	0.3092	0.0194	-0.1431	-0.4639	-0.1802	0.3897	-0.6429	-0.2258	-0.1522	0.1979	0.1233	-0.08	0.6059	0.019	0.2873	-47.4727	76.7297	-7.6191
17	1.6312	1.4273	0.0486	4.0841	1.5101	3.7386	0.4182	0.5321	-1.4526	0.0454	-0.2293	-0.0747	0.7076	0.0348	-0.2129	0.3181	0.0282	-0.1212	0.5708	-0.1965	0.7332	-35.4008	54.2763	-12.8598
18	1.867	-1.2578	-0.9215	1.1207	0.188	1.1853	0.0815	0.404	-0.6197	0.0047	0.1672	-0.132	0.0504	0.251	-0.1949	0.1648	0.0273	-0.0755	0.4737	-0.1428	0.4581	-32.6762	65.1936	-9.4578
19	1.1293	0.3356	0.2516	1.1652	0.4398	0.2145	0.0697	1.2665	-0.5131	-0.4238	0.1066	-0.1713	-0.0318	0.1196	-0.0702	0.248	0.0064	-0.0099	1.0529	-0.2737	0.4419	-32.4507	65.0503	-22.6132
20	0.2479	-0.5549	1.2308	8.4342	-2.0312	6.1591	-0.1531	0.464	0.1179	-0.8143	-0.288	0.1907	-0.4922	0.1273	0.4404	0.4241	-0.024	-0.0273	1.2286	0.0076	0.3206	-34.3019	73.6537	-30.5279
21	0.0879	-0.4039	0.3437	6.7364	2.6543	4.947	-0.2668	0.9114	-0.5304	-1.1649	0.1287	-1.1623	-0.496	0.6124	0.0393	0.4605	-0.1915	0.1338	1.4554	-0.2156	0.5527	-28.1522	65.155	-32.3413

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 28 through 42 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 43 through 66 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 67 through 110 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 111 through 217 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 30 through 42 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 43 through 55 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 56 through 78 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 79 through 217 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 31 through 42 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 43 through 78 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 79 through 95 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 96 through 138 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 139 through 155 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 156 through 187 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 188 through 217 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 31 through 42 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 43 through 66 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 67 through 95 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 96 through 172 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 173 through 186 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 187 through 217 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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